修建三海本是光绪帝和醇亲王为慈禧准备的五十岁寿礼，花费了巨额银两，慈禧却没有在三海中的任何一处住过，反倒南海瀛台最后成了光绪帝的 “监狱”。

瀛台四面环水，北面有一木桥与陆地相连，其中心建筑为涵元殿，虽比不上紫禁城，但也富丽堂皇，恢宏大气。光绪帝在戊戌政变那天恰好住在瀛台的涵元殿，被软禁后，光绪帝的活动仅限于该地，从此瀛台成为囚禁他的一座 “水牢”，使他变成一个不戴枷锁的 “囚徒”。

皇帝突然被囚，慈禧总得给天下人一个交代。要杀要留，都得有充分的令人信服的理由。她找了很多证据，包括从光绪帝寝宫和养心殿搜查到的资料，她要让光绪帝心服口服。政变第二天，即光绪二十四年（1898）八月初七，慈禧赶至南海勤政殿召见光绪帝，对他进行突击审讯。这次审讯是逼迫光绪帝表态，承认康有为等人为乱臣贼子，并下旨捉拿。光绪帝心如刀绞，却又无可奈何。康有为、谭嗣同等人是他一手提拔起来的维新志士，此番要他论罪后再亲自下旨捉拿，他如何能做到！但是，面对咄咄逼人的慈禧太后以及强大的后党集团，他没有选择的余地。张荫桓口述而成的 《驿舍探幽录》记载：“呈与皇上，皇上转呈太后阅毕，仍递交皇上。皇上持此旨目视军机诸臣子，踌躇久之，始发下。”

慈禧将光绪帝囚禁起来后，要杀掉或废掉光绪帝可以说易如反掌，但她心存隐忧，不敢草率从事。政变后南方各省民众的情绪极不稳定，随时可能发起示威反抗活动甚至暴动；而且欧洲国家对光绪帝的改革持同情态度，列强很有可能以此为借口再派大兵压境。国内外的形势使慈禧意识到自己必须小心谨慎才不至于惹祸上身。八月初，整个京城流言四起，称光绪帝活不过这一年。对光绪帝是杀是留，慈禧纠结了很久。

皇帝掌握天下人的生杀大权，而慈禧则掌握着皇帝的生杀大权。但无论是杀是留，慈禧都得先让光绪帝认罪，所以她多次组织大臣围攻和训斥光绪帝，罗织罪名，逼迫他认罪。晚清民国时人苏继祖在 《清廷戊戌朝变记》中较详细地记载了政变第二天早晨光绪帝惨遭围攻和训斥的场面：

这一天，慈禧把庆亲王奕劻等王大臣召集至勤政殿，令光绪帝跪于案旁，并置竹杖于座前，营造出威严的气氛。然后，慈禧对跪在面前的光绪帝厉声呵斥：“天下者，祖宗之天下也，你何敢任意妄为！诸臣者，皆我多年历选，留以辅任，你何敢任意不用！乃竟敢听信叛逆蛊惑，变乱典刑。何物康有为，能胜我选用之人？康有为之法，能胜祖宗所立之法？你何等昏聩，不肖乃尔！”慈禧在群臣面前，将 “离经叛道”“变乱祖法”等罪责加在光绪帝头上，在慈禧的怒骂声中，光绪帝成了不折不扣的 “败家祸国”之首！

光绪帝伏地哭求太后宽恕自己的鲁莽之举，但并不认罪，慈禧很不满意。八月初八，她又将群臣召集至勤政殿，继续对光绪帝大加斥骂，并对从皇帝寝宫、书房和康有为住所中查抄的奏折文稿逐条讯问，逼迫光绪帝认罪。在慈禧的威势下，光绪帝不仅认了罪，还率领百官到勤政殿向太后行三跪九叩礼，恳请太后训政，慈禧见目的已经达到，便装模作样地答应了。

