1925年秋季，苏联科学院邀请北大参加该院成立200周年纪念大会。苏联科学院原称彼得堡科学院，实力雄厚，名流聚集，成果累累，享誉世界，建于1725年，1917年十月革命之后改为此名。
北大决定派李四光前往。李四光欣然受命，也很想借此了解一下共产党国家的科研状况。到达莫斯科的时间是9月3日。苏联政府为了这次大会，专拨200万卢布的巨额经费，并且做了近半年的充分准备，李四光为苏联当局如此重视科学事业深受感动。
大会举行了10天。前5天在列宁格勒，后5天在莫斯科。李四光在列宁格勒参观了科学院直属的30多个科研单位，诸如人类学陈列馆、矿物陈列馆、地质陈列馆、动物陈列馆、亚洲博物馆、生物学院、生理学院、物理学院，以及托尔斯泰陈列馆等，其类别之健全，内容之丰富和价值之巨大，使李四光赞叹连连。
在莫斯科进行的各种学术报告，也深深吸引了李四光。期间，他会见和结识了许多苏联和其他国家的知名学者，更与苏联科学院院长卡尔宾斯基，地质学家巴甫洛夫、波里西雅克、克里脱菲维奇，矿物学家费尔斯曼，古生物学家鲍尔霍维金诺娃等交往密切，就地质学、矿物学、地球化学和古生物学的现状与未来各抒己见，互有补益。鲍尔霍维金诺娃还热情陪同李四光到莫斯科近郊波多尔斯克观看了中石炭纪地层实况。
此后，李四光与这些苏联科学家保持了经常性的学术往来，不断交流各自的研究成果，直接促进了两国地质科学的互动与发展。李四光还特别邀请了苏联科学院的永久书记欧登堡来中国进行讲学。
科学院和与会科学家对李四光都很热情与尊重，赞赏他在地质学和古生物学领域作出的贡献。一天，苏联科学家陪同李四光来到通往华沙的大道湾，共同登上一座小山游览。这里，是拿破仑扩张侵略一败涂地的地方。面对侵略者惨败的历史见证，李四光坚信包括瓜分中国的列强在内，一切帝国主义的侵略势力，最终都不会有好下场。
回国之后，北京大学专门举行欢迎茶会，李四光详尽地介绍了纪念大会的盛况和自己的各种观感，以事实批驳了某些人认为苏联政府不尊重自然科学和不尊重知识分子的种种说法，澄清了许多观念，直接推动了中、苏两国之间的科技往来。李四光此行，同时也使苏联科学家和各国出席这次大会的科学家，进一步认识了北京大学以及中国的科学事业。
1926年，军阀张作霖控制了北洋政府，广东国民革命军开始出师北伐。1927年6月，张作霖自称大元帅，指派刘哲为教育总长，不久，北京九所国立大专学校被合并为“京师大学校”，北京大学为此一度中断。
形势恶化，越来越多的学者开始注目于南方。
1927年11月，南京国民政府决定成立一个全国最高的综合科研机构，定名为中央研究院。蔡元培出任院长，杨铨担任秘书长(后改称总干事)。首批组建四个直属部门，即社会科学研究所，理化实业研究所，地质研究所和一个观象台。经蔡元培推荐，由李四光筹建地质研究所。
李四光奉命来到南京，立即着手创立这个专业地质研究基地。第二年，地质研究所正式成立，李四光任所长。从此，李四光结束了在北京的八年生活，开始了新的征程。
这时的李四光，无党无派，但却是一位忠贞爱国的教授和浩气凛然的科学家。他自幼痛恨军阀割据的内战纷争，更憎恨外敌的侵入。他坚定地认为，祖国的强大需要依靠科技进步，民族的振兴需要凭借科学与民主的精神。他不赞同派别之间的唇枪舌战，也讨厌只唱革命高调的清谈家。他主张务实，他要以实实在在的科研成果报效自己的国家。
