我们万万不可“泥于迹”以定密之之学，既不能以其入佛之行迹，而认之为佛，亦不能因“真如”、“般若”、“空”、“无”等字迹而以其为佛或老庄，更不能以“智每因邵、蔡为嚆矢”之言迹而信其为象数学。同理，我们不能以其有“所以”、“学”等范畴就以为是朱子学。我们知道，方以智所采用的范畴都是经过他“炮制”、“烹饪”过的，其内涵别有新义。为了防止执一家之言，即使有与前人相同意义者，他也另立新词以别之，如“公心”其实就是孟子的“大体”、张载的“天心”、陆九渊的“本心”、阳明的“良知”。这是他“圜三化四，不居一名”的个性特色与学术主张。所以，欲究其学，须通其大旨，于其言外悟其心，不可寻章摘句。
透过方以智著述的用语层面，本著通过对其心性论思想的全面探讨，笔者认为方以智中晚年所论，客观上本《易》讲於穆不已之天道、太极、贯几、公性等，主观上本《论》、《孟》谈仁、公心、潜体、率性等，以“人心即天”著明天人合一、心性一体，自《易》渗透《论》、《孟》，使之一贯无碍而互相发明，其思想亦因此而圆满。以此窥其学，则为牟宗三所言“纵贯系统”。如果就方以智的学术使命而论，则是以《周易》为本，接续阳明心学，补其缺憾，另有以易理会通三教之意。如果单从理学学术史的自身发展脉络来看，方以智的体用论、心性论又有回归北宋诸儒由《周易》和《中庸》为入路的学术特点。程明道“以觉训仁”、“至善无对”、“性无内外”、“廓然大公，物来而顺应”和“天人一本”的思想，以及张载“一故神，二故化”观点，都是方氏学旨的重要思想资源。另外，其“无知”、“无心”、“无意”、“无物”之说，显然亦深受王龙溪“四无”说的影响。以上诸元素并非扞格不融，因为程明道、王阳明、王龙溪本来就是一系[27]。这个结论既合其“提心宗而百家之理皆归一”之论，又不与施闰章“易理”说、黄宗羲的“言河洛之数，另出外意”说相矛盾。
言及于此，笔者想起了熊十力先生，熊先生训“乾元”、“太极”为“仁体”，认为“夫仁体者万物所资始，而以其在人言之，则曰性。以其主乎吾身言之，则曰心”[28]，并从“太极”与众爻之关系中体认出“即每一物，皆具太极全体。（自注：譬如众沤，皆揽大海水而成。即每一沤，皆具全大海水。）”[29]如此等等。熊先生以为“余平生之学，颇涉诸宗，卒归本《大易》”[30]，且对阳明学多有贬斥，但是，如果有学者认定他是“作为接续思孟——陆王一系的新儒家”[31]，也不会有人以此为一己之臆见。
辨方以智之学旨，自然不能忽视其思想的独特性与时代性：第一，他虽然继承了王阳明以心说性的学术传统，然却于阳明学多有修正。如方以智以《周易》、《中庸》为入路，弥补了阳明学契接“於穆不已”之天道处仍嫌弱而其后学之所以有狂态者之不足。再如，他极力寻求从阳明心学体系内，合理的安排“实学”或“质测”之学，其中“质测即藏通几”[32]、“外学多，内学一”、“格合内外”等等即是，此与王阳明深恐“专求诸见闻之末，而已落在第二义”已大不一样。这是对阳明心学的创造性发展，且超出了方以智的时代问题意识（中西文化的会通、对实学的需求等）而具有普遍性意义。第二，方以智喜以三教共法来言说天道、仁心，如“不落”、“无执”，“无思”、“空”等等。但无论如何，他所说的“贯者”就是“於穆不已”之仁，否则，何来“克己者，如果实堕地，震雷一发，孚甲迸裂，千枝万叶敷荣而出”之“全树全仁”说；如果没有“仁”，不是“仁义内在”，又何有“从心率性”之论。佛家能“从心”？道家能“率性”？“执一乎，水济水耳”[33]，此即其学的“容遁”性与开放性。第三，其思想特重“以上贯下，即无上下”、“太极非阴阳，而阴阳即太极”之体用圆融观。同时，他又极力维系“一”（道体、心体）的纯粹性与主宰性，以预设道德创造之本心作为实践行为的超越根据，如“刻刻在事物中打滚放赖不沾灰”、“物物而不物于物”、“尘滓不入”、“太极藏身于一切爻，而人不能以一爻限量之”等等，皆是此理。
再者，方以智不是谨守家学者。其曾祖父方学渐“见世之谈心，往往以无善无恶为宗，有忧焉”[34]，而方以智却以“称本体为善，犹称本色为素也，非恶所取对也”以及“无善无恶乃至善”来倡其性善论。
总之，方以智的思想很复杂，他是一位自由思考的思想家，如果用一语来概括其学术归旨，确实是一件难事。但若仅以“集大成”来总其学，看似不违他本人之言，其实是一种不负责任的消极做法。本文定位虽然还有待于学界指正，但却是基于具体的评价标准与评价视角，非依其“迹”。程伊川说：“圣人本天，释氏本心。”[35]伊川的说法虽然遭到质疑，但自唐韩愈以至宋明诸儒无不以天道、天理、心与性之内涵为标准来甄别儒与二氏，却是事实[36]。即使在儒学内部，如朱陆之异，亦须从二者所论天理、心性处见分晓。本论文以方以智心性论为标准对其思想进行定位，并不悖传统的做法。最后，需要申明的是，笔者决不是先立一意，然后再到方著中寻找相关言辞来完成本论文的。即使在写作之前有一些朦胧的想法，这也是建立在笔者熟读其主要著作，并做了十多万字的分类笔记之基础上的。