清王朝进入了光绪时代，而这艘在风雨中飘摇的大船的掌舵人仍是西太后慈禧。东太后慈安深居钟粹宫，很少陪慈禧听政。刚入宫的光绪帝年仅四岁，还是没有行为能力的幼童，所以光绪朝初期仍由慈禧独掌朝政。这时，后宫的人们尊称慈禧为 “老佛爷”。按照满族习惯，孙子辈的称祖父母及以上长辈为 “老祖宗”，但光绪帝是慈禧的堂侄、表侄，称她为 “老祖宗”明显不合适，那么为何又称 “老佛爷”呢？原来，女真族首领最早称为 “满柱”，而 “满柱”是佛号 “曼殊”的转音，意为 “佛爷”“吉祥”。这是显赫家族、世袭首领的专用尊称，象征着地位和权力，这样的称呼慈禧自然喜欢，尽管她才四十岁。

重握权柄，慈禧自然喜上眉梢，可是内外交困的局面并没有让她高兴太久，因为清朝西北的边疆问题更加严重了。同治四年 （1865），阿古柏率军侵入新疆；同治六年 （1867），攻占库车、库尔勒，侵占了整个南疆。同治十年 （1871），沙俄为阻止阿古柏的扩张出兵占领伊犁，并向准噶尔盆地渗透，新疆面临着被英、俄肢解吞并的危险。同时，广东至直隶的沿海防务也十分紧张。清王朝就像一间破屋子一样四处漏风，到底先堵哪个漏洞，这个问题考验着慈禧和朝中文武官员。当时慈禧对新疆的局势并不是很了解，但知道新疆地理环境的恶劣和远征新疆的艰难。她一时不好抉择，便令恭亲王奕訢、李鸿章、左宗棠、荣禄、景寿、奕劻、文祥、宝錾、沈桂芬、李鸿藻以及户部尚书翁同龢等人就“塞防”与 “海防”之重要性进行陈述，奏章纷纷递送朝堂，而争论也就此而起。

海防派主要代表是直隶总督、北洋通商大臣李鸿章，他以日本为主要假想敌，主张放弃新疆，他认为：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。依臣看，新疆不复，与肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。”

东阁大学士、陕甘总督左宗棠这时正率军平定陕甘回民起义，对新疆情势较为了解，认为新疆自古以来物产富饶，在战略上非常重要，应该趁英国、俄国还没有完全介入的时候及时收复。他和翁同龢都反对李鸿章的 “新疆贫瘠论”，认为 “东则海防，西则塞防，二者并重”。他说：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北臂指相连，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，非特陕甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。”此处他特别强调了新疆地理位置的重要性，此外，他尤其不赞同李鸿章的新疆 “土地瘠薄”一说，反驳道： “天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。……”他指出，不收复新疆，则边疆不稳、中原不保。慈禧、翁同龢等人都认可左宗棠的看法，毕竟守土有责，丢掉国土将被视为民族罪人，慈禧也不想在这方面遗臭万年。随后，慈禧授左宗棠为钦差大臣，全权负责新疆军务，准备西征收复新疆。

左宗棠在军事战略上提出要 “先北后南”“缓进速战”。根据这一战略，他在出征前对所属部队进行了整顿，剔除空额，汰弱留强；规定凡是不愿出关西征的，一律给资，遣送回籍，不加勉强。他还发现西征的主力部队士气不高，担心无法平定回民起义，震慑不住武器精良的沙俄军队。为了稳定军心，他下令把自己的棺材从肃州运到哈密，以自己不胜不还的决心鼓舞军士。

远征新疆最大的困难是后勤补给。左宗棠花了将近一年半的时间筹措军饷。考虑到国库亏空，他精打细算、想尽办法给朝廷省钱，最终向朝廷申报了一千万两军费，这不是一笔小开支。慈禧经过斟酌，御批道：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以国事而自任，只要边地安宁，朝廷何惜千万金，可从国库拨款五百万，并敕令允其自借外国债五百万。”老佛爷发话后，管钱的大臣们东拼西凑，给了左宗棠五百万两白银，其余的由他自己出面去借。为了借钱，左宗棠可谓绞尽脑汁，既不想让外国银行借机提出无理要求，又要尽最大努力保障军队的正常补给。

