秦汉时期，是中医理论体系建立的时期，是中国传统的“天人合一”哲学臻于完善的时期。前者的代表作是《黄帝内经》[192]，后者的代表作是《春秋繁露》。这时期，“究天人之际”“天人合一”的理论广为流行。在这种社会思潮和文化氛围中，在建立中央集权的大一统的封建帝国的历史要求下，哲学和医学相结合，借医学以光大；医学则纳哲学于自身，靠哲学而弘扬。在一系列问题上，表现出共同之处。
首先，《黄帝内经》和《春秋繁露》都贯穿着阴阳五行思想，阴阳五行是二者类分事物进而论证其理论的根据和前提。《黄帝内经》认为，阴阳普遍存在于自然界和人体之中，自然界有阴阳：“天为阳，地为阴；日为阳，月为阴。”[193]“水为阴，火为阳；阳为气，阴为味。”[194]人以及一切生命体有阴阳：“人生有形，不离阴阳。”[195]“生之本，本于阴阳。”[196]甚至说阴阳“数之可十，推之可百；数之可千，推之可万”[197]。因此，它利用阴阳五行范畴，综合人的生理禀赋、道德品质和性格特点，将人分为不同类型。《灵枢·通天》篇认为：“盖有太阴之人，少阴之人，太阳之人，少阳之人，阴阳和平之人。凡五人者，其态不同，其筋骨气血各不等。”由于这五类人所禀赋的阴阳气有所不同，所以具有不同的人格体质，而这不同的人格体质，又各具不同的精神面貌、道德品质和社会心理。比如，“太阳之人，贪而不仁，下齐湛湛，好内而恶出，心和而不发……少阴之人，小贪而贼心，见人有亡，常若有得，好伤好害。见人有荣，乃反愠怒，心疾而无恩”，等等。《灵枢·阴阳二十五人》篇则依据五行把人分为木、火、土、金、水五类，并将五行分别与五脏相配置，以方位、颜色、声音相配合。如木与肝脏、胆脏相配合，方位为东，色为苍，音为角，再根据角音的偏正、多少，分为上角、太角、左角、钛角、判角五个亚类，每类心理特点也有差异。其他四类依此类推，可推演出五五二十五类人。《黄帝内经》以阴阳五行为分类法则，使复杂的问题简单化；同时，又使杂乱无章的各种事物和现象规范化，使事物由混沌变为有序，具有方法论的意义。
《春秋繁露》中也充溢着阴阳五行思想，并且是类分事物的法则。它把阴阳赋予社会、人和天，使三者具备同样的因素和功能，以借此沟通彼此间的联系。它认为，宇宙万物各具阴阳是“天道之常”[198]，“天有阴阳，人亦有阴阳”[199]。男女机体可比做阴阳：“天地之阴阳当男女，人之男女当阴阳。阴阳可以谓男女，男女亦可以谓阴阳。”[200]人被浸染在阴阳之气中，“而以治乱之气与之流通，相淆馔也”[201]。这就不仅把阴阳置于天、人之中，而且置于社会治乱之中了。董仲舒进而演绎道：人“身之有性情也，若天之有阴阳也”，“仁贪之气，两在于身。身之名，取诸天。天两有阴阳之施，身亦两有贪仁之性。天有阴阳禁，人有情欲桩，与天道一也”[202]。他还说：“阴阳之气，在上天亦在人。在人者，为好恶喜怒；在天者，为暖清寒暑。”[203]这就通过阴阳的流布，将人的情感心理与自然现象划分为不同的两类。不仅如此，董仲舒还进而赋予两类不同事物以伦理属性：“恶之属，尽为阴;善之属，尽为阳。”[204]推而广之，“君臣父子夫妇之义，皆取诸阴阳之道。君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴”[205]。总之，凡属主导的、正面的事物，都是阳；凡属次要或从属的、负面的事物，都是阴。阴阳而外，董仲舒进一步用五行对事物进行分类，以此作为阴阳之补充。他认为，木、火、土、金、水五行，分别代表自然界的春、夏、季夏、秋、冬五季，而后者又分别标志生、长、养、收、藏的五种功用。在社会上，五行规定了君主的貌、言、视、听、思“五事”。如果君主顺应五行之木的本性施政，就会“劝农事，无夺民时，使民，岁不过三日，行什一之税……”[206]这样，自然界就万物昌盛，祥瑞并至，灾异消失。如果违逆木之本性，情况就截然相反。根据这种逻辑，社会现象、君主行为等，都分别系于阴阳五行之下，“以类相连”。这就使自然和社会现象类别化、模式化了。
