在善恶观上，方以智具有鲜明的个性特色，体现在以下几个方面：第一，方以智坚持“性善论”，但是，他始终是以“天命之谓性”与“继善成性”来说性之至善，这是他认为天道、心性同为“於穆不已”之仁体的必然结果。其性善论并非本孟子的“四端之心”而言的，如“於穆不已，无声无臭，未发之中，称之为善”，但这仍然契合孟子所言性善，因为孟子本来就有“尽心知性知天”的说法。第二，对方以智来说，存在两种截然不同的“善”，即“有善恶对待之善，有不落善恶之善”。其中“不落善恶之善”就是先天性体之至善，而“善恶对待之善”则是后天与“恶”相对的“善”。他对性之“至善”的看法又明显同于程明道及胡五峰等认为性善是“非恶所取对”的观点，而表现出与朱子的看法有异。同时，其“无善无恶乃至善”的思想内涵又多少采撷了王阳明“无善无恶心之体”的说法。他们“至善”观的共同点仅限于此，因为方以智以“无善恶在有善恶中，善在恶中，体在用中”的方式，直视“至善”为体，这是他善恶观的第三个特色。方以智论善恶的第四个特点就是“恶消而善不立”的说法。他按照“源一流二，二即善、恶”的思想，相对至善（“一”）而言，“二”就是后天的善与恶，或后天的习气（恶）。由于他视后天的“用”（或“二”）为恶或有善有恶，故一切相反相因之“二”皆可以善、恶言，如“静则善，动则恶；体属善，用属恶；生为善，死为恶；未生为善，生后为恶”、“春夏善，秋冬恶；昼善，夜恶”等，并以此肯定了“小人”、“恶”存在的必要性。在这些善恶论的特色中，从前两点我们又可以看出方以智有回归北宋诸儒由《周易》和《中庸》为入路的特点。
在性情观上，性与情是“一神于二，即器是道”的关系，是仁贯全树而“贯之大体未尝亡也”的体用圆融关系，因而理气（性情）为“泝而上谓之命，顺而下谓之情”之直贯型。另外，他既有继承北宋以来理学家“情由性发、性因情显”及“性其情”等传统思想，又有肯定“睡食色财名，有情之五因”这种体现其时代特色的说法。在性情关系、情之内涵和情之善恶等方面，方以智深受程明道《定性书》“性之无内外”、“以其情顺万事而无情”的影响，而与伊川、朱子“约情合理”有别。
[1] 庞朴注释：《东西均·译诸名》，第164页。
[2] 《一贯问答·孟子三乐》，载《儒林》（第二辑），第294页。
[3] 《一贯问答·问一贯》，载《儒林》（第一辑），第268页。
[4] 《易余小引·三子记》。
[5] 《性故》。
[6] 《知言》，见《胡宏集》，第14页。
[7] 陈献章：《禽兽说》，见《陈献章集》卷一，孙通海点校，北京，中华书局，1987，第61页。
[8] 《答横渠张子厚先生书》，《河南程氏文集》卷第二，见《二程集》，第460页。
[9] 庞朴注释：《东西均·道艺》，第179页。
[10] 《一贯问答·问格致》，载《儒林》（第一辑），第268页。
[11] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷四，第276页。
[12] 《一贯问答·问格致》，载《儒林》（第一辑），第271页。
[13] 《易余·如之何》。
[14] 《知言》，见《胡宏集》，第3页。
[15] 《一贯问答·孔子三无》，载《儒林》（第二辑），第289页。
[16] 《性故》。
[17] 王夫之：《读四书大全说》卷八，见《船山全书》第6册，长沙，岳麓书社，1996，第911页。
[18] 《河南程氏遗书》卷第十三，见《二程集》，第139页。
[19] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷七，第398页。
[20] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄·总论中》，第63页。
[21] 《张子语录》，见《张载集》，第323～324页。
[22] 《旷达论》，见《浮山文集前编》卷之七。
[23] 《知言》，见《胡宏集》，第7页。
[24] 庞朴注释：《东西均·道艺》，第182页。
[25] 庞朴注释：《东西均·食力》，第245页。
[26] 牟宗三：《圆善论》，台北，台湾学生书局，1985，第150页。
[27] 《横渠易说》，见《张载集》，第78页。
[28] 《朱子语类》卷第五，第89页。
[29] 《传习录》下，见《王阳明全集》，第111页。
[30] 《正蒙·乾称篇》，见《张载集》，第63页。
[31] 《横渠易说》，见《张载集》，第78页。
[32] 《朱子语类》卷第五十九，第1381页。
[33] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷六，第334页。
