几乎在尼德兰爆发革命的同时，法兰西的宗教战争也正在进行。

持续六十多年的意大利战争之后，法国人原本以为能够刀枪入库马放南山，暂时歇口气。哪知道法国人没有消停几天，又迅速投入到了内战之中。

跟德意志、英格兰、尼德兰遇到的情况大差不差，法国一样是宗教问题。

加尔文本人就是法国人，因此新教在法国的传播也比较早。

但是法国的情况跟其他国家又有不同，相对于英格兰早早就出现了议会雏形，法国人还是比较迷恋君主专制。所以，法国的资产阶级革命爆发的燃点相对较高。而像其他国家一样，新兴资产阶级主动利用宗教搞事情的兴趣，也并不是那么高。

但随着法国本土新教教众越来越多，宗教矛盾也越来越激烈，当最终在法国境内出现诸如血腥玛丽一样的对新教教徒(2)实施火刑的时候，矛盾已经不可调和。而且对于法国的实际情况来讲，封建诸侯们依然想利用宗教来挟持王权，于是法国的诸侯就纷纷选边站，各自形成了天主教与新教阵营。然而实际上，当时法国的宗教派别中，天主教占到了人口的九成，而新教只有一成。各路阴谋家们都想跑过来分一杯羹，新教只是他们的一个借口，或者说能够捡到的一把刀。

最终，新旧两派酿成了一场战争。

这场战争爆发于公元1562年，被称为“法国宗教战争”（French Wars of Religion）。然而事实上，法国的宗教战争更像是打着宗教旗号的一场内战，类似于金雀花王朝末期的玫瑰战争。

内战最终打了三十多年。一共分成了八个阶段，其中的最后一个阶段，被称为“三亨利之战”（War of the Three Henrys）。其中，瓦卢瓦王朝的国王亨利三世（Henry III）代表王权一方，纳瓦拉国王亨利（Henry of Navarre）代表新教一方，而吉斯公爵亨利（Henry of Guise）则代表天主教一方。

公元1589年，亨利三世意外遇刺，死后无嗣。

此后，拥有合法继承权的纳瓦拉国王亨利改宗天主教，入主巴黎。

于是，亨利三世就成了瓦卢瓦王朝末代皇帝，而纳瓦拉国王亨利就成了波旁王朝（House of Bourbon，也是卡佩家族的旁系）的开国君主亨利四世（Henry IV）。

公元1598年，亨利四世发布《南特赦令》（Edict of Nantes），结束了长达三十多年的内战。并宣布法国实行宗教宽容政策，要求新旧两派教徒和平相处。