君王一心守社稷
建文四年（公元1402年）六月，打进南京城的朱棣在群臣的拥戴下，正式称帝。
藩王“继位”了，朱棣如何处理建文帝的年号等问题就极为棘手。很显然，朱棣并不大度，想掩盖历史真相，他要人为地将建文帝四年的历史全部抹掉。于是，他坐上皇位的第一件事就是废除建文帝的年号，把公元1403年由建文四年改称洪武三十六年。
但即便这样，朱棣的想法也不能得到所有人的支持。当他问翰林学士王景“葬礼当何如？”(1)时，王景毫不犹豫地回答：“当葬以天子之礼。” 事实就是事实，抹不掉！
但是，朱棣并不善罢甘休，他把朱允炆追封的“兴宗孝康皇帝”、自己的大哥朱标从陵墓中移了出来，改称“懿文太子”。这个谥号是朱元璋给儿子的，朱棣这么干的目的，就是为了证明自己继承的是父亲朱元璋，不是侄子朱允炆，从封建宗法上确立自己的合法性。
接下来，朱棣要处理建文帝遗留下来的大臣。他公布的第一波逆臣名单只有29人。
太常寺卿黄子澄，兵部尚书齐泰，礼部尚书陈迪，文学博士方孝孺，副都御史练子宁，礼部侍郎黄观，大理少卿胡闰，寺丞邹瑾，户部尚书王钝，侍郎郭任、卢迥，刑部尚书侯泰，侍郎暴昭，工部尚书郑赐，侍郎黄福，吏部尚书张沈，侍郎毛太亨，给事中陈继之，御史董镛、曾凤韶、王度、高翔、魏冕、谢升，前御史尹昌隆，宗人府经历宋征、卓敬，修撰王叔英，户部主事巨敬。(2)
这份名单中，大部分都是各部尚书（相当于现在的部长级）、侍郎（相当于现在的副部长级），都是建文帝朝廷的核心成员。但即使上了榜，只要愿意改换门庭，还是可以活命。比如，“郑赐、王钝、黄福、尹昌隆皆迎驾归附”，朱棣就“令复其官” 。这里面郑赐是工部尚书，王钝是户部尚书，当时中央仅有六个尚书，这就占了两个。随后李景隆又跟朱棣谈话，请他赦免张沈，于是朱棣“并宥张沈，复为吏部尚书”。随后，朱棣亲信陈瑛被调到南京担任都御史。这个名列《明史·奸臣传》榜首的大奸臣一到南京就想对建文帝旧臣大肆屠戮，报自己建文年间被贬广西的一箭之仇。
可是，已经继位称帝的朱棣却不答应陈瑛的请求，他说：
朕初举义，诛奸臣，不过齐、黄数辈耳。其后二十九人中，如张沈、王钝、郑赐、黄福、尹昌隆等，皆宥而用之。今汝所言数人，其身已死，况有不与二十九人之数者，彼食其禄，自尽其心耳。
看来，刚开始朱棣真正想杀的人大概只有齐泰、黄子澄，彼时大屠杀更多是**犯罪，不是早有预谋。折腾完了之后，作为大明第三代天子的朱棣正式开始皇帝工作。
朱棣主要做的有四件事：“赦免”诸王，分封功臣，休养生息，准备迁都。
（一）“赦免”诸王
反对建文帝“削藩”是朱棣“靖难之役”的“大义”。“靖难之役”成功之后，为被建文帝废了的周王、齐王就必须平反，以证明朱棣“靖难”的合法性。于是，朱棣下诏：“复周王、齐王榑爵。”(3)被建文帝废除的诸王，终于在朱棣的保护下，重新又成了王。
不过，从根本上说，朱棣当了皇帝也需要“削藩”，否则中央政府的权威就要受到挑战。朱棣对待跟随他“靖难”的宁王，就很能说明这个意思。本来拉宁王入伙的时候，朱棣亲自跟宁王朱权承诺：“事成，当中分天下。”(4)这个话一到南京就不提了。朱棣不提，朱权自然也不敢提，但是大宁在跟随朱棣南下的时候已经被朱棣毁掉，再也回不去了。
朱权可能也想开了，不准备再搞兵权，于是他向朱棣请求把他封到南方，准备去个好地方养老读书。朱权看中的地方是苏州，朱棣不同意，理由是苏州在南直隶范围内，不能封，让朱权再选一个地方。朱权又选了钱塘，再次被朱棣否决。朱权没话说，只能被封到南昌。他的下半生一直被朱棣和他的子孙防备，麾下的部队也都彻底被中央政府收编。
朱棣对朱权这样，对别的王也很严格，主要的倾向是位子可以给你，钱可以给你，但兵权和行政权我都拿走。
由此可见，朱棣的“削藩”和建文帝“削藩”完全不同。朱棣是软刀子杀人，只要兵要权就行，对于藩王们则给位子、给待遇；建文帝则是要连根拔起，啥都不给，直接流放。
（二）分封功臣
建文四年（公元1402年）九月，朱棣开始大封功臣：“论靖难功，封丘福淇国公，朱能成国公，张武等侯者十三人，徐祥等伯者十一人。”(5)这些都是跟着朱棣一路从北京打到南京的功臣，此时正是排排坐、分果果的时候。帮助朱棣渡过长江的南军水军都督陈瑄，也被封为伯，也算三等功臣。
细看这份功臣表，五军营的五位将军：张玉、朱能、李彬、徐忠、房宽。张玉在东昌战死，追封为王爵，朱能是一等公爵，李彬被封为丰城侯，徐忠被封为永康侯，房宽被封为思恩侯。五军营的主将都是一等功臣或者二等功臣。
在所有武将之中，排名第一的是淇国公丘福。他是个老实人，人狠话不多，实际上是三千营骑兵统帅，也是朱棣最信任的北军高级将领。丘福“起卒伍，事成祖籓邸”(6)。保护着朱棣一起长大，“靖难之役”开始之前他已经从小兵升为“燕山中护卫千户”，等于是朱棣警卫团的团长。后来朱棣以宁王朵颜三卫为核心扩编的三千营，领导权就交给丘福。
（三）休养生息
自己的部将酬谢、奖励后，朱棣下诏与民休息，他颁布诏书：
山东、北平、河南被兵州县，复徭役三年，未被兵者与凤阳、淮安、徐、滁、扬三州蠲租一年，馀天下州县悉蠲今年田租之半。(7)
这就是宣布在“靖难之役”中长期被南北双方**过后的华北大平原，包括差点杀了他的济南城，全部免除三年徭役。
朱棣脑子很清醒，国家不能折腾，民力必须爱护。秦王朝和隋王朝就是没有能够注意到这个问题，疯狂滥用民力才导致二世而亡。
这三件事情搞完，朱棣开始他继位后最重要的一件事——准备迁都北京。