在方以智，心即是“於穆不已”之天道，他说：“心即是天，天休歇耶？自强不歇，於穆不已。”[1]又曰：“天以心予人，人心即天，天以为宗，即心以为宗也。”[2]同时，心亦为仁，如他说：“仁，人心也，犹核中之仁，中央谓之心，未发之大荄也。”[3]故心、性、天、仁为一，皆为形上之体。仁心不是经验的，用他的话来说，仁心即是“不生灭心”或“公心”。如此将心与性体认得极分明，方可寻得下手处。张横渠有“心能尽性，人能弘道”的工夫，程明道是“识仁”，陆九渊为“发明本心”、“剥落物欲”，王阳明是“致良知”。方以智没有执定上述一家之言，“但肯尽心，自然见性”[4]的工夫可以说是合而统之。
（一）“尽即古烬字”
程明道言“学者须先识仁”，却未就如何“识仁”开出一确定的工夫入路。方以智说：“信所谓识本心者，即程伯子之所谓识仁。”[5]严格说来，“信本心”亦不是一种具体的下手工夫，如何“信”？如何使本心、仁体彰显、贯通于事事物物？这才是工夫的确实入手处。然“信本心”却是“识仁”工夫的前提和超越的根据，无超越的本心、仁心，成德之路只得另求它途。在方以智看来，实有“不睹”、不信者，他说：“性者，天之命也。圣人，性之不惑者也。……百姓者岂其无性？情之所昏，相攻相取，未始有穷，故虽性与圣人不殊，而终身不自睹焉。”[6]方以智本于《中庸》“天命之谓性”，肯定百姓与圣人具有相同的人性，圣人与百姓之别只在性之惑与不惑、昏与不昏、睹与不睹。如此，则除去情欲所昏、所惑而使仁心显露贯通，就成为道德修养的切实下手处。
方以智称这种除去私欲的修养工夫为“尽心”，他说：“惟天下至诚为能化，化岂可以致力，而光虚谈乎？尽心而已，人肯尽心，欲即无欲。”[7]在他看来，尽心见性，无执于欲，任性周流，即至化境。“尽心”见于《孟子》，方以智对“尽心”的理解，有别于其他诸儒，他说：
尽即古烬字，从聿从火从血（皿）。今加人为侭，而尽为去声。其实尽心之声义用心之至矣：有知而无知之义焉，有成人究竟之义焉，有勇猛到头之义焉，有薪尽火传之义焉。愚以“尽变化”三字明荀子之针蚕云，明孟子之“尽心”九句；即孔子之“志知从”六句，亦可了然矣。[8]
方以智训“尽”为“烬”，有磨炼、剥落之义，自与前贤有别，然合于孟子“苦其心志，劳其筋骨”一语。他以“尽变化”明孟子“尽心”九句等，又训“变”为“治”，训“化”为“从倒人”[9]，此与他处穷居危的人生经历相关。方以智究竟要“烬”掉什么呢？上文并没有说清楚，在其他地方，方以智说得更加明白，他说：“生死即此心也，故烧之则能尽，尽之则能空，空之则能舍，舍之则能出；心空一切空，能出则可以入而无碍矣。”[10]方以智中年“跳北趼南，数履硙硙之刃”[11]，在《东西均》、《易余》等中年著作中，他常常执着于“空生死”来说除去种种欲念。其“烬”之旨在于“知而无知”。除此之外，无思之思、无为之为、无见之见等，亦皆应由“烬”的工夫所至。再者，方以智中年流离失所，他于古今学脉、儒佛之异，未必真能笼罩得住，如“心空一切空”之“一切空”似为佛家语，此与同著所言“仁，人心也”、“人心即天”不相类。其实，他只是想说“生死即此心也”。“生死即此心也”之“此心”是意见之心，是习心，“空”只是空生死之类的意见而已。
方以智喜以“空”、“无”、“虚”来说本体，但又深恐读者执定个“死空空”、“死无知”，所以，他翻来覆去地强调“空”、“无”与“死空空”的区别。其实，这就是王阳明“人心本体原是明莹无滞的”和王龙溪的“无意之意则应圆”所要表述的道理，没有必要如方以智分解式地强调、说明。他以“空”训“尽”，希望以工夫上的“烬”达到本心的“空”与“虚”。如何烬心？他说：
然心何以得空？故从而缚之，爇之，煅之，淬之，此不得已用《大过》之薪也。本自无别，不坏世相，而《大过》偏胜，又焦芽灰死矣。[12]
他还援引佛语，指出了种种化人、烧人而达到使之“空”、“尽”的目的，他说：
