三日后，湘军三路大军如期开拔，左宗棠作为这个北伐策略的制定者，并没有上前线，而是依然在后方，为曾国藩大军提供后勤补给保障。这一次湘军北伐计划周密、准备充足，再加上所有湘军将领知耻而后勇，很快就取胜建功，并且还是三路大军同时报捷。先后攻取拿下通城、崇阳两县的粮饷囤积重地，整个洞庭湖及其周边，再加上武汉三镇，随后三路大军会师，又在田家镇重创太平贼匪援军，杀敌数万，缴获无数。至此，湖北大部分地方已被湘军收复，志得意满的曾国藩携数万湘军顺长江直下，进军九江，直接威慑太平军占据的江西、安徽。
咸丰六年，太平匪军的悍将翼王石达开，于九江一带大败湘军，曾国藩率残部溃逃至江西南昌据城死守。当年秋，太平匪军内部的几大匪首因夺权，爆发了剧烈的冲突，贼匪东王杨秀清、北王韦昌辉死于内乱，翼王石达开率部西走。趁此机会，被困于南昌的曾国藩，不但侥幸脱困，又相继收复之前因战败丢失的大半失地。此后两年，战事陷入胶着状态，湘军和太平军互有胜负，一时间谁也奈何不了对方。
左宗棠看得清楚，他一早就明白，湘军想要取得剿灭太平贼军这场战争的胜利，现在已不仅仅要在与敌军战场上的军事争斗中取得主动，还要湘军派系的官员在官场上与中央朝廷及满人官员的权利角逐中取得主动。甚至后者比前者还要重要，因为只要能牢牢握住地方实权，才能源源不断地从地方上攫取实实在在的钱粮，来作为维持军队实力、扩充军队势力的基本保障。
经过几年南征北战，现在整个湘军体系已达到二十多万人之众，在整个长江以南地区朝廷绿营、八旗两军加起来也不如湘军势大。对此，朝廷很难不对湘军生出猜忌之心，进而开始控制湘军规模、打压湘军几大首领也就不足为奇。胡林翼近几年一直被咸丰帝调到湖广总督手下任职，彭玉麟则被四处征调，至于曾国藩每逢湘军有功，朝廷也只是授予虚职极少放其实权。只有左宗棠因为是以湖南巡抚骆秉章幕僚的身份。常年居于幕后，虽然在湖南官场内部、湘军体系内部大名鼎鼎，但在外一直不怎么显露山水。因此这几年他这个实际上能够左右湘军重大决策和行动的湘系势力首领之一却几乎没怎么受到波及。然而，左宗棠怎么也不会想到，一场正在针对他的官场风暴，正在京城酝酿并展开。而这场官场风暴的始作俑者，就是左宗棠几年前得罪过的那个永州总兵樊燮。
京城，督察院衙门。
湖南永州府总兵樊燮一边递给左都御史，一封告发湖南巡抚幕僚左宗棠的状报，一边添油加醋地叙述左宗棠在湖南以下犯上无视朝廷命官、欺上瞒下独断专行、挪用湖南府库官银给湘军等三大罪状。其中有关左宗棠“挪用湖南府库官银”的证据，是新任湖南布政使文格私下交给樊燮的，这个文格和樊燮一样，也是湖广总督官文的亲信。督察院的左右都御史二人久经官场，如何能不明白其中的人际关系，自然而然的他们很快也从这错综复杂的官场人际关系中看出，樊燮告发左宗棠，背后一定是有官文在给他撑腰。而这件事背后更深层的含义，则是湖南官场的满汉之争。
哪怕督察院的左都御史和右都御史已经贵为朝廷二品大员，但是面对这件事，他们也不敢私做主张，于是很快就将樊燮状告左宗棠一事上报给了咸丰帝。咸丰帝看完后，没有当着督察员的两位御史面，直接表态该怎么处理此事，只是简单的回了句“知道了”。将那二人打发离开后，咸丰帝立刻给湖广总督官文下了一道密旨：“朕于今日方才得知，湖南长期以来竟被一名叫‘左宗棠’的劣幕把持，着实可恼可恨，尔为湖广总督，朕着你尽快细加查明，若左宗棠确有不法之事，可将其就地正法，决不可姑息！”
咸丰帝给官文下的这道密旨，虽然明面上的字面意思，是让他查清楚左宗棠确有不法之举，再将其问罪处决。但是从咸丰帝措辞中，透着的真正含义其实是在暗示官文，无论左宗棠有无不法之举，此人也决不可留！
一旁正在帮咸丰帝研磨的懿贵妃有些不解的问道：“陛下，不就是处理一个小小的幕僚，直接下旨光明正大的查办他不就行了，为何还要给湖广总督下密旨，着他亲自处理呢？”
