自光绪帝即位，慈安太后便不再主动听政，除非慈禧太后邀请。左宗棠镇压陕甘回民起义和西征新疆，李鸿章大办洋务和整顿江海边防、筹建新式海军，岑毓英平定西南回民起义，以及遣使与俄国就伊犁归还问题进行谈判等重要政务，虽然颁谕用的是两宫太后的名义，实际上慈安太后并没有怎么过问。

这一期间，在重要的人事任免上，慈安太后也只在慈禧询问时才发表意见。比如，改调山西巡抚曾国荃驻守辽东；派刘锦棠等帮办西域军务；加吴大澂(4)三品卿衔，令随吉林将军铭安督办东陲防务；饬彭玉麟操练长江水师；调沈葆桢进京，升任两江总督兼南洋通商大臣，督办南洋海防；起用淮军、湘军中久经沙场的名将如刘铭传、鲍超等……这些安排基本上是慈禧一人说了算，而慈安则 “倦怠少闻外事”。

光绪六年 （1880）五月二十七日，鲍超奉诏进京觐见两宫太后，因西南形势紧急，有可能与法国发生武装冲突，作为汉人中的第一 “壮勇巴图鲁”，慈禧派鲍超督办军务。鲍超觐见慈禧时，慈安太后并不在殿，鲍超表示一定要向慈安太后请安答谢，慈禧便让内监去请慈安太后。

慈安太后不愿驳慈禧的颜面，过了一会儿来到殿内，简单地与鲍超说了几句。慈安太后问：“你这到湖南好多路？”鲍超回道：“轮船不过十余日至湖北，由湖北不过十余日即到任所。”慈安太后又问：“你咳嗽好了没有？”鲍超回道：“咳嗽已好。”慈安太后转而严肃地说：“本宫靠你们在外头，你须任劳任怨，认真公事！”鲍超惶恐回道：“仰体天恩，臣不敢有负委任。”慈安太后最后问：“湖南尚有洋人否？”鲍超回道： “洋人曾到湖南，因湖南百姓聚众一赶，所以最后并没有到湖南。”

从简短的对话可知，慈安与即将担当大任的鲍超只寒暄了几句，并没提及他去西南备战之事。她知道慈禧召鲍超来所为何事，但她早已表明凡涉及朝政大事，概不过问。

这年夏末，慈禧突然得了一种呕吐不止、腹部胀痛的疾病，久病不愈。宫中御医都束手无策，朝廷便以光绪帝的名义发了一道上谕，让各地火速推荐医术高明的医生前来京城为太后看病，越快越好。李鸿章、李瀚章等人保荐了名医薛福辰，他不但医术高超，脑子也很灵活，把脉之后断定为孕后症状。这个诊断结果让薛福辰大惊失色，太后已孀居二十几年，怎么可能怀孕呢，假如此时说出真相必定招来杀头之罪。他灵机一动，只说老佛爷过于操劳，身体虚弱，湿毒侵体，导致腹痛呕吐，需要服用一些温补、舒筋活血的药。但这个药方是祖上密传，不能外泄，从抓药到煎制只能由他一个人完成。因为这样做有违皇室医规，所以他请李鸿章出面担保。

慈禧对李鸿章一向很信任，她心目中的 “李大架子”是个靠得住的人，于是答应按薛福辰所请照方吃药，几个月后病愈。外界的人只知道她在经历一次 “血崩”后死而复生。这病症或许是民间杜撰，但可以肯定这段时间慈禧在养病，且宫中留有记录。

光绪七年 （1881）三月初六，时隔数月，慈禧在养心殿召集奕訢、宝鋆、左宗棠、李鸿藻、翁同龢、李鸿章、王文韶(5)等一帮满汉大臣议事，慈安太后也到场听政。大臣们先讨论了曾纪泽与沙俄签订的 《中俄伊犁条约》问题，然后商议甄选南洋大臣。有人推举了曾纪泽，有人则认为曾纪泽资历不够，议来议去，始终没有结果。慈安太后像往常那样只听不言，最后还是慈禧一人拍板，任命左宗棠为两江总督兼南洋大臣。一左一李，一南一北，这是一个看似很合理的军事、外夷事务布局。

