方以智所称“独性”主要包括两个方面的内容：一是物类之间的“克制生化之性”；二是就后天之质而言其灵蠢各殊。相对“公性则一”而言，“独性”的特点是：第一，独性是多。无论是“物类”之性，还是“灵蠢”之性，皆是多相。第二，“独性”皆就物之“质”而论，属形下之气。“独性”是经验主义或自然主义意义下的描述之性，“独性”是“小心”的认识对象。当然，这两种“独性”亦有不同处。
（一）“物类”之性
《物理小识》是方以智早期自然科学类著作，该著根据物类性情之异，将研究对象分为十五大类，以征其间“克制生化之性”，达到“因其性而用”之目的。
在《物理小识》中，他称“物类”之性为“独性”，如他说：
气行于天曰五运，产于地曰五材。七曜列星，其精在天，其散在地，故为山、为川、为鳞、羽、毛、介、草、木之物，声色臭味，别其端几。黄帝论人亦以五，五约之正，谓独性各别，而公性则一。[76]
此处“独性”即指山、川、鳞、羽、毛等物类之性，“黄帝论人亦以五”是指《黄帝内经》中黄帝所言“天有四时五行以生长收藏，以生寒暑燥湿风。人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐”一语。方以智言“物类”之性，深受《黄帝内经》的影响，其自述曰：“先曾王父本庵公精医学，以为人子须知。先王父廷尉公曰：‘三才之故，身建天地，《灵》《素》不可不学也。’”[77]
“物类”之性乃就“质”而论，他说：“蜜成于蜂，蜜温而蜂寒；油生于麻，麻温而油寒，同质而异性也。”[78]即是说蜜与蜂、油与麻是同质的，而特性不一。从“气之质”和“物之性”方面将事物分成不同的类，是《物理小识》探究万物之间“相同则相求”、“相克则相制”的研究方法。方以智对“质”和“物”的定义和使用，与理学家们训“物”为“事也”有很大的不同，表现出强烈的认知倾向。
在方著中，“质”其实就是气[79]，所以又称为“气之质”或“气质”。根据“一切物皆气所为”和“万物本气以生”的道理，“质”与“物”有相通之处。从抽象程度上来说，“质”比“物”更有普遍性，而“气”又比“质”抽象，“质”相当于构成事物的质料，不完全等同于“物”。但“质”不是物性，由相同的质料构成的物质的性质可能相异，“蜜成于蜂，蜜温而蜂寒；油生于麻，麻温而油寒，同质而异性也”即是。
建立在“类”的基础上的独性，是依物而存、随物而有，它与物同为经验性的存在。这种质性，实由物类的内部结构所决定，某一类物之所以有相同的物性，原因就在于其结构类似，所以我们可称之为类之性、结构之性或形构之性。虽然如此，方以智所言质性，主要还是经验地、现象地描述其外部表相。如他说：
蚕之类，今岁蛾而子，来岁则子而蚕；芜菁之类，今岁根而苗，来岁则苗而实；鹰雕之类，食生；而鸡凫之类，不专食生；虎豹之类，食生；而猫犬之类，食生又食穀。走睫上接下，飞睫下接上，类使然也。[80]
以上完全是以某物的外部特征来定其所属之类，这种方法与泰西之学主要用数字来表示物质结构及其关系（即方以智所言“定算”）还是有所不同。现象是由内在的组织结构所引起，有某类物的组织构造，必有某类物特有的现象特征。沿着方以智的“类使然也”，再往前发展，一定是对“类”的内部结构的考察，所以，将其现象描述性的“物类”之性称为形构之性，并不为过。
“共相”或“本质”皆就某一“物类”而言的，所以它是多，而不是一；从内涵上来看，“共相”或“本质”亦有其具体的内容可描述，有形有迹，故与神而虚的道体不同。物类的“本质”虽然内在于物内，源自于物，但也可以在人的思维中独立存在。这种独立的“本质”或“物类”之性与朱熹的“所以然”不同，朱熹说：“知天命，便是不惑到至处，是知其所以然，如事亲必孝，事君必忠之类。”[81]朱子的“所以然”原于“天命”，是天理，是理一，是超越性的概念。“共相”虽可在思维中存在，然亦呈多相，仍然是相对的、经验性的东西，属于认识心即“独心”或“小心”的考察对象。由经验的认知心对“物类”之性的考测活动，方以智称为“质测”。
（二）“就后天之质而言其独性”与“习性”
《物理小识》所言“独性”是“类”之间的“克制生化之性”，其目的是“因其性而用”。于此，方以智对“不能详一物”的“见性之家”进行了批驳，揭露他们“或舍物以言理，或托空以愚物”[82]的虚妄性。入佛之后，方以智所言“公性”、“独性”又回到“见性之家”的理学传统。“独性”不再是“物类”之间的“克制生化之性”，如他说：
《黄帝经》曰：“六合之内，不离于五。”太阳、太阴、少阳、少阴为四种，偏高之人惟阴阳，和本之人居中。此五种之属，各有五五二十五种，则凡人也。然则得天地之正气者如此少乎？曰：内经因问运气经络而知心之大小、高下、偏正，此其概也。皆就后天之质而言其独性之性之灵蠢也，以其质测易简而约知之直。人受天地之中以生，故灵于万物，此扩而约知者也。天地同根，万物一体，此又扩而约知其本同者也。[83]