是故单提之家，奇语、玄语、冷语、毒语、颠倒语，棒之、喝之、刺之、忤之、疑之、误之，不迷不悟，不误不迷，……吹毛涂毒，石激电拂，皆烧人尽心之法也。”[13]
如果上文“缚之，爇之，煅之，淬之”以及“棒之、喝之、刺之、忤之、疑之、误之”和“吹毛涂毒，石激电拂”等，还不能穷尽“从火从皿”之“烬”的全部意蕴，“烬”还包括危、险、病、死、小人等一切能致人忧患者，如他说：“总以征心，心即生死、不生死之原。微哉危哉，道心即人心也，惟其危，所以微。故《易》于《离》象心火，而于《习坎》言心亨。心之险也如此，险习则通矣。吾又于水火收《大过》而知虚其实之为反习之用，独立无闷，莫亲切于《大过》之送死矣。见于《复》，获于《明夷》，不获于《艮》，而亨于《坎》，以重险待处忧患之人，置之死地而后生也。习者，劳之也。惧以终始，存存慎独。”[14]用水、火攻其心，劳之、危之、险之、死之，使之“惧以终始”而为“处忧患之人”。总之，一切被视为恶的东西都可以磨炼人心，小人的存在亦可以砺炼君子。他深信只要有此“尽心”的工夫，自然达到“能出则可能入而无碍”的圆融无碍之境。这种独特的“尽心”工夫，流露出他经历亡国之后不得已而遁入空门的悲凉之感，丝毫不见“吾与点也”的洒脱风光与“无碍”之境。
此“尽心”之法，方以智亦称为“自尽”，如他说：“能使人心自尽，而不居其烈；使人人心行其光，而可以束缊，……主其大体，容诸爝火纸烛，以新万世樵采之心，此天地之所以大也。”[15]虽曰“自尽”，然对于本心而言，这种“以危入微”的方法实为“他尽”。
方以智的“烬心”说，尚有许多难解之处。他以“烬”训“尽”，虽然提出了文字学上的依据，从义理上讲，《孟子》中亦有“生于忧患而死于安乐”之说，《告子下》曰：“故天将降大任于是人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身，行拂乱其所为，所以动心忍性，曾益其所不能。人恒过，然后能改；困于心，衡于虑，而后作；征于色，发于声，而后喻。入则无法家拂士，出则无敌国外患者，国恒亡。然后知生于忧患而死于安乐也。”但问题是：孟子的“尽心知性知天”之“尽”的对象是“心”，即为知性知天的“四端之心”，故常为宋明儒者引为修养的工夫，孟子“生于忧患而死于安乐”云云，其对象是“心志”、“筋骨”、“身”、“所为”等形气，其意在说明“人之生全，出于忧患，而死亡由于安乐”[16]的道理，故后儒讲道德修养一般不以此立论，尤其持本心论者如此。严格说来，“生于忧患而死于安乐”最多只是道德修养的助缘和条件，不能算作修养的工夫。然方以智将孟子的“尽心”与“生于忧患而死于安乐”结合起来，以“烬”训“尽”，得出“惟其危，所以微”的结论，有些勉强。按照方以智的说法，“危”是危及经验层的身体、生命，而“微”指道德本心之精微，二者不相交涉。方以智所谓的“忧患”、“危”、“小人”等皆来自于外界，并没有指向本体仁心。正因为这样，他以为“奇语、玄语、冷语、毒语、颠倒语，棒之、喝之、刺之、忤之、疑之、误之，不迷不悟，不误不迷，……吹毛涂毒，石激电拂，皆烧人尽心之法”等，就能够如愿地达到“尽之则能空”、“欲即无欲”、“知而无知”之圣知，似乎于理不通。不过，这与他“惟其危，所以微”的生活经历倒是相一致的，但并非意味着“惟其危，所以微”就能成为道德修养的普遍原则。
王阳明也有认为孟子“劳其筋骨”就是“致良知”的说法，他说：“在孟子言必有事焉，则君子之学终身只是集义一事。义者宜也。心得其宜之谓义。能致良知，则心得其宜矣，故集义亦只是致良知。君子之酬酢万变，当行则行，当止则止，当生则生，当死则死，斟酌谓停，无非是致其良知，以求自慊而已。故君子素其位而行，思不出其位，凡谋其力之所不及而强其知之所不能者，皆不得为致良知；而凡劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身，行拂乱其所为，动心忍性以增益其所不能者，皆所以致其良知也。”