恳请太后训政的诏书是在政变当天，由庆王、端王以光绪帝的名义发布的，大意是说，现在国事艰难，朕日理万机、公事繁忙，皇太后已经两度垂帘听政，办理朝政尽善尽美，为了国家大计，恳请太后重新训政。如果太后同意训政，将是天下臣民的福气。而光绪帝本人对这份诏书的内容一无所知。之所以举行这个仪式，只是为了表示太后训政是光绪帝所请，合乎祖宗规矩。从此以后，光绪帝对任何政事都一言不发。

这样宣布训政在程序上似乎没有什么问题，但稍一分析就会发现很大的漏洞。因为训政的基本前提是皇帝年幼，而此时光绪帝已经结婚且名义上亲政十余年，政治历练足够，思想也已成熟，根本不需要后宫参政。慈禧当然也想到了这一层，但一时之间到哪里去找一个符合要求的小皇帝呢？所以，作为缓兵之计，慈禧在八月初十又以光绪帝的名义颁布了一道寻医上谕：“朕躬自四月以来，屡有不适，调治日久，尚无大效。京外如有精通医理之人，即着内外臣工切实保荐候旨，其现在外省者，即日驰送来京，毋稍延缓。”慈禧通过这道谕旨意在向天下人昭示：皇帝生病已四月有余，太医久治无效。既然连太医都无计可施，一定是病得很重；遍召天下名医速来京城，“毋稍延缓”再次告知天下，皇帝病重矣。显而易见，慈禧 “以帝疾作，宣示中外”，将一个本该是宫中的秘密公之于众，且令太医捏造脉案，故意制造出光绪帝大病且不能理政的紧张氛围，这样，太后第三次训政就有了正当的理由。

缓兵之计给了慈禧足够的时间在朝廷中重新布局。不过，既然皇帝只是生了病，意味着太后训政是临时应急措施，迟早还须归政。人们眼下相信皇帝生了重病需要数月甚至半年以上的治疗，但慈禧的本意并不在此，她要废了光绪帝。

在实施废掉光绪帝这一计划之前，慈禧进行了必要的试探。光绪二十五年 （1899）冬，慈禧召集军机大臣、各部尚书、内务大臣及几大王公入见，商议废立之事。她试探道：“今之上立，国人颇有责言，谓不合于继嗣之正。况哀家立之为帝，自幼抚养，以至于今，不知感恩，反对哀家种种不孝，甚至与南方奸人同谋陷害哀家，故起意废之，选立新帝。”她表明废立的原因是光绪帝 “不孝”，试图 “陷害”她。军机大臣孙家鼐听了劝解道：“臣请太后勿行废立之事，如果执意废帝，恐怕激起南方变故。”慈禧闻言大为不满，愠色道：“这既是国事，也是我爱新觉罗氏一族的家事，兼召汉臣，不过是为了体面。”可见，在慈禧看来，大清的国事其实就是她自己的家事，家事与国事无异，皇帝的废立完全可由她自行定夺，与他人无关。

随后，慈禧让荣禄代她征询朝廷中最有权威的两位汉族大臣——刘坤一和李鸿章的意见。李鸿章表示此举不妥，他说：“时局动**，天下易主，太过危险，请太后三思后行。”至于 “太过危险”的原因，他进一步解释道：“老臣以为此事断不可行。第一，贸然废帝必会招致列强的干预；第二，朝中王大臣多是爱新觉罗后裔，一旦太后登基，势必玉石俱焚；第三，光绪皇帝是国家的象征，在老百姓心目中颇有威望，如果强行废帝，势必引发全国各地的农民起义。”

由此看来，直接废黜光绪帝很难实行，慈禧还须另想别的招数。对慈禧来说，皇位何时夺和怎样夺，全看自己安排，她所要费心的只是怎样使废帝计划变得理所当然、顺理成章。

经过苦思冥想，慈禧终于想出一个 “好办法”：光绪帝没有子嗣，如果在有爱新觉罗血统的孩子中，给 “生病”的光绪帝找个继子，那么 “废旧立新”有依据了。根据 《崇陵传信录》中的记载，慈禧问荣禄此事如何，“荣曰：‘上春秋已盛，无皇子，不如择宗室近支子建为大阿哥，为上嗣，兼祧穆宗，育之宫中，徐承大统，则此举为有名矣。’太后沉吟久之曰：‘汝言是也。’”二人不谋而合。于是，为光绪帝物色继子，册立大阿哥就成为当务之急。

