随着政治形势的变化，到1964年，仍然坚守在唯心主义阵地的熊十力，已经彻底地陷入孤独的境地，登门的人极少，写成的新书《存斋随笔》也没有地方出版。

更糟心的是，这年春夏之交，熊十力又生了一场大病，住了很久的医院。他出院后在家静养，但是身体状况再也没有恢复到之前的状态。12月份，病体尚未痊愈的熊十力接到通知，要到北京出席全国政协四届一次会议，列席三届全国人大第一次会议。尽管身体虚弱，已到80岁高龄，但是，熊十力还是欣然登上了北上的列车。

人大会议开幕的那天，熊十力本来是应该前往人民大会堂列席会议的，但是，由于严重的神经衰弱，害怕电光刺激，经请假后，他未到大会堂听会，而是在住地研读周恩来总理的《政府工作报告》。

对周恩来总理，熊十力有着深厚的感情。早在重庆的时候，周恩来为了把一批知名的人士团结在中国共产党的周围，经常去位于北碚的勉仁书院看望熊十力和梁漱溟等人。经过深入交谈，熊十力对周恩来的印象极好，建立了良好的私人关系，熊十力也经常回访拜见周恩来。当时，北碚离重庆八路军办事处比较远，路又不好走，熊十力便向国民政府的大员、自己的老朋友居正借用汽车，专程前去拜见周恩来。回到北碚后，他逢人就说：“周先生很厚道，平易近人，智慧过人，是个大好人！”

全国解放后，周恩来担任政务院总理，对熊十力关怀有加。每次开政协会议，见到熊十力也总是嘘寒问暖。据说有一次散会后，因为人多车多，熊十力一时找不到自己该上去的那辆专车，便生气地大骂“王八蛋”，责怪司机和后勤人员不负责任。正骂着，恰好周恩来从礼堂里走了出来，见熊十力一脸怒气，忙上前询问原委。知道来龙去脉后，周恩来劝道：“熊先生，不要生气，我叫人派车把您送到住地就是了。”经这一劝，熊十力感到自己有些过火，同时也感到周恩来的可亲。

熊十力对周恩来极有好感，所以，在住地研读周恩来的《政府工作报告》时，特别用心，特别细致，可谓是逐字逐句，一丝不苟。

当他读到报告中引述毛泽东同志关于自由王国与必然王国之间的关系论断后，心中感触良多，不顾身体不舒服，趴在桌子上，把心得体会全都写了下来。在写作的过程中，老人体会到了久违的快乐，越写越兴奋，越写越有话说。最后，他觉得有必要把自己的这些思想成果向党中央汇报，于是提笔给毛泽东写了一封信。他写道：“经反复数番研读，唯觉得伟著(注：即《政府工作报告》)广大深远，精细正确，不独是我国革命和建设之宝典，而实乃全世界人类反资、反帝、反殖民，消灭三大毒物，趋近于共产主义社会之慧也。”“我若不读周总理之伟著，将长期在糊涂中过活，此次参加大会真是幸事……”他甚至还将自己的心得札记请董必武阅后转呈毛泽东和周恩来。显然，这时的熊十力的思想已经在悄然地发生着变化——由过去“顽固”地信奉唯心主义向辩证唯物主义方向转化。

这种变化当然是可喜的。后来，为了巩固这一成果，在周恩来的建议下，董必武给熊十力送去了毛泽东主席的著作《实践论》《矛盾论》和恩格斯的著作《费尔巴哈与德国古典哲学之终结》等。为了方便年迈的熊十力阅读，周恩来还自己花费九十元，特地让工作人员买来线装大字本的《毛泽东选集》等书，送给熊十力。中央领导同志的意图非常明显，就是希望熊十力能够像冯友兰一样，重新建构自己的哲学体系，由唯心主义者转变成唯物主义者。

然而，一个以毕生精力都在研究唯心主义并因此而获得荣誉的人，要其完全放弃自己的哲学思想，彻底改头换面，并不是一件容易的事情。当所有人都在家里悬挂“马恩列斯毛”的时候，熊十力在自己的书房中，赫然悬挂着三张自书的条幅，中间写着“孔子”，左边写着“王阳明”，右边写着“王船山”——他仍然以自己的方式，坚守着自己所痴迷的传统文化。

写成的书虽然没有地方可以出版，但是，熊十力仍然坚持不断地写作，而且是拼命地写作。此时此刻，除了写作，他实在找不到更大的生活乐趣。1965年暑假，熊十力曾经的学生习传裕从武汉到上海来看望老师。见到熊十力时，不禁被眼前的情景所震惊：老师形容憔悴，穿着一件没有纽扣的灰色长衫，腰间系着一根麻绳，谈吐也大不如从前。那时，正值“**”前夕，师生相见，“执手相看泪眼，竟无语凝噎”。