八旗圈地使得土地高度集中到少数满洲贵族手里，激化了统治者与当地农民的阶级矛盾。农民失去土地后不得不背井离乡，或者沦为满洲贵族的家奴，受尽欺凌。同时，由于当时战争频发，这些被圈占的土地不是只能改成牧场，就是因为满洲人的生产技术低下大大降低了劳动生产率、减少了产量，农业生产反而倒退了。

康熙5年（1666年），清朝三代元勋瓜尔佳·鳌拜向康熙皇帝提出，他所在的镶黄旗地少贫瘠，所以要求与正白旗交换土地。1668年，康熙皇帝智捕鳌拜。1669年，清政府颁布停止圈地命令，要求把这年所圈占的土地全部退还给原主。1685年，清政府再次下令停止圈地，允许壮丁“出旗为民”，并且规定今后永远不许再做圈地这样的荒唐事。

至此，这场历时四十年的八旗圈地运动宣告正式结束，在一定程度上缓和了当时的阶级矛盾和民族矛盾。