十月初三（11月16日），慈禧再次颁布懿旨：“泰西各国风俗政令与中国虽有不同，而兵、农、工、商诸务，类能力、致富强，确有明效。苟能择善举办，自可日起有功等因。钦此。”

十月初九（11月22日），内务府将京师大学堂校园正式移交孙家鼐，校园南北六十丈，东西四十丈，共计修复、新建房舍四百余间。从当时的《北华捷报》的报道看，除原有的公主楼外，还新建了近代教学楼。学生宿舍能容住200多人；交工当天，孙家鼐迅速指派办事人员进驻校园，并四处发布招生广告：“凡愿入堂肄业者，报名纳卷，甄别取去……当先择人品纯正文理优长者，录取入堂，以广造就”。

在《奏大学堂开办情形》中，孙家鼐又理论联系实际，对慈禧十月初三的懿旨做了巧妙解读，藉他人酒杯，浇心中垒块。他说：“臣维大学堂之设，所以陶铸群材，博通万里，以礼仪植其根底，以干济广其才尤。中国以礼教为建邦之本，纲常名义万古常新；而因时制宜，一切格致之书，专门之学，则又宜博采泰西所长，以翊成富强之业。恭读八月十一日上谕，……又恭读本月初三懿旨，……尤见睿虑周详，勤求治理，无远不周。逖听之余，同思兴起。臣维泰西各国兵、农、工、商，所以确有明效者，以兵、农、工、商皆出自学堂。兵知学，则能知形势，守纪律；农知学，则能相土宜，辨物种；工知学，则能通格致，精制造；商知学，则能识盈虚，综名实。其事皆士大夫所宜讲求，而为近日切要之务。”从而为保护京师大学堂奠定了更为扎实的理论基础。

医学堂是京师大学堂各系中最早开课的。十月二十一日（12月4日），《北华捷报》做了具体报道：“大学堂的医学系已经开办，设在位于琉璃厂的一家医院里，一名西教习正在那儿进行日常授课。据我们所知，他是医学系所设七个教席中目前惟一集主任、教员、教授于一身的人。据说语言系将在农历十月十五日（11月28日）开学。然而，鉴于以前几次定下日期均未兑现，最近定下的这个日期是否能够实现仍很难说。”这里所说的医学教习，就是原同文馆解剖学教习满乐道。

十一月七日（12月19日），《北华捷报》跟踪报道说：“我们欣慰地从北京获悉，新的京师大学堂正在开办。有通告说，自11月29日起的十天之后，将不再接受入学申请。校长（引者注：外文报纸一直把西学总教习误称为校长）丁韪良博士已经搬入了位于大学校园内的临时寓所之中，旁边的空地上正在建造他的正式寓所。由于房屋的修缮工作延误甚久，是否能在农历除夕之前开学仍很难说。然而，入学考试将在本月中举行。”

十一月十二日（12月24日），《北华捷报》又有一次报道：“京师大学堂：可以说这所大学仍未正式开学，但我们获知课桌椅现在已经基本上准备就绪，而入学考试即将举行——但愿它能顺利举行。”