司马睿为防止王敦尾大不掉，积极培植自己的势力，派遣亲信戴渊、刘隗等率军出镇合肥、淮阴等军事要地，名义上是防止北方少数民族南下侵犯边境，实际是为了防范王敦。

太兴四年，晋名将周访、祖逖等先后去世，而大将陶侃远在南方广州。

祖逖就是成语“闻鸡起舞”的主角，一个忠于晋室的狠角色。当年王敦过于跋扈，祖逖说：阿黑（王敦的小名）这老东西，怎敢这般无礼！再这样，我就率我家的三千长矛兵打你了！王敦这才收敛了不少。周访、陶侃两人是儿女亲家，都是战争奇才，王敦对他们也颇有忌惮。

如今这些人死的死，散的散，余子碌碌，不在话下，于是王敦觉得时机到了，终于没人能治得了自己，便放心大胆地顺江而下，准备攻打首都建康，声称要杀了皇帝身边的小人刘隗、刁协。

司马睿发兵与王敦交战。

然而这个时候，门阀士族们的态度相当暧昧，不少人认为王敦这么做是事出有因，其他几个州的长官也在观望。就连司马睿本人也没有对住在建康城内的王家人下狠手，而是饶恕了王导等王敦的亲族。

这个朝廷的抗敌阵线原来是这样的不统一。

王敦是一流的将帅之才，双方交战，司马睿的部众连连败北，王敦一路杀进建康，占领石头城，控制了整个首都的局势。司马睿在皇宫里成了地地道道的孤家寡人，只好派出使者与王敦讲和，宣告天下说王敦无罪，还封他为武昌郡公。

司马睿的亲信刁协被杀、刘隗逃往北方，王敦一朝权势在手，豺声大发，纵兵抢掠建康城，又操纵更换了一批朝臣。

王敦在建康期间自始至终不去朝见司马睿，即便退回武昌，也依然在遥控朝廷。司马睿又气又恼，在忧愤中去世，太子司马绍继位，史称晋明帝。