训政消息一经传出，徐仁录（徐致靖的侄子，康有为的弟子）和谭嗣同、梁启超同乘骡车前往日本使馆，谭嗣同与日本参赞笔谈，写道：“梁启超君应避死，留为大用，托君重义，使之不死。”表示自己不想躲避，“我义不应避死”。当时“谭浏阳侃侃而谈，神态坚定”。徐仁录“与谭最投契”，认为谭“是一位言必信、行必果、重然诺、明大义的豪杰，联袁乃知其不可为而为之”。“被捕的前一天，谭嗣同先到皮库营看林旭”，林旭也表示不外逃。徐致靖、谭嗣同吃饭、饮酒，“谭用筷子在头上敲了一下说：‘小侄已经预备好这个了。变法、革命，都要流血，中国就从谭某开始’”。为了防止自己连累了父亲谭继洵（湖南巡抚），他还代父亲写了一个《黜革忤逆子嗣同》的奏片。他的好友大刀王五得知谭嗣同有难，便冒着风险来到浏阳会馆，劝他早点动身：“君行我王五随从保护，保证没有凶险。”谭嗣同表示要以死相争。王五知道他是个说一不二的硬汉子，就紧紧握住他的手，说：“好兄弟，请放心，君死我王五为你收尸骨。”

杨深秀住在山西闻喜会馆内，面对严峻局势，却大义凛然，于当天“独抗疏诘问皇上被废之故，援引古义，切陈国难，请西后撤廉归政。”⑴儿子黻田上前劝他不要上奏，以免惹来杀身之祸，平时温文尔雅的杨深秀，气得连吼带骂，将儿子赶出家门，独自去军机处递送奏折。次日，即被刚毅率兵捉拿归案。

梁启超却逃到天津，躲进日本驻天津领事馆，化妆成日本随员，跟随领事郑永昌，混上日本军舰，前往横滨，捡了一条性命。

八月十二日（9月27日），御前大臣等公推庆王主持审讯康广仁等人。第二天，刚毅却只身来到刑部，口宣上谕：“康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等大逆不道，着即处斩，派刚毅监视，步军统领衙门派兵弹压。”随即，“六君子”被绑赴菜市口腰斩。

林旭只有23岁。临刑那天，他仰天长啸：“君子死，正义尽！”然后开怀大笑，声若洪钟。

刚毅命令刘光第跪下，他却昂首阔胸，双眼圆瞪，炯炯如炬。两个壮汉强行按捺，刘光弟仍然屹立如山。被杀后，其儿抱着父亲的头颅哭喊不止，直至吐血，半夜夭折。

杨锐在绳匠胡同寓所被捕。恩师张之洞闻讯，积极营救，“愿以百口保杨锐。”可是，行刑太快，未能奏效。就义时，杨锐“血吼丈余，观者皆辟易，其冤愤之气，千秋尚凛然矣。”

面对刽子手滴血的屠刀，谭嗣同端起上路酒，一饮而尽，并拼出全身气力，高喊出了千古绝唱：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”