当初，孙恩造反，数次被刘裕击败，被迫投河自尽，他的妹夫卢循接掌了他的部众，继续反抗东晋。卢循又多次败给刘裕，但他没有选择自尽，而是率军南下，攻打力量相对薄弱的广州，生擒刺史吴隐之，占据了那里。当时晋室朝廷刚经历了桓玄之乱，也没有能力讨伐卢循，就任命他为广州刺史，任命他的姐夫徐道覆为始兴郡太守，希望能把他们招安。

相安无事了几年，徐道覆贼心不死，他得到刘裕率师北伐、建康空虚的消息后，派人力劝卢循偷袭建康，但卢循没有同意。徐道覆亲自找到卢循，劝他道：“躲在岭南实非长久之计，我们的将士也思家心切，利用他们攻击留守建康的何无忌、刘毅，必是绰绰有余。如果今天不行动，等刘裕平灭三齐之后，我们终究难以保全。如果你不起兵，我将自己起兵。”卢循觉得割据广州也挺好，实在不愿意发兵，但经不住徐道覆的劝说，终于同意了。

卢循和徐道覆攻打长沙郡、南康郡、庐陵郡、豫章郡，顺利攻下，这些郡的太守、县令（长）纷纷弃城逃跑，晋廷大惊，急召刘裕回援京师。刘裕这个时候已经攻破了广固，正准备乘胜攻打后秦，收复司州、雍州，现下突然得到了告急诏书，这个闹心啊，但京师不能不救，他任命韩范为都督青州八郡诸军事，兼燕郡太守，任命封融为渤海郡太守，檀韶为琅琊郡太守，然后率大军回援建康。

江州刺史安成公何无忌从寻阳顺赣江南下讨伐叛贼，义熙六年（410）三月二十日，两军在豫章郡（今江西南昌市）遭遇。何无忌登上指挥舰，指挥部队作战，可正在这时，突然刮起了一阵西风，指挥舰等舰船被吹到了东岸徐道覆一侧，徐道覆大喜，他的舰船比朝廷的个头大，他就命士兵们用自己的大船撞击朝廷小船，朝廷船只纷纷被撞毁沉没。何无忌大喊道：“拿符节来！”手下给他送上符节，他手持符节，面不改色，继续指挥作战。徐道覆命弓箭手放箭，万箭齐发，何无忌身中数箭倒在血泊之中，死的时候也仍然紧握符节。

刘裕得到何无忌被杀的消息，命令将士脱掉铠甲，轻装急行，日夜兼程，于四月二日到达建康。

豫州刺史刘毅要和刘裕争功，不听刘裕劝告，亲率两万人马从姑孰西上，迎击叛军。这时候，卢循已经和徐道覆合兵一处了。五月七日，刘毅军和卢循军遭遇，两军大战，刘毅军不敌，被杀被俘数人，刘毅仅带领数名随从逃入山林。叛军连克江州、豫州，声威大震，部众达到十多万人，部队水上、陆上连绵近百里。

刘毅战败的消息传到京城，朝廷再一次大乱。因为刘裕的北伐军减员严重，生存下来的也不是负伤就是染病，已经无力再战，左仆射孟昶便建议他带着皇帝司马德宗向北躲避，刘裕坚决不同意。孟昶认为是自己当年坚决支持刘裕北伐，才造成了今天京师面临崩溃的境地，竟然服毒自尽了。刘裕发出悬赏告示，招募兵马，同时征调民夫，加固石头城。

五月十四日，卢循大军抵达淮口。刘裕对属下说道：“如果叛军从新亭向京师进攻，双方胜负难料；如果叛军驻扎到西岸，他们必败无疑。”

徐道覆建议从新亭登陆，进攻建康，但卢循求稳，坚决不同意，于是叛军驻扎到了蔡洲。徐道覆仰天长叹。

五月十五日，刘毅终于回到建康，此时他的随从已死亡殆尽，刘裕对他劝慰一番。

刘裕命参军沈林子、徐赤特驻守长江南，切断通往石头城的道路，命令他们只能防守，不能出战。但徐赤特不听沈林子的劝告，率军攻击叛军，被打得大败，幸亏朱龄石率军赶到，叛军才稍稍后撤。刘裕斩了违背命令的徐赤特。

