从八月十三日（9月28日）到八月十六日（10月1日），光绪皇帝天天在西苑纯一斋伺候太后看戏。虽然，慈禧组织了几次对光绪皇帝的“审讯”，以彻底折杀皇上在大臣面前的威严，并令其继续在瀛台涵元殿居住，实际上是关禁闭让其反省。除了下令捉拿康氏兄弟、将宋伯鲁革职之外，并没有废除新政的举动。但是，袁世凯的“交代”和随后的追查，加上顽固派的挑拨，使慈禧感到了问题的严重性，因此，才不断加大了迫害力度，以至于软禁光绪皇帝、萌生废立念头。据史学家茅建海考证，直到八月二十三日（10月8日），慈禧才开始正式软禁光绪皇帝。