[17]在这里，王阳明不仅认为“劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身”是“致良知”，而且“酬酢万变、当行则行，当止则止”也是在“致良知”。阳明只是以“劳其筋骨”、“酬酢万变”来说“心得其宜之谓义”、“集义亦只是致良知”的道理，而反对“谋其力之所不及”之“不义”、“不宜”之举。所以，阳明只是以为“劳其筋骨”、“酬酢万变”是“宜”、“义”，做到“宜”就是“致良知”了。他并没有着力去讨论“劳其筋骨”与“致”的关系，这正如他也没有讨论如何去“酬酢万变”一样。
方以智则不同，他以为“吹毛涂毒，石激电拂，皆烧人尽心之法”，并认为“尽之则能空”、空即可达到“欲即无欲”、“知而无知”之圣知。可是，这些“烧”、“烬”的目标总落实在经验的筋骨上，而不在本心、仁体，故惟“烬”实难“识仁”，也不可能达到“以危入微”之目的。当然，方以智所言“尽”之义远不止于此，如“克之言尽也，能也，为其克而能生也”、“尽心以成其知”、“所以欲人空尽之，而后复先天之初也”以及“空其自私自利之心”等皆以道德本心作为修养的标准，以“见性”、“识仁”为根本目标。
（二）“空乃能实”与“尽乃能知性”
对方以智来说，天德仁心本身就含有不容己的创造之“生机”，如同仁出核：“千枝万叶敷荣而出”，不恃外力，“可谓极致丹青手”。然总有“甲闭而生机不复”，而造成对于仁体“终身不睹”、觌体不明的时候。《易·系辞下》曰：“夫乾，天下之至健也，德行恒易以知险。夫坤，天下之至顺也，德行恒简以知阻。”仁体虽有至健、至顺之能，但亦有险阻，此险阻即后天之私欲；就仁树之喻来说，此险阻就是阻挡仁出之壳甲。为了让仁体之实贯通、涌现，“空”就是要依靠核内之仁体自己的“生机”来打破壳甲；道德实践地说，就是以仁心除去（空除）私欲之蔽，使仁体得以流行于万物。
“贵通”是方以智思想的显著特色，他说：“本贵通也，而通始乎专，以专得直，以塞得专，专乃能熟，熟乃能破，破乃能烂，烂乃能化，化乃能空，空乃能实。”[18]除了早年要求质测之学应“通变”、“通类”之外，在中晚年，其“几”、“所以”、“理”、“心”、“性”等无不具有“通”的属性。“通”即是“於穆不已”者之“贯”或“塞”，他说：“全树汁其全仁，仁为生意，故有相通、相贯、相爱之义焉。”[19]在《东西均》一著中，他从形式上以比喻的方式设计“交”、“轮”，其目的就是要说明与天道、心性同质的“几”的“穆不已”性与“通”、“塞”性，这是宇宙本体论意义的，落实到道德实践中就是“仁为生意，故有相通、相贯、相爱之义”，这种说理方法与北宋诸儒（如周濂溪、张横渠、程明道等）相类，亦接于阳明学直接从《孟子》开出道德实践。
他以仁核之喻说：
克之言尽也、能也，为其克而能生也。仁藏己内，如果实之仁藏甲内，其根、干、花、叶皆具。但甲闭则生机不复，如形骸隔则三千、三百之用不显，万物一体之量，局在躯壳之内，不得与天下通。[20]
“仁藏己内”有“能生”之功用，此依孟子“仁义内在”之理路。仁义外创为道德法则，道德法则即是心之所发，此即“上者，见礼即是自己”、“礼是合外内、位南用北者也。内之直之心发为外之节文，便中规矩”[21]，亦即象山、阳明“心即理”也。本心能起道德创造之用，事事得之成理，如同仁之于核甲内，发为根、干、花、叶，则根干花实皆具，方以智称之为“根干花实之中节，秩序历然”。根干花实即指点为事事物物，根干花实得仁以成，无仁俱亡；万物万事得理而顺，此即方以智所谓的“舍心无物”、“舍仁无树”。仁惟在根干花实处见，“辟如全树体其全仁，而根干枝花，各中其节，岂必执树未生前之核哉！”[22]此即“圣人观易，止就天地指点，而太极在其中矣。舍一无万，舍万无一”[23]。亦可谓“舍物无心”、“内外合一”或“万即一，一即万；神与迹不二矣”[24]。然若“甲闭”、“形骸隔”，则“生机不复”，其体不显，其“仁”只是“寂体”或“潜体”。如此，本来是“万物一体之量”的“仁”，由于“形骸隔”而不能成其充塞之用。