三月初十，宫中突然传出消息：东宫太后薨逝！这个噩耗令朝野震惊。军机大臣兼在总理衙门行走的左宗棠得知这个消息后更是非常惊讶，他捶胸顿足地说：“昨早奏对时，慈安太后还是清朗周密之态，哪像有病的人？即使身染暴疾，又何至于如此急速？”当日午后，为慈禧治病并得到封赏的薛福辰去户部拜谒尚书阎敬铭(6)，两人叙谈很久，到傍晚时分，一个户部司员进来说：“出城时，听城中宣传东太后上宾，已经让准备吉祥板 （棺木）了。”薛福辰闻言大惊道：“今天早晨不才还为太后请脉，只是小感风寒，肺气略微不舒畅而已，何至于下午就薨逝？或许是西太后病有反复，外间讹传，把东、西宫互换了不成？”他以为是慈禧发病了，吓得魂不守舍。

慈安太后的突然崩逝，不仅让朝野上下感到意外，也让人疑窦丛生。比如慈禧很宠爱的恭亲王奕訢之女、固伦荣寿公主便怀疑有人给慈安太后下毒，矛头暗指慈禧。后来一些野史又牵扯出两宫太后近三十年的恩怨，把两宫之间的钩心斗角、争权夺利写得复杂曲折，让人真假莫辨。其中，恽毓鼎的 《崇陵传信录》影响甚大。

事实上，慈安和慈禧的关系一向比较融洽，并不存在不可调和的尖锐矛盾。两宫听政的方式与顺治朝有惊人的相似之处。顺治朝时哲哲(7)治理后宫讲求公平和谐，她诚心待人，宽厚仁慈，顺治帝即位后，被尊为母后皇太后，无徽号。母后皇太后的地位远比博尔济吉特氏(8)的圣母皇太后高，但哲哲将精力放在管理后宫上，而朝中事务则主要由博尔济吉特氏掌管。慈安与哲哲的品行做派和处事风格非常相似，仅管家事，少问国事。

慈安猝死之因，后世给出的科学解释多半为脑血管疾病急性发作。当时的协办大学士兼军机大臣、总理各国事务衙门大臣翁同龢是光绪帝的老师，他有写日记的习惯。他在日记中便曾记载过慈安早期的一次发病，那是在同治二年 （1863）二月，慈安二十六岁时，当时的病症表现为 “有类肝厥，不能言语”，与中风相似。厥症表现为突然昏迷、不省人事、四肢厥冷，轻者昏厥时间较短，重者死亡。当时因病情较轻，加上慈安太后正当盛年，所以很快便恢复了，但发生急性脑血管疾病的危险因素并未清除。

因担心朝野流言四起，在处理慈安太后的后事时，慈禧显得很谨慎，她做了三件事。第一，召大臣入宫商议后事。慈安太后逝于晚上，被召大臣连夜进宫，见慈禧坐在矮椅上，目视众人为慈安太后小殓，十分镇静地说： “东太后素来健康，怎会突然死去？”说话时微微饮泣，诸臣赶忙顿首慰藉，均不敢问东太后因何病而死。第二，领王公大臣瞻仰慈安太后遗容。这件事是在次日早晨进行的，慈禧命太监揭开盖在慈安太后脸上的面幂，令在场的满族王公大臣瞻仰，当时惇亲王奕讠宗、醇亲王奕[img alt="patch" height="12" src="images/091525773431.png" width="13" /]，各御前大臣、内务府大臣等人都亲眼看过慈安太后的遗容。第三，为慈安准备了一个精致的棺椁。

东太后慈安的突然离世，使慈禧的权力到达顶峰，她成为清王朝实质上的统治者，无人能制衡她。