“六合之内，不离于五”出自《灵枢》，此处主要用以说明“人受天地之中以生，故灵于万物”的道理。人之生也灵，不偏于阴、亦不偏于阳。方以智以“天地同根，万物一体”来说人物“本同”，这个“本同”是从哪个方面而言的呢？如果接着上文的“气”来说，万物皆“气凝为形”，皆气所为，此“根”为气，则气同。如果从“生生者，气之几也”来说，万物皆本于於穆不已之“几”，此“根”则为天道而不是气。统而言之，气之凝与散皆是天道之妙运，所谓“一阴一阳之谓道”即是，所以此“根”是道亦是气。如果顺前文来说后天“独性”之殊，则“天地同根”之所以“同”，就是同于先天之“公性”。方以智说：“所以为独性者，无始以前之公性也。”[84]这就是说，人物“独性”虽殊，然皆本于无始之“公性”，“公性”即为万物之“根”。同时，这也说明了“公性”与“天道”的同质性，它们都涵有“生生之德”，都是“仁”。如果仅言“公性”或“天道”，尚不足从道德实践方面来说人物之殊、善恶之别，故始有基于此考量的“独性”之名立。于此，可见与超越的“公性”对言的后天之“独性”不再是物类之间的“相同则相求”、“相克则相制”之性，它大致相当于张载以及其他理学家所说的“气质之性”，再如他说：
质论人之独性，原是无所不学则无所不能之性，而公性即和其中。[85]
戴蒙曰：太一片（爿）而为阴阳，阴阳各一其性；分而为五行，五行各一其性；肴而为万物，万物各一其性。五行，变化之父母也，不相易性，况于物乎？惟人得天地之中，冲阴阳之和，聚五行之秀，万善具焉，万物备焉。鸟兽之生也，游者狎于水而不溺，走者驰于野而不踬，然终于此而已矣。人之生也，自赤子不能求其母，自是而进，皆学焉而后能之，无所不学则无所不能。此无所不学则无所不能者，即“不虑而知”“不学而能”者也，是人之性也，是独性也。所以为独性者，无始以前之公性也。[86]
“鸟兽之生也，游者狎于水而不溺，走者驰于野而不踬”，此即告子所言“杞柳”之性，亦为张载“气质之性”。方以智所立“独性”，除了在道德上用以说明善恶之外，还涵有凸显人能“学”的特点。理学家们言“气质之性”主要为了说明恶的来源、人物之不齐，他们多以“偏”（张载）、“塞”或“厚薄”（朱熹）等来说人物殊性。方以智以“学”区别人与物之“独性”，这与宋儒言“气质之性”还是有一定的区别。宋儒言“气质之性”在相当大的程度上就是为了更好地阐明“义理之性”，而不是为了突显“气质之性”本身，如张载曰：“形而后有气质之性，善反之则天地之性存焉。故气质之性，君子有弗性者焉。”[87]如朱子曰：“天命之性，本未尝偏。但气质所禀，却有偏处，气有昏明厚薄之不同。”[88]张载言“气质之性”却强调“善反”与“弗性”，所谓“弗性”就是不以之为本；朱子言“气质之性”是为了以“气有昏明厚薄”反显“天命之性，本未尝偏”。方以智不然，他言“独性”除了伦理意义（反显“公性”）之外，还有“因其性而用”之目的。这是他重视经验知识，重视“质测”之学，而张载却认为“用智乃痴”[89]的根本原因。
另外，方以智另有“习性”之说，他说：“若据质论，则有公性、独性、习性、大心、缘心、至理、宰理之分。”[90]又曰：“宰理、物理、至理、公性、独性、习性，姑离合而言之，乃可决耳。”[91]按照他的说法，“习性”与“独性”应该有所分别，但二者似乎又很多相同之处，如他说：
虚高者以学为习气。不知人生以后，一切皆有，而无在其中，性在习中。天地既分，天地亦有习气，五行之习气更重矣。[92]
以质论之气交凝形，而气籥棲灵，此生后之气质也，即未生前亦缘气以为质也。辟天地一气质也，混天地一气质也，所以为气者贯乎混辟气中者也。气凝形者坏，而气不坏；气习聚者散，而大心无聚散。故称性之质为气，而明气之中曰理。物各一理而共一理也，谓之天理。气分阴阳则二其性，分五行则五其性。人物灵蠢各殊，是曰独性，而公性则一也。公性在独性中，遂缘习性，故学以剥复而用之，明辩而晦养之。[93]
“性在习中”与“公性在独性中”所表达的内涵是一样的，即他所说的“一切皆有，而无在其中”（“无即有之仁”），即程颢所谓“才说性时，便已不是性了”。再将“气习聚者散，而大心无聚散，故称性之质为气”与“就后天之质而言其独性”结合起来看，“气习”与“后天之质”亦无分别。依此可见，“习性”与其就后天之质而言的“独性”在内涵上并没有多少区别。只是“习性”偏于说善恶，更接近理学家的“气质之性”；由于“独性”偏于以“性之质”来说“人物灵蠢各殊”，所以，更接近告子的“生之谓性”。正是如此，当论及工夫时，方以智多以“习性”言，所谓“学正‘回习还天’之药”即是。
无论是就后天之质言“独性”，还是从善恶层面言“习性”，它们都属于后天之气，都是有形迹的、偶然的，因而是形而下的，这是它们不同于超越的、普遍的“公性”的共同点。从道德实践上来说，无论“习性”，还是“独性”，它们都不能成为道德价值之源。但是，这并不意味着它们的存在就没有任何道德上的意义，相反，正是“习性”的存在才能显示“公性”的至善品格，才能说明“回习还天”之工夫的必要性。