很多人不曾听闻，就在来南京赴任的前两年，李四光被卷入了一场学潮风波，与鲁迅展开了轰动一时的政治论战。北京女子师范大学校长杨荫榆女士是许淑彬的同乡，自然也与李四光有所交往。1925年5月，杨荫榆不准女师大学生参加社会上的诸多活动，激起学生反抗，学生一度占领了学校，要求教育当局罢免杨荫榆的校长职务，此即轰动一时的“驱羊(杨)运动”。
平心而论，若在安稳的时期，两度留洋、拥有哥伦比亚大学教育学硕士头衔的杨荫榆完全有可能成为一名合格甚至优秀的大学校长，然而她身处乱世，劲敌太多，政治上的歧道纷出更是让她无所适从。她不赞成学生上街游行、荒废学业，用心自然是好的，处理方法却过于极端，最终引来警察入校，使对抗升级，更是极不妥之举。
杨荫榆在极端不利的情况下，邀请李四光以著名教授的声望来为女师大解困。李四光出于友情，来到女师大劝说了学生几句。这下可捅了马蜂窝！立刻，鲁迅发表文章怒骂李四光是杨荫榆的“死党”，接着又连篇累牍发表文章，对李四光进行指名道姓的讽刺与挖苦。
李四光当仁不让，也用冷嘲热讽的语言予以针锋相对的逐篇还击。其中很多文字，可以表达李四光这个时期的政治态度和人生观念。口开神气散，舌动是非生。李四光毕竟是拥有大心胸的学者，他立即意识到自己的这一行为于国于己都是无益的。
1926年1月30日，他在致北京《晨报》编辑徐志摩的信函中写道：“我听说鲁迅先生是当代比较有希望的文士……暗中希望有一天，他自己查清事实，知道天下人不尽像鲁迅先生的镜子照出来的模样。到那个时候，也许这个小小的动机，可以促使鲁迅先生作十年读书、十年养气的功夫，也许中国因此可以产生一个真的文士。”
第二天，李四光再次致函徐志摩，表示自己不想在国破家亡的危难处境中进行无谓的争执，申明就此休战的态度，他写道：“鲁迅先生骂我的话，虽然大部分都是误会，但在他也未必没有几分捕风捉影的理由。在事实证明了的时候，我的事完了，用不着多说话。”最后写道：“任我不懂文字的人妄评一句，东方文学家的风味，他似乎格外的充足，所以他拿起笔来，总要写得露骨到底，才尽他的兴会，天下想无不了之事，况且现在我们这个中国，已经给洋人、军阀、政客弄得不成局面，指导青年人，还要彼此辱骂，造出一个恶劣的社会环境，这不是自杀？对于一切的笑骂，我以后决不答一辞，仅守沉默罢了。”
徐志摩赞同李四光的表态，在发表他的最后一封信函时，以《结束闲话结束废话》为题撰写短文，希望双方停止笔战。文中写道：“带住！让我们对着混战双方猛喝一声：‘带住！’”然而，“一个都不宽恕”的鲁迅仍不罢休，又于2月3日发表文章，题目就是《我还不能“带住”》。不过，李四光确实信守自己的诺言：“不答一辞，仅守沉默。”此后，人们再也见不着李四光的回敬文字。李四光觉得没有意思，无端浪费了很多宝贵的科研时间。许淑彬为此感到对不起丈夫，后来内疚地说：“那场纠纷，都是我给他惹出来的！”
事实上，这场风波绝非两个人之间的争议，而是宛如党派矛盾。自从1925年女师大学潮蜂拥以来，浙江籍北京大学国文系教员马幼渔、马廉兄弟，沈士远、沈尹默、沈兼士兄弟，鲁迅、周作人兄弟，以及马叙伦、钱玄同、朱希祖等人，一直站在号称是“法日派”的国民党元老李石曾、吴稚晖、易培基、顾孟余等人一边，与已远在欧洲的蔡元培为精神领袖的蒋梦麟、胡适、石瑛、王世杰、周鲠生、陈源、丁西林、李四光等“英美派”及“现代评论派”成员，处于敌对状态。