既然仁心不能充塞流行的原因在于“甲闭”与“形骸隔”，为了让“万物一体之量”显露出来，就要打破“躯壳”之局限，做到“与天下通”，使万事万物皆为吾仁心所贯。于是，空“壳”破“甲”、“剥”皮“克”欲，就成了工夫的切实下手处。他说：
外皆是内，一破即通，而非有破可执也。善乎圣人之告渊曰：“一日克己复礼，天下归仁焉。”莫先于智，何不曰复智？莫尚于信，何不曰复信？……己尽而仁出，核烂而生机通矣。克其皮相之己，复其大一之己，即由其天下之己矣。[25]
克己者，如果实堕地，震雷一发，孚甲迸裂，千枝万叶敷荣而出，复还旧观矣。孙其澳先生曰：“剥，烂也。烂即是克，剥烂复反，消息相因。”解定克是刬除费力固非，执定克为不用力者亦非。[26]
方以智在这里借用孔子的“克己”来说“空”、“尽”的工夫。“克”是破除“皮相之己”、经验之小我，让仁体显露，即“己尽而仁出”。依上文，“克”与“尽”、“空”的意义与目的皆相同，皆为除欲见性、去阻显仁之义，其义自通。如果说以“烬”训“尽”，多少含有从外部致力（“烧”）的话，以“克”训“尽”则完全体现了仁体自身的生机力量——“自尽”、“自克”，即“克之言尽也，能也，为其克而能生也”。如果说“致无知之知”是孟子的“良知”的话，则“自克”即是“良能”。“破壳”去欲，不是把仁心或核仁摆在那里，以另有一种仁之外的力量去“破”与“克”，以发明仁心。这是方以智最极力反对者，故他说“非有破可执也”。正如王龙溪所说：“孟子曰：‘凡有四端于我，知皆扩而充之。若火之始然，泉之始达。’天机所感，人力弗得而与，不闻于知之上复求有物以为之主也。”[27]“破”、“尽”乃仁之能，是自然而然之事，无人力之造作，更无一物主之。这种“自克”的反思，旨在直觉地领悟到“仁心”作为价值根源的创造性，使自己超越于经验个体，踏上一个质的精神境界。这种“自克”并非按照一定规律出现，而是“天机所感”，是通过绝对自由的方式出现的。方以智说：“自克自由，则不必勿之而自无矣，犹言非礼勿视、听、言、动也。车不横推，理无曲断，即是悟门，即是本体，即是工夫，即是方便。”[28]自克自由，直通“於穆不已”之体，犹有欛柄在手，犹言非礼勿视听言动，亦犹车不横推，理无曲断；各适其宜，自然而然。“自克”是工夫，“自”是仁体。于“克”言体，全用是体；于“自”言用，称体起用，即工夫便是本体，即本体便是工夫。方以智用语极难理会，“车不横推”与“解定克是刬除费力固非，执定克为不用力者亦非”，意即，“自克”就要像“车不横推”一样，用力于“克”为非，不用力于“克”亦非。胡居仁言：“心无主宰，静也不工夫，动也不是工夫。”[29]方以智所言“自克自由”，就是要仁心作主，物得其宜。儒家言“人力弗得而与”、“不用力”，不是茫茫****，全无实下手处，不是“解定克是刬除费力”，而是顺仁体之自然流行，此合孟子“必有事焉而勿正，心勿忘，勿助长也”（《公孙丑上》）之著力与不著力义。方以智用语难解，既是有意为之[30]，亦是个人气质所限。
按照“全树皆本”、“内外合一”的体用关系，方以智一直反对“偏认寂寞者为性”[31]，批驳气外求理，执定一个空悬的仁体，用王阳明的话来说，此为“沉空守寂，学成一个痴呆汉”[32]，用方以智的话说，此“痴呆汉”就是执定“未生前之核仁”，或曰“舍万求一”、“离树求仁”。体不离用，仁就在“使民安生”之事事物物中，方以智说：“矜高者，闻此全末全本之说，喜匿于恢谲濛鸿，偏而执之，……贵知无即有之仁，便信有即无之树。信此有即无之树，当信种之、灌之、护之，乃所以善用其有即无之生者也。不栽培其生，以使民安生，而徒以生即无生雄其簧巧，夺五民之常膳，以供挂树之神钱乎？”[33]破除私欲之隔，让仁心贯注于“使民安生”之种种事物中，于此见性、知仁。求仁不离日用生计，仁就在“五民之常膳”中，夺之而求仁，如同“供挂树之神钱”。这种与世不隔的、内在求仁之功，就是谢上蔡所言：“非事上，做不得工夫也。