这时候，叛军的粮食供应不上了。军中缺粮，又抢不到什么粮食，卢循期望的建康城中发生的巨变也没有发生，他便对徐道覆说道：“我军已经困乏，不妨回到寻阳，然后再夺取荆州，这样，三分之二的领土将掌握在我们手中。我们可以日后再和刘裕比拼。”七月十日，他率军出发回寻阳，留下大将范崇民率五千人驻守南陵。

七月十四日，刘裕派王仲德、刘钟、蒯恩、孟怀玉等追击卢循，然后命孙处、沈田子（沈林子的哥哥）率水师三千人从海上南下，攻击番禺，使叛军无家可归。十月十四日，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣讨伐卢循。他命刘毅留守京城，处理朝中日常事务。

荆州刺史刘道规命咨议参军刘遵攻打徐道覆，刘遵以少胜多，徐道覆大败，乘小船逃回了湓口。

十一月二日，孙处率水军突然出现在广州，叛军疏于防护，孙处当天即攻下城池，杀死了卢循的同党。他命沈田子继续进攻岭南郡县。

十二月二日，卢循、徐道覆集结了数万人马顺长江而下，要直取建康。他们声势浩大，水面上舰船绵延数里，一眼望不到边，于是刘裕想到了火攻之计。他命人在长江南岸准备燃料，然后在北岸用巨型弓箭向叛军放箭，使舰船不敢前进，这时候突然刮起了西风，叛军舰船被逼向南岸，南岸这边朝廷军队赶紧把事先准备好的燃料投向叛军舰船，舰船瞬间起火，火借风势，浓烟冲天，叛军纷纷跳河求生，全线溃败。卢循率残兵败将退守左里，在那里修筑防御工事，负隅顽抗。

十二月十八日，刘裕率军抵达左里，向叛军发起冲锋，但不能攻克。刘裕急得挥舞指挥旗，命令部队进攻，但他用力过猛，加上风势过大，指挥旗的旗杆突然折断，旗子掉落水中，周围人大惊，因为这是不祥之兆，只有刘裕不慌不忙，他笑着对大家说道：“当年讨伐桓玄的时候，指挥旗也曾折断，但桓玄还是被消灭了，今天这一幕重现，是吉兆。”刘裕下令全力进攻，朝廷军受鼓舞，个个奋勇争先，如猛虎下山，叛军不敌，阵地被攻陷，被杀死、淹死一万多人。卢循乘坐轻便小船逃向了广州，徐道覆逃向始兴郡（今广东韶关市），刘裕派刘藩、孟怀玉追击。

徐道覆回到始兴郡，这时候他手下只剩下一两千人，并且都已经疲惫不堪。孟怀玉率军抵达始兴城下，徐道覆勉强支撑了数日。义熙七年（411）二月五日，孟怀玉率军攻破城池，徐道覆被晋军团团包围，最终被乱刃刺死。

卢循边撤退边收拢残兵败将，又聚集了数万人，向番禺发起了进攻，准备收回番禺。孙处坚守城池，攻防战连续进行了二十多天。沈田子率军前来救援，和孙处内外夹击，卢循大败，被杀死一万多人。

卢循率残军逃奔交州，于四月二十四日抵达交州州府龙编（今越南河内东）南的一个渡口。交州刺史杜慧度坐镇城中，把家里的金银财宝发给将士，鼓励他们英勇杀敌。杜慧度也采用了火攻之计，卢循战船顿时火光四起，士兵死伤无数。卢循知道自己已经是穷途末路，便杀死妻妾，然后跳河自尽了。杜慧度命人把卢循的尸体打捞起来，砍下他的人头，然后又杀死了卢循的父亲和儿子，把人头装入木匣，送往建康。卢循、徐道覆之乱终于被扑灭。