通过以上几节的分析，我们可以得出如下认识：

第一，清人对瘟疫病原的认识基本是鬼神司疫和疫气致疫两者长期并存。这两种观念都不是清代才出现的，不过清人在认识上均有不同程度的进步，特别是对疫气致疫的认识。吴有性的“戾气说”不仅从病原上对传染病的揭示更加符合实际，而且对病因的认识相对接近今天的认识。虽然吴有性的《温疫论》成书于1642年前后，不过其影响所及，几乎完全是在清代。而且清人还对他的这一理论做了发挥和完善，弥合了吴对时气和戾气间过度的割裂，表明了疫气形成的途径，认为戾气即疫气是由暑、湿、燥、火四时不正之气混入病气、尸气以及其他秽浊之气而形成的。这些对“戾气说”的补充和完善无疑促进了传统医学的发展，同时也使对瘟疫病原的认识更加接近现代认识。鬼神致疫的观念，在清代的民众乃至医家中仍有广泛的影响，不过批判和怀疑的论断在数量上可能较过去有所增加。而且，随着人们对疾病认识的提高，当时流传的一些有关瘟疫的鬼神故事所反映出来的观念也不断接近实际，从而在客观上形成了对时人预防瘟疫的有效指导。

第二，清人在疫气致疫基础上形成的对瘟疫流行因素、传染方式等方面的认识已比较系统全面，尽管还存在局限。比如，在流行因素方面，对今天认识到的灾荒、人口、环境、习俗等相关因素均有不同程度的感知，有些还相当完备。比如，关于灾荒，认为它在以下三个方面与瘟疫直接相关：（1）灾荒造成的饥荒会致使民众的体质下降；（2）灾荒导致的环境污染有利于滋长疫气或使疫气变毒；（3）兵荒之年，人们居住条件的恶化也会导致易染疫气。这些都能为人们有效地避疫和治疫提供依据。而对疫病传染方式的认识则以空气传播为主导。虽然清人对传染方式的认识并非没有发展，比如，提出了瘟疫的“天受”、“感发”和“天行”等概念，从而为人与人之间传染做出了理论上的说明；另外对接触传播、食物传播、水传播、虫媒传播等传播方式也都形成了一些直观或隐约的认知。但总体上，在理论上基本没有突破疫气传染的认识框架。疫气传染这一认识不仅妨碍了时人对其他传播方式的观察和感知，同时还限制了对某些已经取得的现实观察结果的阐述及其所产生的影响。这比较突出地反映在对苍蝇传播疾病的认识上，虽然汪期莲在刘奎将苍蝇和秽气相联系的基础上，观察到了苍蝇能够传播瘟疫，但却没能做进一步的阐发，同时也没能产生较大的影响，以致直到清末西方细菌学说传入后，蚊蝇的传播作用才引起普遍的注意。这一认识缺陷所造成的危害对温暖湿润、以肠道传染病为主的江南来说，可能尤为严重。

第三，就总体而言，有清一代对瘟疫的认识出现了两次重大的变化：一是明清之际“戾气说”的提出和发展，二是清末西方病菌学说的传入和为人所接受。“戾气说”对传染病的病原和病因的解释都在原有基础上前进了一大步，并直接激发了清代“温病学派”的兴起，成为明清传统医学发展史上夺目的亮点之一。这一学说的提出以及“温病学派”的出现和发展，极大地提高了当时急性传染病的医疗水平。[1]传统医学在这一方面的不断发展，显著地表明了这一学科对现实较为灵敏的反应能力和活力。至于后一方面的变化，虽然病菌学说的发明和传入与传统医学并无关系，但它之所以能被国人接受并被部分融入传统医学思想和治疗中[2]，则应该跟传统医学的积累和发展有关。[3]

第四，传统医学是一种关乎整体的系统生态医学，对外感疾病病原的认识一直以“气”为基点。清代“戾气说”显然是在传统医学的理论框架和体系中出现和发展的，十分突出地显现了传统文化的特色。就当时的情境而言，它无疑大大地推进了对瘟疫的认识和医疗的发展。尽管从现代西方的医学理论来看，它有着明显的局限，比如说限制了人们对病原进一步的探讨和对除空气传播以外的其他传入途径的明确认识等，但这至少表明，传统医学理论体系并不是故步自封的僵化教条，而是有着自己独特的认知方式和价值。因此，今天传统医学的发展，就不应是摒弃自身的体系，尽力削足适履以将其纳入西方的理论体系之中（事实上，这也无法做到），而应通过与西方医学理论和实践的关照，发现自身的局限，在改进原有认知方式和体系的基础上，取得突破和发展。

