（一）促进区域增长与协调发展的动力因素需要进一步改善
中国区域经济增长的动力因素主要来源于以下几个方面：（1）物质资本存量水平的提高，特别是第二产业物质资本存量水平的提高。（2）劳动者素质的提高，尤其是大专及以上学历人员数量的增加与从业者素质的提高。（3）交通基础设施的改善，尤其是以高速公路为代表的高等级公路的发展。而在经济发展过程中，产业结构转换效应并不明显，市场化改革滞后、企业家的创新精神培养不力、技术创新与改革动力不足，以及政府规模的过度扩张都是制约中国经济发展的主要因素。因此，在今后的发展过程中，应强化促进经济增长与区域差距缩小的动力因素。改善投资环境，努力提高政府效率，把经济增长由主要依靠物质资本投资等作为动力因素转向以劳动者素质、经济效益的提高等经济增长综合质量的提高为主要动力。
（二）四大板块公共财政能力差距较大，自我发展能力不均衡
近年来，四大板块地方财政收支状况整体改善，各区域自我发展能力有所增强，但四大板块公共财政能力差距较大，尤其是中西部地区公共财政资力远弱于东部地区。2009年，人均地方财政收入最高的东部地区是人均财政收入最低的中部地区的2.74倍；人均财政支出最高的东北地区是人均财政支出最低的中部地区1.58倍。从人均财政收支比例来看，东部地区最高为0.75，东北地区为0.45，而中部地区与西部地区居末，分别为0.40和0.34，东部地区的再生能力较强，而中西部地区的自生能力较弱，各板块间自我发展能力不均问题突出。
（三）四大板块整体发展的差距未解决的同时，内部差距逐步扩大
从目前情况来看，四大板块之间相对差距虽然呈现出下降趋势，但全国总体经济格局并没有发生根本改变。东部地区经济总量在全国仍占绝对优势。而与此同时，四大板块内部各省份间的经济差距并没有出现完全同步缩小趋势。西部地区内部差距逐渐拉大，已经形成了两个分别向高水平和低水平演进的趋同集团，且稳定性很高。中国各省份内部差距也较大，并且省内差距并没有随着各省份发展水平的提高而减小。
（四）各区域城市化水平不平衡
中西部地区重点区域带城市化是促进经济持续增长的动力之一。与经济发展的区域不平衡性一样，中国城市化发展水平也存在很大的地区差异性。目前，东部地区已进入城市群带动经济发展的时代，长三角、珠三角和京津冀三大都市区2009年对中国经济的整体贡献率超过40%，已经成为中国经济阶梯式发展的动力源区。而中西部地区尚未出现较为成熟的城市群，各中心城市的带动力较弱。例如，从经济总量看，2009年长三角的名义GDP为72494.1亿元，珠三角为32147.0亿元，而西部地区的关中—天水经济区只有5636.6亿元，仅分别相当于长三角的7.8%、珠三角的17.5%；从名义人均GDP来看，2009年长三角为49131元、珠三角为67407元，而关中—天水经济区只有19776元，仅相当于长三角的40.3%、珠三角的29.3%。
（五）区域间基本利益关系尚未理顺
目前，中国逐步形成了政府、企业、居民和非政府组织等多元利益主体，都在追求各自利益的最大化。但目前还缺乏科学、规范地协调区域利益的制度框架，市场机制发挥的作用还不充分，再加之管理体制的不健全及法律制度环境的不完善等，制约着区域间利益关系的协调。区域间的利益更多表现为区域政府的利益，而对于居民和非政府组织的利益关注不够。
（六）国家区域政策的规范性有待进一步提高
中国目前区域政策以行政手段为主，随意性很大；相对而言，法律手段非常少。这既与法治建设很不完善、公众参与程度落后有关，也于传统治理方式的传承、官员的任期及升迁导致的行政短期行为有关。
区域政策执行过程中多头管理问题严重。目前，中国区域政策的执行一般涉及几十个相关部门，经常出现一种事务同时由多个部门进行管理的现象。由于各职能部门协同不够，造成这些政策措施的实施效果并不理想。
（七）主体功能区的推进是区域协调发展面临的重要约束条件
推进形成主体功能区是国家“十一五”规划《纲要》提出的一项重要战略举措。国家“十二五”规划《纲要》指出：“实施主体功能区战略。按照全国经济合理布局的要求，规范开发秩序，控制开发强度，形成高效、协调、可持续的国土空间开发格局。”实施主体功能区战略是落实科学发展观和转变经济发展方式的具体安排，旨在通过区分不同空间单元的主体功能促进人与自然和谐的发展。主体功能区的推进将会与四大板块的区域协调发展战略相互影响，而推进主体功能区的差别化政策与实施效果面临巨大挑战。在经济全球化、国内区域经济一体化加快的背景下，国家推进主体功能区的差别化政策与实施效果面临很大的不确定性。多数地方政府和部门关心的主要是国家能够给予哪些优惠政策及其执行力度的大小。缺乏对主体功能区规划工作本身的深入认识。同时，现阶段中央及地方政府的经济实力与管理能力等因素也将对此产生重要影响。而中央和地方政府目标取向上的不一致，更增加了主体功能区规划实施推进的难度。