在朝廷上，萧瑀本来就经常与封德彝争吵，之后一次朝会，他又与一个大臣陈叔达争吵起来，就连唐太宗上前劝架也拦不住二人，太宗大怒，将二人全部罢免。

萧瑀多年忙忙碌碌，从隋到唐，一直在为这个国家操劳，如今天下初安之际突遭罢相，这让原本就不大合群的他骤然孤寂起来。

心情落寞之下，萧瑀染上了重病。唐太宗得知，连忙去探望他，并写了一首千古传唱的诗《赐萧瑀》：

疾风知劲草，板**识诚臣。

勇夫安识义，智者必怀仁。

唐太宗一直对萧瑀的功劳念念不忘，毕竟李唐刚刚起兵，萧瑀便举家跟随，奉献出自己的根据地，而且从来没有因为一己之私要求什么。加上其背后有萧氏南方宗族势力的鼎力支持，他自小在隋朝皇室中的经营和历练，这些都是房玄龄、魏徵之类的平民知识分子无法望其项背的。

不久，唐太宗再次任命萧瑀为左仆射，他重新成为大唐第一宰相。但也是从这时开始，太宗逐渐让魏徵、房玄龄这些人进入权力中心，任命魏徵为左丞，房玄龄为中书令。

唐太宗的实力源自他自己的天策府，而天策府的实力派就是长孙无忌、房玄龄、杜如晦这些人。局势稳定之后，提拔自己一系的人马逐渐走上台面，应该是水到渠成的事情吧。

但萧瑀对他们很严格，或者说，萧瑀对所有人都很严格，包括他自己。他对物质生活看得很淡，几乎完全不会在意金钱的多少，因为钱财对于一个一出生就被封王，一辈子都在皇宫里面生活的人来讲稀松平常，但是按这样的要求去对待房玄龄、魏徵之类的人，就有些勉为其难了，毕竟人家是要养家糊口的。

大臣们一旦有一些恋财的举动，或者私下有些小动作，萧瑀就不能容忍，要求唐太宗处罚他们，这让太宗很恼火，只得不停地向萧瑀解释，你要体谅他们，你要容忍他们，他们是人，不是神，自然要吃饭，有私心。他还说，用人就要用其所长，忽略其短处，不能斤斤计较，否则将无可用之人。

不料没多久，经常参别人的萧瑀自己反而出事了。

当时，唐俭出使突厥，萧瑀长期思念姐姐，便写了一封家书让他带在身上，叫他到突厥之后给萧皇后。

唐俭出发之后，突然有人告发，说萧瑀私通突厥，这让唐太宗十分震惊——自己最信任的宰相居然与自己最危险的敌人联手，这对帝国来讲无疑是最恐怖的事情。

唐太宗召见萧瑀质问此事，萧瑀全部承认，太宗怒火中烧，立即罢免了他。

过了一段时间，唐太宗慢慢调查，知道了真相，便又赦免了萧瑀，再一次让他担任左仆射。

这是萧瑀第三次担任大唐宰相了。