由上可见，秦汉医学和董仲舒的“天人感应”论，有着共同的自然科学基础和建构体系的方法。董仲舒“天人感应”论是时代风尚的反映，是自然科学发展到一定阶段的必然结果，也是秦汉社会思潮发展的必然结果。当然，毫无疑问，董仲舒和秦汉医学的天人感应思想，有着明显的区别，主要表现为以下几点。

第一，天人感应的关系不同。在秦汉医学，特别是《黄帝内经》中，天、人固然可以相应，但主要是以人应天，天可影响人体，人体不能影响天。强调的是客体的独立性，以及由此决定的主体适应客体的必然性，而不是相反。董仲舒则认为天、人之间互感互应，天可影响人的机体，人的机体也可影响天;人要与天相副，天也必须与人相应，强调的是主客体间的对等关系，特别是人的主体性。

第二，理论的纯粹性和明晰度不同。秦汉医学虽然也用类合数偶的方法去连接天、人，论证系统的和谐与统一，但只是不自觉地运用而已，还未上升到方法论的高度。董仲舒则明确地将其作为一种方法论原则来使用，有很强的理论自觉性。秦汉医学认为，阴中有阳，阳中有阴，二者互相包含，可以转化，体现了其理论的辩证性和思想的宽容度。董仲舒却强调阴阳的相互区别，不相屏杂，阴阳皆纯。“阴之中相为阴，阳之中亦相为阳”[238]的论点，在于说明“丈夫虽贱皆为阳，妇人虽贵皆为阴”的社会关系，表现了其理论为政治服务的纯粹性和明晰度，同时也表现了它的僵化、凝固和狭隘。秦汉医学的基本精神是科学，以医疗实践为立论基础;董仲舒“天人感应”论则只是利用医学材料，科学和迷信夹杂，迷信窒息了科学。

第三，天人感应的目的不同。秦汉医学重在用天、人相通来寻迹查踪，由因求果，由果证因，为辩证治病提供依据。董仲舒“天人感应”论的终极目的，是为王权神授的政治理论服务。

因此，秦汉医学与董仲董的“天人感应”论，虽有其相联相似和相通的一面，但从科学基础和社会作用来看，二者的本质区别是十分明显的。

总之，一方面，汉代哲学与医学伴生，借医学材料以为己用，丰富自身内容，完善自身体系；另一方面，汉代医学又借助于哲学理论（阴阳五行），构筑体系，弘扬自身。这种情况表明，随着社会历史的发展，自然科学与哲学的关系日趋密切。这对我们是一个很好的启示，启发我们把研究的视野扩展到更广阔的领域，以便深化对中国哲学史的研究。