1909年，科南特在中学的最后一年，布莱克推荐他在哈佛化学系就读，并建议他直接学习二年级的化学课。科南特认为，他进入哈佛学院是十分幸运的，他并不是所有科目均优秀，他只有在物理和化学方面是A,在代数方面他的成绩只是B,但当时入学时大学并不关心这点。到了1960年，学校的招生人员就会看申请者的所有成绩，会考虑候选人如果只是在科学方面具有特长的话是否能适应大学的学习。

布莱克对科南特给予了很高的期望，认为科南特可以在三年内修完化学系四年的课程。科南特没有让启蒙导师失望，他在哈佛化学系的表现可以用优异来形容。在大学一年级的时候，他就常在化学课上和高年级的学生讨论问题。因此他进入哈佛不久，就感到自己成为了哈佛大学的一部分，而不像一些同学那样进入大学后要适应几年。在高级化学课程中，他的表现如同高年级学生和一年级研究生一样。当他进入大学第四年时，他的化学圈子已经包括那些即将获得博士学位的人。实际上，在他获得学士学位之前，在化学圈子里，他已经有了一两个获得研究生学位的朋友，科南特的姐姐、母亲和在哈佛的两个表亲都很关心他的大学生活。当时哈佛大学要求每名学生都要学习数学或者哲学。作为化学系的学生，科南特学习了微积分，但在母亲的督促下他还选修了哲学。科南特的两个表亲在大学中十分热衷于参加课外活动，他们建议科南特去竞聘哈佛本科生日报《哈佛深红》(Harvard Crimson)编辑委员会的成员①,虽然他未当选，但在大学二年级时，他最终加入了一个对成员挑选十分严格的文学俱乐部。在这里他极大的开阔了自己的视野。在这个俱乐部，大家谈论各方面的问题。科南特认为，这里的讨论在扩大他兴趣方面几乎比在哈佛听到的所有选修课都重要得多。

当时在哈佛的化学系，学生要花很多的时间在实验室，所以化学系的学生中很少有运动员或学校刊物的编辑。只是由于科南特的出色表现，他可以花很多时间在校报上。因此，他有两个不同圈子的朋友。一是校报和宿舍中和他年纪相同的朋友，一是比他年长一两岁的化学系的同学。

在大学三年级结束时，科南特完成了所有的必修课程，1914年他升入了哈佛大学文理研究生院。通过与许多高年级学生的交往，科南特了解到年轻化学家在第一次世界大战前如何看待他们的职业。1907～1917年，哈佛很少有获得博士学位的学生不愿意在大学从事学术工作的。而十年后，1917～1927年，大多数获得博士学位的人都立即或者几年后进入了工业领域。