光绪二年 （1876）三月，左宗棠在肃州祭旗时，朝廷转给他一份战报：云贵督兵大臣岑毓英在西南平定了回民暴动。左宗棠大受鼓舞，马上制订西进计划，命令手下大将刘锦棠(1)、金顺兵分两路，先后率军出关。

六月初，两路大军走了一千七百余里，顺利到达哈密。接着，各营把从肃州等地陆续运到哈密的军粮再通过东天山九曲险道，分运至巴里坤和古城。左宗棠计划首攻新疆门户重镇乌鲁木齐。为了迷惑敌人，清军采取声东击西的战法，避开供水困难的大道，走敌人严密防守但水源充足的小道，直逼乌鲁木齐北面重地——古牧地。

左宗棠亲督主力兵马疾进，六月中下旬，基本扫清了乌鲁木齐外围的敌人据点。他下令用大炮轰塌乌鲁木齐城墙，于同年六月二十八日从缺口冲入城内，敌守将白彦虎(2)等仓皇南逃。清军一举歼敌五千余人，于六月二十九日收复乌鲁木齐。

七月，金顺部进占昌吉后，开始攻打玛纳斯南城，月余不克。后刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援会攻，于九月二十一日占领该城。至此，天山北路全部被清军收复。

时临冬季，大雪封山，刘锦棠等遵命就地筹粮整军，以待来年进军南疆。连战告捷，左宗棠更加信心满满，召集张曜、刘锦棠、周绍濂、魏光焘(3)、刘端冕、黄鼎、雷正绾、陶茂林等一干大将，共议下一年的作战计划。经讨论，决定平定南疆之前先平定吐鲁番。因吐鲁番是进入南路的门户，故左宗棠分兵三路进军：西路由刘锦棠率部自乌鲁木齐向东；东路由张曜由哈密向西；北路由徐占彪由巴里坤与古城向南。三部通力合作，进军迅猛，以摧枯拉朽之势打败阿古柏集团。

慈禧收到左宗棠的捷报后，既高兴又忧愁。她不懂军事，但也知道数千里之外的号称十万之众的大军每天要消耗多少粮草，如果一两个月就能收兵，朝廷还能扛过去，但若拖个两三年，朝廷必然无法承受。慈禧把管钱的户部尚书翁同龢找来问话，看能给西征大军筹集多少粮草。翁同龢一脸懊丧，当初他是积极支持左宗棠收复新疆的，但真要拿真金白银出来，他也束手无策。慈禧不得不召开王公、六部、九卿大臣会议，让众臣齐心协力想办法。有人提出募捐，让各地商贾出钱买官。这时，慈禧突然想到一个人，他就是曾经因资助左宗棠平剿太平军而被赏三品顶戴的官商胡雪岩。她立刻下发谕令，让胡雪岩进京。同时，不少大臣呼吁停止圆明园的修复工程，慈禧下狠心叫停了工程。有些大臣则提议继续增加税赋。这时地方各种税赋已沉重无比，要加只能加关税和工商业税，但这样做很冒险，极有可能激怒洋人，甚至引发战乱。

胡雪岩奉旨进京后，从商业的角度帮朝廷做了一些分析。由于捐来的官有名无实、地位也低，读书人的热情大减；靠工商业无偿捐助，多数人是敷衍了事，捐来的钱只是杯水车薪，起不了太大的作用。说完这些，他给朝廷出主意，向外国银行贷款，由朝廷担保。万般无奈的慈禧最后接受了胡雪岩的建议，决定向外国银行贷款来打这场仗，并将贷款事宜交给胡雪岩去办。

正在达坂城附近指挥作战的左宗棠听到这个消息后，非常振奋，他没有料到老佛爷如此重视新疆收复事宜。军费充足，收复南疆的战事也得以顺利进行。他立马修改作战计划，将部队调回来攻打吐鲁番和盐池，这是阿古柏重兵把守的地方。光绪三年 （1877）春，左宗棠一举突破阿古柏的主要防线，昌吉、呼图壁及玛纳斯北城的敌人闻风溃逃。

