现代新儒家为了解决中国文化的古今存续、中西文化的冲突融会等问题，在正面阐发、弘扬和护持中国文化的精神价值和内在生命的同时，还对中西文化的优劣作了比较分析。
牟宗三认为，每一民族皆有其文化系统，“每一文化系统皆有它的真实性与价值性”。但每一文化系统的精神发展自有其“理路”，因而中国文化确又具有明显的差异和自身的优势。
牟宗三认为，中西文化之异，其表现之一，是各自对世界对象的把握不同。西方文化中的希腊传统，首先把握“自然”，表现“理智”（理智亦是心、理之一形态），因而开出逻辑数学科学。这是以“智”为笼罩者，故曰智的系统。中国文化首先把握“生命”，讲正德利用厚生以安顿生命，由此点出仁义之心性。这就一方面主观地开而为心性之学。这两方面结合起来，称做内圣外王，成为道德政治的文化系统。这个系统以“仁”为最高原则、为统摄，故亦曰仁的系统。综合而言，中国文化又可以概括为践仁的礼乐型文化系统。
中西文化之异，其表现之二，是二者文化生命的基本精神不同。中国文化是“以理生气”、西方文化是“以理尽气”。牟宗三认为，中国的成圣成贤之学，即是心性之学，它“是文化生命之灵魂，而所以引生无尽的未来者，正赖此耳。此即是心性之学中所谓‘以理生气’也”[151]。中国学术最懂得也最相信“以理生气”的道理，因而相信中国文化的悠久无疆，而不主张斯宾格勒在《西方的没落》中所倡言的文化断灭论。牟宗三宣称，“心性之学最大的作用就是‘以理生气’，此是文化不断之超越原则”[152]。能贯彻以理生气的原则，就能化才、情、气、润生护生，不致才穷、情尽、气竭。而作为道德主体的个人，便会将个人生命融进历史文化之中，以仁的实现为己任，开出生命之源、价值之源、理想之源。与中国文化“以理生气”之基本精神不同，西方文化生命的基本精神是“以气尽理”，即人顺生命之凸出而尽量用其才、情、气，以创造文化。这种以气尽理的精神，不以德性为主，不在尽心尽性尽理尽伦中表现。这个理，不是内在于心性中的德性之理，而是外在的事物之理。因此，以气尽理的精神虽能生天生地，但由于它一往顺之而不回头，故其生命之强度与才、情、气之强度，必有耗竭之时，必有才穷、情尽、气竭之时，因而西方文化总是“周期断灭”，不能像中国文化之悠久无疆。
中西文化之异，其表现之三，是二者主体内容之不同。他说，中国文化以人文主义为主体，西方文化以神本和物本为主体。在中国，人文主义透彻彰显，成为领导文化生命前进之骨干。西方文化由于是以气尽理，主体只能停在扑着外物以活动的理智上，是很难讲人文主流的。因此，“在西方学术思想的传统里，人文主义不是主流”[153]，始终没有成为领导文化生命前进之骨干。作为西方文化主要内容之一的基督教，树起了神的主体，未树起人的主体，因而其精神是神本而非人本，“人文主义之门在基督教里并没有开出来”。作为西方文化另一重要构成的希腊传统，牟宗三认为其基本精神是“物本”。希腊精神若收敛凝聚而为思想学统，则是“物本”。他指出，在基督教外倾于上帝的神本与希腊外倾于物的物本“这两个本的夹逼下，把人本闷住了。所以人文主义在西方一直抬不起头来”[154]。
通过以上辨析，牟宗三认为中西文化各有其优劣。以儒家心性之学为基础的践仁的礼乐型中国文化，有助于价值领域的开拓，有益于文化生命的承续，但却缺乏西方文化中的逻辑、数学以及由此而来的科学，缺乏民主政治。西方文化在神本和物本中摇摆前进，以气尽理，凭才、情、气的运用，而构建了一套逻辑与数学系统，以及由此而来的科学系统，并在体制上确立了民主政治。但它却因此而缺乏向内安顿自我，调适护卫中国文化发展机制的功能。有鉴于此，牟宗三主张中西文化互相学习，“谐和统一，相资互补”。
总的来看，牟宗三关于中西文化差异、优劣以及二者关系的见解，较之其前辈更具胸襟的广阔性和文化视野的开放性。这主要表现为他对西方文化价值的认真开掘，对其弊端的细致剖析，从而提出了中西谐和、互为补充的中国文化发展路向的新构想，即所谓人文主义的重建问题。
但是，我们应该看到，牟宗三对西方文化的解析，对中国文化的重构，是建立在笃信儒家心性之学这一“中心观念”之上，是立足于对道德理想的形上追求的价值原则之上的。
牟宗三对道德形而上学的追求，典型表现之一是对“文化意识宇宙”的推崇。他曾称许其挚友、现代新儒家另一首领唐君毅为文化意识宇宙的“巨人”。他曾撰《“文化意识宇宙”一词释义》，文中说：“吾所谓‘文化意识’乃即中国固有之‘关乎人文以化成天下’之意识也。此一意识乃是孔孟成德之教所开辟，……由此意识，吾人即可开辟价值之源。依此价值之源作道德实践而化成天下，即名曰‘文化意识宇宙’”，而文化意识宇宙“在层次上是高过科学宇宙、哲学宇宙乃至任何特定宗教宇宙者”[155]。按照牟宗三这种思维逻辑，西方文化没有由孔孟成德之教所开辟之文化意识宇宙，当然不是人们所应把握的形上之理。
可见，牟宗三比较中西，度量古今，其最终目的仍是为了从道德形上学角度护住儒家心性之学，以怵惕恻隐的道德的心，迎对世界上的八面来风，使中国文化悠久无疆。这当然只能是一种主观的善良愿望而已。