1932年，熊十力又有了两个重要“成果”，一个是耗时6年的呕心沥血之作《新唯识论》文言文本，由浙江省立图书馆出版发行，马一浮欣然为之作序，对该著作给予了极高评价，认为熊十力的学识已经超过了道生、僧肇、玄奘、窥基等过去佛家大师。另一个是收下北大学生牟宗三为弟子。牟宗三后来也成为了哲学家、哲学史家，是现代新儒家的重要代表人物之一。
《新唯识论》的出版本来是一件值得高兴的大事情，可是，令熊十力没有想到的是，新著的面世竟然在佛学界引起轩然大波，甚至有人骂他是佛门叛徒。这究竟是怎么回事呢？
《新唯识论》是熊十力最主要的哲学代表作，标志其哲学思想体系正式形成。在书中，他既继承又改造了佛教中的唯识宗，在本体论方面，接受了唯识宗的万法唯识思想，认为识或本心是宇宙的本体、万化的根源。同时，在对唯识宗的阿赖耶识和种子说的层层破斥基础上，熊十力建立了自己体用不二的本体论，并由此出发建构了独具创意的翕辟成变的宇宙论和性量分殊的认识论。
由此可以看出，熊十力虽然曾在南京内学院苦读佛经近三年，又在北京大学讲授唯识学，还跟很多佛学名家谈佛论经，但是，最终也没有成为一名虔诚的佛教徒，而是成为了一名理性的哲学家。
也许可以作这样一种推测：从当年梁漱溟撰文点名骂他不懂佛学的时候开始，熊十力就是带着一种批判的心态进入佛学世界的。熊十力从小到大就是一个不信佛的人，梁漱溟点名骂他不懂佛，这便给了心高气傲的熊十力一个巨大的刺激，“你说我不懂，我偏要搞懂；不仅要搞懂，还要搞透；不仅要搞透，还有搞出新名堂来”。也许正是怀着这份强烈的自尊，他毅然走进了内学院，在佛学殿堂里做了一名“卧底”——是的，正如谍战片里的间谍一样，熊十力打入到佛学殿堂的内部去，对其纷繁复杂的结构了然于心后，再对那些脆弱的地方发起攻击。
熊十力虽然非常欣赏佛学的精湛深奥，但他把佛学与儒学加以比较之后，便发现一个又一个“脆弱之处”。比如说，在他看来，佛家讲生灭，突出了一个“灭”字，实际上是以“灭”否定了“生”，这就是很值得怀疑的。有了疑点，就要点评，就要剖析，就要纠偏，这就是熊十力的性格。而这一系列举动绝非一个佛教徒的举动——佛教徒对佛以及佛经只有信服，没有怀疑——这便是熊十力引起佛学界口诛笔伐的根本原因。简而言之，熊十力与反对者的矛盾，就是理性的哲学家与虔诚的佛教徒之间的矛盾。
《新唯识论》出版不到两个月，熊十力还没有从新著问世的兴奋中缓过劲儿，他曾经的“母校”——南京内学院便组织一帮学养深厚的弟子，向他发起了猛烈的反击，急先锋就是刘衡如，他针对熊十力的《新唯识论》，撰写了《破新唯识论》，并由欧阳竟无亲自作序，刊登在内学院的学刊《内学》特辑(1932年12月刊)上，掀起了对熊十力《新唯识学》的大批驳。刘衡如在《破新唯识论》中，批评熊十力“众生为同源，宇宙为一体”的体用不二论；批评熊十力“仅求实证”的修行方法；指斥熊十力不了解唯识宗种子说的真义等。不久，太虚大师、周叔迦、欧阳竟无、吕秋逸、王恩洋、陈真如、印顺、巨赞、朱世龙居士等人，也先后加入批驳队伍，可谓声势浩大，力量雄厚。
这是怎样的一种学术压力啊！就好比是一个导演倾注全部才情，拍摄了一部耗资巨大的影片，本来想使之成为电影史上的不朽巨制，可是投入市场后，却招致一遍吐槽之声。在这种情况下，小导演可能会被唾沫淹死，大导演可能会爆粗口予以回击。
熊十力在强大的围攻声中，既没有被“淹死”，也没有“爆粗口”，他骨子里的那份较真劲儿被彻底地激发出来。针对刘衡如的文章，他很快写出了《破》，这就像拿着匕首冲到一线面对面地肉搏一样。
熊十力明确表示自己不能接受刘衡如的批评，为自己的理论创新进行辩护，反对拘泥经文，食古不化，主张不受佛经经文的局限，唯“真谛”是求。为了说明这个道理，熊十力还讲述了一个小故事，可谓寓意深刻：
有一天，小和尚问老和尚：“师父，月亮在哪里？”
老和尚抬手指给小和尚看。可是，小和尚不是顺着手指的方向去看月亮，而是死死地盯着老和尚的手指看。
结果可想而知，小和尚始终不知道月亮在哪里。
显然，熊十力这是在嘲讽那些食古不化的不知变通者。
熊十力和刘衡如等人的论战持续了数十年，孰是孰非，没有定论。后世学者郭齐勇指出：“熊十力与刘衡如等佛学家的分歧，并不是因为对佛教教义的理解不同造成的，而是各自所据的学术立场使然。刘衡如等人站在信仰的角度，极力维护佛家教义，当然不能容忍别人说三道四。熊十力站在研究者的立场上，对佛学既有肯定又有否定，他的理论取向是突破佛学的藩篱，创立取而代之的新论。”
我们感佩的是熊十力及其论敌辩论学术问题的认真与执着，也正是这份执着和认真，成就了一批学术大师，而这正是我们这个时代所缺乏的。
争来争去，导致了一个连熊十力都不愿意看到的结局——他的老师欧阳竟无视他为佛门的大叛徒，痛言“灭弃圣言，唯子真为尤”，断绝师生关系，从此不再相见。
《新唯识论》虽然没有得到佛学界的认可，但是在儒学大师们看来，却是一部极具原创力的哲学著作。蔡元培说：“惜二千年来，为教界所限，未有以哲学家方法，分析推求，直言其所疑，而试为补正者。有之，则自熊十力先生之《新唯识论》始。”
总而言之，《新唯识论》的问世，奠定了熊十力新儒家的学者地位，而这一过程是那么的漫长和艰难。