战事的进展出乎意料地顺利，战前左宗棠已经做好了打持久战的准备，在兰州建立兰州制造局，同时命令一部分清军在哈密屯田。尽管遇到地理条件、人为因素等方面的困难，但经过努力，屯田积粮的效果很好，仅头一年就收获五千余石粮食，解决了西征军近半年粮食所需。而且，开春后朝廷的军费也拨发下来，基本上解决了后顾之忧。

光绪三年 （1877）三月，冰雪渐渐消融，左宗棠再次调整作战计划。在收复地区设立善后局，并留兵力驻守，以防敌人反扑；主力大军再分三路向西并进，以求速决。三月初三，刘锦棠部奇袭达坂城，当夜破城，毙俘敌方三千余人。三月十一日，刘锦棠分兵一部向东助攻吐鲁番，主力则向西直捣托克逊，迫使守敌海古拉弃城西逃。与此同时，张曜、徐占彪率领清军连克辟展、胜金台等地，吐鲁番守敌白彦虎望风西窜。至此，南疆门户大开。

在后续的几次战役中，清军攻无不克，战无不胜，左宗棠严令各部军将不准虐杀叛军，所以众多叛军纷纷献城归降。阿古柏见大势已去，于四月初十在库尔勒自杀。阿古柏的儿子海古拉留下白彦虎防守库尔勒等地，自己带了几个人用车拖着父亲的灵柩，一口气向西跑了几百里，准备安葬父亲。来到库车时，海古拉被兄长伯克胡里杀死。之后伯克胡里在喀什噶尔称王，企图在英俄的庇护下负隅顽抗。

左宗棠决心彻底收复南疆，光绪三年 （1877）秋，他以刘锦棠部为 “主战”之军，以张曜部为 “且战且防”之军，相继长驱西进。南疆各族人民久受阿古柏荼毒，纷纷拿起武器配合清军作战。

八月，刘锦棠部以破竹之势驰骋两千余里，收复喀喇沙尔 （今焉耆回族自治县）、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。西四城叶尔羌 （今新疆莎车县）、英吉沙尔、和阗 （今新疆和田）、喀什噶尔之敌愈加孤立，内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云也乘机在内部策应，刘锦棠闻讯，立即挥师分路挺进，于十一月中旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔。白彦虎等率残部逃入俄境。随后，清军进攻和阗并攻克。至此，新疆全境除伊犁地区外，全部收复。

收复南疆进展非常迅速，大大出乎所有人的预料。虽然为了打赢这一仗，朝廷向外国银行借了近两千万两白银，利息至少占总数的一半，可以说是非常惊人的高利贷，但从实际情况来看，这一借款对清朝乃至后来的中国都是极有意义的。左宗棠一生中功勋最为卓著的就是收复新疆，而慈禧决策最正确的一件事就是支持左宗棠西征。实际上，这也体现了光绪朝前期的靖边与国防政策。面对外国势力的不断渗透，慈禧也曾采取过一些强硬的抵抗对策。

日本人制造 “牡丹社”事件，强行霸占琉球国，直逼台湾。对于琉球，清廷当时已没有足够的保护能力。西部与英、俄的博弈还未结束，东部与日本的交涉又起，面对琉球争端，慈禧担心整个国家陷入长期的纷争之中，于是选择了放弃琉球，却并未承认归属日本，后来在台湾争端上指示刘铭传坚决抵抗，暂时挫败了列强觊觎宝岛台湾的企图。

左宗棠从新疆凯旋后，慈禧准备封他为一等公爵，但遭到不少大臣的反对，理由是曾国藩曾向清廷引荐左宗棠，他在剿灭太平军后封的是一等侯爵，如果左宗棠这次封的爵位高于一等侯爵，则对曾国藩不公。最后慈禧听取多人意见，诏封左宗棠为二等恪靖侯。新疆各地则先后在大小村镇修建左公祠，烧香礼拜。