其次，阴阳五行的构成和排列顺序是《黄帝内经》和《春秋繁露》分析事物结构和功能，揭示事物发展动力和次序的依据。《灵枢·阴阳二十五人》篇说：“天地之间，六合之气，不离于五。”《素问·天无纪大论》说：“夫五运阴阳者，天地之道也。”从这个认识基点出发，《黄帝内经》认为，世界上任何事物都具有五行结构，按五行法则运动变化。而之所以如此，又是与阴阳四时相关的。《素问·四气调神大论》说：“夫阴阳四时者，万物之根本也。”认为由阴阳消长所形成的春夏秋冬四时，直接决定着万物的生死盛衰。《黄帝内经》把一年四时分为春、夏、长夏、秋、冬五个阶段，把一切事物的内部结构分为五个方面，以与事物发展的五个阶段相配合。事物的发展过程分为生、长、养、收、藏（或生、长、壮、老、已）五个阶段，分别与春、夏、长夏、秋、冬五季相对应。青、赤、黄、白、黑五色，也分别与这五季相契合。此外，人体结构的肝、心、脾、肺、肾五脏，也分别与五季相配置，这五脏之病也多在与其相应的季节发生。这样，《黄帝内经》运用阴阳五行理论，从总体上揭示了事物发展的内在动力和次序，并借此对事物的结构及由此结构而决定的功能作了具体分析，为人们认识事物提供了结构和层次方面的依据。
董仲舒在《春秋繁露》中，将五行与阴阳相配，以说明事物发展的动力何在，以及事物发展的次序状态。在他看来，事物的发展取决于阴阳的消长，而阴阳消长的原因，在于五行的运转。他说：“行者，行也。其行不同，故谓之五行。”[207]五行的运行表现为“相生”和“相胜”两种形式，人君顺之则治，逆之则乱。由于五行生胜，才使自然界四时代谢，社会上王者四政（庆赏刑罚）迭用，个人四气（喜怒哀乐）转换。这些变化和发展是按“五行之随，各如其序”[208]的原则进行的。木是五行之始，水是五行之终，土居五行之中，“此其天次之序也”[209]。在《五行相胜》篇中，董仲舒详细论述了五行相生的次序、内容和必然性。在他看来，通过五行“相生”“相胜”的依次循环，自然、特别是社会得到净化和完善。五行“相生”的结果，是人们崇尚仁、义、礼、智、信，防灭邪恶，以忠信事君，伐有罪，讨不义，尊卑有等，长幼有序。五行“间相胜”的结果，是反对奢侈和朋比为奸，实行等级制，反对谄媚于主上，反对赋敛无度。这实际上是通过五行运转和阴阳消长来阐释政治观点，使上下同心，社会谐调。
在把阴阳与五行扭结为一体的同时，为了增强宇宙系统的秩序性和稳定性，董仲舒取法《黄帝内经》，把四时四方与阴阳五行相结合。他认为，木、火、土、金、水在时令上分别表示春、夏、季夏、秋、冬五季，五季分别具有生、长、养、收、藏的功能[210]。同时，木、火、土、金、水五行分别居于东、南、中、西、北五方[211]。春、夏、秋、冬分别代表爱、乐、严、哀“四志”，符合“四时之则”[212]。可见，董仲舒不仅利用阴阳五行来分析事物的结构和功能，揭示事物发展的动力和次序，而且将其与四时四方相配置，把天、地、人“贯而参通之”，构成了一个动态的平衡系统。这既与以《黄帝内经》为代表的秦汉医学相契合，又与当时天人合一、军政一体、海内一统的政治需要和时代风尚相适应。