须就事上做工夫。”[34]谢上蔡是契悟程明道观雏鸡“识仁”之义理而发的。王阳明亦反对“悬空”地“致良知”，他说：“其工夫全在必有事焉上用，勿忘勿助只就其间提撕警觉而已。……今却不去必有事上用工，而乃悬空守著一个勿忘勿助，此正如烧锅煮饭，锅内不曾渍水下米，而乃专去添柴放火，不知毕竟煮出个甚么物来。”[35]这种与世不隔的工夫论，王龙溪说得更为明白：“知外无物，物外无知。如离了悦亲信友、获上治民，更无明善用力处。”[36]仁体（良知）随时呈现，万物皆仁之感通，全树皆仁，“种之、灌之、护之”即是实事，又是工夫。圣人之学主于经世，原与世不隔。
如此，方以智理应激烈反对罗念庵的“归寂”[37]论，可是，他却说：“罗念庵谓龙溪曰：本体工夫，固当合一。原头与见在，终难尽同。若识得者，愈加着到，愈无执着；愈加照管，愈无挂带。兄今言出，便为轻重。人品、工力不等，未可尽以解缚语，增它人之纵肆也。但曰知无不良，不可少有加于良知之外，说似精义，然几微倏忽，便落见解，其不良者果孰为之？……阳明子为圣学，有锻炼未久而许可太早者。今公等不能究竟，以求先生之所未至，尚何诿哉？龙溪矍然起曰：惠我至矣！”[38]经查证，上段话出自罗念庵《答王龙溪》一书中。方以智在原文的基础上有所增减，至于“龙溪矍然起曰：惠我至矣！”一语，则不知所原。据黄宗羲所记：王龙溪恐其专守枯静，不达当机顺应之妙，访之于松原，结果是“龙溪嗟叹而退”。黄宗羲所记根本就与方以智所说“惠我至矣”相反。或许龙溪的“惠我至矣”就是方以智自己的话，只不过以王龙溪的话表述出来而已。方以智以为龙溪“惠我至矣”，也许只是取罗念庵的“人品、工力不等，未可尽以解缚语，增它人之纵肆也”一句，而不在“原头与见在，终难尽同”这种将良知分为“原头”与“见在”之两截的观点。分“原头”与“见在”显然有悖方以智本人“生后之树即未生前之仁”及“全树全仁”所含之义理。
“自尽”、“自克”除了含有仁心本身向前推进、破除私欲间隔而让它充分地呈现出来，以见于行事之义，即孟子的“扩而充之”之义之外，亦有“复”的意思。但“复”须在“克”与“尽”中复，如上文所引“克其皮相之己，复其大一之己”以及“克己者，如果实堕地，震雷一发，孚甲迸裂，千枝万叶敷荣而出，复还旧观矣”即是。“复”是还其本来面目，有后返之意，而后返之复必须在“自克”中见。仁体之本来面目是“万物一体之量”，而非“核中之仁”或“寂体”。道德实践地说，仁心本来与万物不隔，万物皆仁心、天理之流行。由于时代不同，处明清之交的方以智认为仁心贯于事事物物（即“全树全仁”之“树”）不再偏于伦理范域，而是“救世”、“技艺”、“使民安生”、“茶饭”等有关民族安危、百姓安生的“实事”、“实学”，这是他及同时代思想家的共同特点。
虽然“空”、“尽”、“克”就是要除去私欲之隔而复其大我，但这并不意味着方以智就是否定一切以躯壳为基础的感性欲望。除欲旨在立体、显体。但是，单显仁体有可以能成为“光景”，所以，还须有仁体之呈现。呈现即涵有创生、润身之用。创生之用不离情，润生之用节夫情。以核仁之喻来说，先要“空其自私自利之心”、“克其皮相之己”以立体，见得仁体分明；只此则成一“寂寞之体”，故要“破核”，冲破躯壳之阻，实现“全树全仁”。“核”与“树”皆感性层、气质层，同为经验物，方以智并未一并除之。相反，他还强调“舍此全树，别无树中之仁”[39]，亦或“将斩枝、伐干、掘根而求其核中之仁乎？”[40]此即“情由性发、性因情显”义。“睡食色财名”即是“有情之五因”。对于“私”，他还提出了“以己之私，絜人之私，而后公性昭焉”之说，如其曰：“赤子不自知其私，而未尝不私，可以公，而不自知其公者也。及长而闻道，以己之私，絜人之私，而后公性昭焉。以性之公，节情之私，而后同德普焉。”[41]从其破“核”与存“树”的观点来看，他只是要求除去“私己者，以不知有公心”等一切害仁义、企图阻碍仁心贯注的感性私欲。方以智所言害仁之私，大多是指人心有所执者。