第五，鬼神一类的信念在今天一般认识中自然是被视为与科学相对立的“封建迷信”，不过在清代乃至古代，鬼神司疫的观念却与大致相当于今日科学的疫气致疫的观念长期并存。在前面已经看到，鬼神司疫并不是文化水平相对低下的普通民众的专利，相当多的文人乃至医家同样信仰，但这似乎并不一定意味着对医学认识的排斥或妨碍对瘟疫的理性的认识和治疗。清代名医徐大椿曾著有《病有鬼神论》，认为：“夫鬼神，犹风寒暑湿之邪耳。卫气虚，则受寒；荣气虚，则受热；神气虚，则受鬼。盖人之神属阳，阳衰，则鬼凭之。”[4]张景焘亦相信：“既遇鬼疾，自应祛遣，切勿恃无鬼之论，与之作难，致使病者受累。不过以医药为主，毋徒听命于鬼而已。”[5]不过，他们在具体的治疗中，仍主张尽人事，以医疗驱除病邪。这一思想，晚清的陈虬在回答其弟子的提问时，做了较为充分的说明。他说：

惟圣人为能知鬼神之情状，夫子之告樊迟也，务民之义，敬鬼神而远之。告季路曰：未能事人，焉能事鬼？医，人道也。当务民义，尽人事，平时当具伏魔之道力，临时方能施逐疫之神方，提起元神，念念救世，则灵光四射，笔锋横扫，自能战退群邪，远吾仁寿世界。奚事上效驺摇，始能永命哉！ 《素问》不云乎，拘于鬼神者，不可与言至德，欲昌轩歧之教，岂可稍背其宗旨哉！[6]

这表明，鬼神司疫观念的出现和流传，在于人类的理性不足以圆满地解释疫病的原由。所谓的“科学”和“迷信”并不见得一定是截然对立的两极，在某种意义上，不过是人类不同时空范围内不同的认知方式而已。

[1] 在现代的医史著作中常常可见这一类的评价，比如，较近的一部著作指出：“温病学说的形成，极大地丰富了中医在急性传染病治疗方面的内容……即使到今天，人们虽然知道了肺炎、乙脑、流感、伤寒等许多传染病的微生物传染源，但在应用中药治疗时，仍然必须遵守辨证施治的原则进行。试图以一方一式针对某一传染源进行治疗的尝试，总会得到无法令人满意的结局。”（廖育群主编：《中国古代科学技术史纲·医学卷》，188～189页）

[2] 有关西方医学的传入和国人之态度，可参见廖育群：《医道岐黄》，244～279页；邓铁涛主编：《中医近代史》，6～74页，广州，广东高等教育出版社，1999；赵璞珊：《中国古代医学》，257～263页。

[3] 晚清医籍常常将西方细菌学说引入自己的论述中，并在固有的“毒”这一认识上，将两者结合起来。前面已经指出，将戾气与“毒”相联系，乃是清代对戾气学说的一个发展。比如，杭州的连文冲指出：“不才素聆先训，以为自生之霍乱，不外六气，伤食，积水，传染之症则毒也。毒亦视岁气以为衡，此征诸西人之书，内科新说，专指传染，而性质暴速之故，自谓尚未确知，不过见肠胃中多白水而已。近日西人，覆加考核，谓其有小虫，夫曰白水，曰虫，即毒之见端也。”（连文冲：《霍乱审证举要·霍乱先辨阴阳说》，见《中国医学大成》，第4册，715页）

[4] 徐大椿：《医学源流论》，卷上，见《中国医学大成》，第9册，790页。

[5] 张景焘：《寓庐日记》，卷9，100a页，宣统三年石印本。

[6] 陈虬：《瘟疫霍乱答问》，见《中国医学大成》，第4册，707页。