册立大阿哥必须满足两个基本条件：首先，必须是近支宗室，且必须在 “载”字辈之下的 “溥”字辈中挑选；其次，皇嗣品质必须良正，是可造之才。然而，清王朝自雍正帝开始已不立太子，其因在于 “康熙末年，诸皇子阴谋夺嫡，理密亲王(1)再立再废，诸子各树党羽，互相倾轧，圣祖因此忧愤而殂。泰陵(2)既已智数登大宝，有鉴于前，遂垂永不建储之谕，臣下有请者立斩”。但这条祖制对慈禧并没有足够的震慑力，特事特办，不正是革新吗？

这是慈禧第三次物色皇帝，已经轻车熟路，可以随时给相关的王公大臣以暗示。王公大臣们环顾近支宗室子弟，找出几个有资格的人选，最终慈禧选中了端郡王载漪的次子溥儁。载漪是道光帝之孙、惇亲王奕讠宗之子，后来过继给瑞敏郡王奕志 （嘉庆帝四子瑞亲王绵忻之子）为嗣，承袭郡王爵位。他自幼好武，曾统领过由八旗子弟组成的神机营。在宗室子弟纷纷钻营文职谋求发展的时候，载漪却热衷于战场拼杀，并在统军过程中显示了自己的才干。载漪本来没有什么权势，因慈禧后来疏远汉臣，信任懿亲，他才乘机幸进。在戊戌政变中，他坚决支持慈禧的行动，受到慈禧重用。载漪的福晋是慈禧之弟桂祥的三女叶赫那拉氏，所以溥儁既是慈禧婆家堂侄的儿子，又是慈禧娘家侄女的儿子，可以说是亲上加亲。此时溥儁已十四岁了，虽然性情暴躁，但也比较好控制。再说慈禧让他治理朝政显然还需要修炼、见习很长时间，留给慈禧训政的时间还是较充裕的。

光绪二十五年 （1899）十二月二十四日，慈禧召集王公大臣，颁谕宣布 “立端郡王载漪之子溥儁为大阿哥”，预定于庚子年元旦光绪帝举行让位典礼，改元 “保庆”。庆亲王奕劻念完上谕后，一旁默默不语的光绪帝马上摘下戴在头上的红绒结顶貂帽，亲手给溥儁戴上。溥儁向光绪帝叩了三个头谢恩，同时又转过身对慈禧行同样的大礼，一时间，大殿上全是恭贺老佛爷的声音。看着眼前的情景，慈禧满心欢喜——她又夺权成功了。七天后，慈禧派溥儁代光绪帝行礼，并将他接入宫中，暂居弘德殿。

然而，慈禧的废帝之举很快遭到多方势力的强烈反对，很多人公开揭露慈禧立嗣废帝的阴谋和真实用心。保皇派的呼声一浪高过一浪，让慈禧难以招架。

十二月二十六日，上海一家报纸将慈禧决定 “立端王载漪之子溥儁为大阿哥”的谕旨公开发表。上海的电报总办经元善(3)联合上海维新人士和绅商一千二百余人，发出反对 “己亥交储”通电，要求朝廷收回成命。此事公开后，全国各地纷纷响应，反对立储的通电、公告如雪片般飞向北京。慈禧起初并不在意，后来御史余诚格(4)的一纸参奏使她勃然大怒，她下令全国通缉经元善，查抄其家产。经元善被迫远走澳门。

同时，在华列强反应强烈，纷纷提出抗议。外国公使皆不承认这位大阿哥，理由之一是他的父亲载漪是义和团领袖。更糟糕的是，载漪火上浇油，伪造了一份勒令老太后归政的所谓 “洋人照会”，令慈禧暴跳如雷。未久，慈禧以 “纵容义和团、获罪祖宗”之名废除溥儁大阿哥之位，让他仍然归宗于生父载漪。光绪二十八年 （1902），朝廷下令将载漪父子流放新疆，载漪父子逃到蒙古。