[34] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷四，第243页。
[35] 庞朴注释：《东西均·名教》，第257页。
[36] 方以智：《象环寤记》，载《东西均》，李学勤点校，北京，中华书局，1962，第164页。
[37] 王夫之：《读四书大全说》卷十，见《船山全书》第6册，第1067页。
[38] 《易余·正身》。
[39] 《性故》。
[40] 庞朴注释：《东西均·尽心》，第68页。
[41] 《一贯问答·问格致》，载《儒林》（第一辑），第273页。
[42] 《性故》。
[43] 《一贯问答·问一贯》，载《儒林》（第一辑），第267页。
[44] 方以智：《象环寤记》，载《东西均》，李学勤点校，北京，中华书局，1962，第164页。
[45] 《知言》，见《胡宏集》，第3页。
[46] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄·总论上》，第22页。
[47] 《河南程氏文集》卷第八，见《二程集》，第577页。在该卷下注有“伊川先生文四”字样。
[48] 《朱子语类》卷第九十八，第2514页。
[49] 《朱子语类》卷第四，第71页。
[50] 《通雅》卷首二，总第30页。
[51] 《性故》。
[52] 庞朴注释：《东西均·名教》，第257页。
[53] 庞朴注释：《东西均·食力》，第246页。
[54] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄·总论上》，第28页。
[55] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄·总论上》，第22页。
[56] 《一贯问答·问克己》，载《儒林》（第一辑），第280页。
[57] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷二，第192页。
[58] 冯友兰：《中国哲学史新编》中，北京，人民出版社，2003，第449页。
[59] 《一贯问答·说学》，载《儒林》（第二辑），第297页。
[60] 《一贯问答·问克己》，载《儒林》（第一辑），第280页。
[61] 《一贯问答·问格致》，载《儒林》（第一辑），第271页。
[62] 《一贯问答·说学》，载《儒林》（第二辑），第296页。
[63] 《一贯问答·以明》，载《儒林》（第二辑），第297页。
[64] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷四，第264页。
[65] 《一贯问答·孟子三乐》，载《儒林》（第二辑），第291页。
[66] 《河南程氏遗书》卷第二十五，第318页。在该卷下注有“伊川先生语十一”字样。
[67] 《河南程氏遗书》卷第十八，第182页。在该卷下注有“伊川先生语四”字样。
[68] 《河南程氏遗书》卷第十五，第168页。在该卷下注有“伊川先生语一”字样。
[69] 《朱子语类》卷第五十九，第1380～1381页。
[70] 《张子语录》，见《张载集》，第323～324页。
[71] 《语录》，见《陆九渊集》卷三十五，第444～445页。
[72] 《传习录》下，见《王阳明全集》，第122页。
[73] 牟宗三认为孟子“‘乃若其情’之情非性情对言之情。情实也，犹言实情（real case）。‘其’字指性言，或指人之本性言。‘其情’即性体之实，或人之本性之实。落在文句的关联上说，当指‘人之本性之实’说。‘乃若其情，则可以为善’云云，意即：乃若就‘人之本性之实’言，则他可以为善（行善作善），此即吾所谓性善也。”（见《心体与性体》下，第377～378页。）
[74] 《正蒙·太和篇》，见《张载集》，第10页。
[75] 《横渠易说》，见《张载集》，第78页。
[76] 《朱子语类》卷第五十九，第1382页。
[77] 《河南程氏遗书》卷第二十五，第318页。
[78] 《朱子语类》卷第五十九，第1382页。
[79] 《朱子语类》卷第五十九，第1381页。
[80] 《答横渠张子厚先生书》，见《河南程氏文集》卷第二，《二程集》，第460页。
[81] 《横渠易说》，见《张载集》，第78页。
[82] 孙通海点校：《仁术论》，见《陈献章集》，北京，中华书局，1987，第57页。
[83] 《复赵提学佥宪》，见《陈献章集》，第145页。
[84] 《传习录》下，见《王阳明全集》，第111页。