咸丰帝亲自在这封密旨上盖上玉玺大印后，这才缓缓开口，跟懿贵妃解释道：“所谓杀鸡儆猴儆效尤嘛！这个左宗棠呀，哼，虽然只是湖南巡抚骆秉章的一个幕僚，虽然在外面名声不显，但在湖南当地可是一个颇有名望的人物。其在湖南的威望比之曾国藩、胡林翼也不遑多让。这几年湘军越发势大，是时候该好好打压一下他们了。不过眼下长毛贼子们的叛乱还未消灭，外部又有英法俄美等西洋鬼子虎视眈眈。朝廷正是用人之际，曾国藩和胡林翼等湘军将帅轻易动不得，所以只能先拿这个左宗棠的性命来杀鸡儆猴了。”
懿贵妃闻言，若有所思地点了点头，也不知她是真懂了，还是佯装明白。数日后，湖广总督官文正在总督衙门里听他新纳的六姨太唱曲时，接到了咸丰帝给他发来的密旨。看完咸丰帝在密旨上的吩咐后，官文嘴角不由得微微翘起，果然不出他所料，皇上果然坚定支持他们满人官员一派打压湘军一派。不过，得意了片刻后，官文又有些发愁，现在湖南已经完全被湘军势力所牢牢控制，基本已经是水泼不进之势。虽然还有樊燮、文格等几名自己的亲信在那里为官，但是无论是樊燮，还是文格，都已经被左宗棠架空了权利，指望他们对付左宗棠不太现实。而自己尽管身为湖广总督，在名义上还管辖着湖南，但这也只是个虚名，他现在甚至就连湖广总督衙门驻地所在的湖北，都不能完全掌握，在湖北还要受胡林翼的掣肘，更久别论是湖南了。
思来想去，官文觉得自己还是应该想办法，把左宗棠从长沙调到武昌城来，这样才好对他下手。看到官文眉头忽而紧皱忽而舒展，六姨太凑上前去悄悄瞥了一眼那封密旨，一边嘘寒问暖道：“老爷，你怎么忽然不说话了，有什么烦心事吗？”
官文在自己六姨太的俏脸上轻轻捏了一把，叹气道：“我去处理一点儿公事，回来再听你接着唱啊。”
等官文急匆匆地离开这座小院后，六姨太原本满脸堆笑的表情，瞬间全部消失了，转而换成一副清冷讨厌的神态，她轻轻冲官文离开的方向啐了一口，小声骂道：“呸！老狐狸还真以为本姑娘不识字呢！”
说罢，六姨太挥手叫来了自己的贴身丫鬟，吩咐道：“你马上悄悄离府，去通知胡林翼胡大人，就说皇上给官文下密旨，要他找个理由，将左宗棠就地正法。让胡大人速速去通知左先生近来要小心行事，以免遭到官文的暗算。”
这名婢女冲六姨太抱拳道：“是，小姐。奴婢这就去告知胡大人。”
原来，官文的这个六姨太，还有她的这名贴身婢女，都是胡林翼暗中布置在官文身边的棋子。胡林翼对这两女有救命之恩，二女对胡林翼一直感激不尽，忠心耿耿。负责在官文身边监视他的一举一动，但凡官文有对胡林翼，或是湘军派系的其他人有任何不利，她们都会立刻想办法通知胡林翼。
胡林翼接到官文六姨太秘密传来的消息后，立刻派亲信飞马前往长沙通知左宗棠。武昌距离长沙直线距离有六百里，实际上的路程有八百里。官文怎么也不会想到的是，就在自己接到咸丰密旨后不到十二个时辰，远在长沙城的左宗棠，就已知晓了咸丰密旨中的一切内容。而这时候，官文计划让骆秉章携左宗棠前来武昌述职议事的命令还没有走出武昌城。
左宗棠与湖南巡抚骆秉章相交甚笃，接到胡林翼传给自己的密信后，左宗棠也没有瞒着骆秉章，一五一十地将自己眼下即将面临的境遇如实告之，并向骆秉章坦诚道：“我左季高承蒙骆大人看重，数年来一直对我信任有加，委以重任。眼下，左某之事已经进入了皇上的耳朵里，引起了皇上的注意，因此，我若还在骆大人手下充任幕僚，恐会对骆大人你也有影响。因此，我已决定马上告病回乡，以免拖累大人。”
闻言，骆秉章也立刻意识到了问题的严重程度，他无奈一笑，对左宗棠道：“季高，你是真不明白，还是假不明白？皇上和官文明面上是冲着你来的，实际上是冲着我们整个湘系势力来的。我虽并未参与湘军的创建，但我毕竟在湖南为官二十余年，恐怕无论是在官文，还是皇上眼里，我也都是不折不扣的湘系势力官员。你我现在一荣俱荣一损俱损，你以为你告病回乡就能躲过这一场权利风暴吗？”