即便崇祯苦苦支撑，大明王朝终究还是没有躲过覆灭的命运。明朝灭亡之后，黄道周在朱由崧的弘光政权里继续服务，只可惜弘光政权只是昙花一现，很快就玩儿完了。

黄道周又进入了南明隆武帝朱聿键的内阁。隆武帝还是比较奋发图强的一个皇帝，也比较信任黄道周，任命他为吏部尚书和兵部尚书。但是很可惜，隆武帝当时内有骄横跋扈的郑芝龙操控，外有鲁王的牵掣，一身抱负施展不开。

黄道周心急如焚，为了尽快打开南明小朝廷的局面，手中无兵又无权的黄道周毅然变卖了自己的所有家产，组织了一支几千人的队伍北上抗击清军，而这支队伍出发时仅仅有十来匹马和一个月的粮草。

出发之前，他的夫人蔡氏长叹：道周死得其所了。

明知是螳臂当车，明知此去必死，还奋然前往，可谓真英雄也。

只是那时候，明朝的正规军尚且抵挡不住清军的铁蹄，节节败退，黄道周组织的这一支队伍又如何能与风头正劲的清军抗衡呢？很快，黄道周的队伍就被击败，黄道周也被俘了。

清军派洪承畴来劝他投降，黄道周一脸蔑视地看着洪承畴，写下这样一副对联：

史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩**，不能报国反成仇（承畴）。

将史可法和洪承畴相比，让洪承畴羞愧难当。劝降不成，他上疏请求免了黄道周的死刑，清廷不准。

黄道周在狱中坚决不吃清军的食物，绝食十二天，这期间他的妻子蔡氏曾经来信，不提其他，只说了一句：

忠臣有国无家，勿内顾。

放心去吧，家里一切都好。