北魏帝拓跋珪把都城由盛乐迁往了平城（今山西大同市）。他设立八部帅管辖全国各地，还派人到各地巡察，遇有徇私枉法的，就亲自过问定罪。拓跋珪尊崇儒学，命设置五经博士，扩从太学学生的员额，太学生达到了三千人。为了加强对官员的管理，拓跋珪还仿晋的“九品中正制”，把士人分成九品，一品最高，九品最低，每当政府职位有空缺的时候，就从中选择合适人选补充。

拓跋珪问博士李先道：“天下什么物品最珍贵，可以增加人的智慧和才能？”李先回答道：“自然是书籍了。”拓跋珪又问道：“天下一共有多少书籍，怎么才能搜集起来？”李先又回答：“自文字产生以来，书籍的种类每年都在增加，到现在已经多得无法计算。陛下如果喜欢，不愁搜集不到。”于是拓跋珪命各郡县太守、县令广泛搜集书籍，然后由专人护送到平城。

拓跋珪迷信人能长生不老，仪曹郎董谧投其所好，给他送上了一部书，叫《服饵仙经》，讲的是怎么炼丹服药成仙，拓跋珪视若珍宝，对董谧大加赏赐。他还设置了仙人博士，建造了仙坊，命术士在里面炼丹。为了炼丹，他封了西山，砍伐大树作为柴火。丹药炼成之后，他让死刑犯先试药，结果绝大多数服药的死刑犯都被毒死了，但拓跋珪并不死心，命人四处找寻药材，继续炼丹。

拓跋珪派使臣贺狄干带了骏马一千匹到后秦求婚，请求姚兴把女儿嫁给自己，姚兴刚开始也挺高兴，但当他得知拓跋珪已经册立了皇后慕容氏以后，大为恼火——他姚兴的女儿怎么能做别人的小老婆呢！姚兴把贺狄干扣留了下来，两国关系也宣告破裂。

柔然和后秦这时候关系比较融洽，柔然可汗郁久闾社仑出兵帮助后秦。北魏和柔然大战，柔然大败，郁久闾社仑率领部落人马一路北逃，到大漠以北，赶跑了高车族人，在他们的地盘上终于居住下来。高车族斛律部落的酋长斛律倍侯利率军偷袭郁久闾社仑军，但被打得大败，斛律倍侯利（南北朝名将斛律金的曾祖父）便率领部落人马投降了北魏。郁久闾社仑又率军吞并了一些小部落，从此成为大草原上的霸主。

长期服药的拓跋珪身心受到极大摧残，脑子也开始出现问题，变得暴躁易怒，常常会自言自语，疑神疑鬼，动不动就摔东西，甚至杀人。有人给他打小报告，说司空瘐（yǔ）岳一举一动都在模仿他，他大怒，命人把瘐岳杀死。高邑公莫题二十年前和拓跋珪开了个玩笑，取笑拓跋珪年幼不堪重任，拓跋珪一直记着，这次也顺便把莫题杀死了。

拓跋珪变得越来越神经质。文武大臣给他汇报工作的时候，他就回想这个人过去有没有让自己不高兴过，如果有，就当场命人杀死。大臣中他看谁的脸色不对，走路姿势不对，甚至是他听着谁的呼吸有问题，都会把这人杀死。文武百官人人自危，无心处理公务，致使首府平城盗匪横行，人们平时没事都不肯出门，在家里还安全些，大街上车流、人流变得稀少。

但也有例外，拓跋珪特别欣赏吏部尚书崔宏和他的儿子著作郎崔浩。崔宏出身关东名门清河崔氏，自小就有神童之称，年少时就博览群书，博古通今。当年拓跋珪攻打后燕的时候，专门派人找来了崔宏，让他参与处理国家大事。崔浩更胜父亲一筹，他更有才华，不但博览经史，而且对玄象阴阳、百家之言也无不精通。拓跋珪喜欢人才，所以他们父子二人一直备受礼遇。

义熙五年（409）十月，拓跋珪立长子拓跋嗣为太子。拓跋嗣本年十八岁，母亲为刘贵人。拓跋族从部落时代起就有规定，被立为世子者，其母亲必须被赐死，这样可以防止后宫和外戚干政，到了拓跋嗣这里自然也不例外。拓跋珪赐死了刘贵人，然后把儿子拓跋嗣找来，向他解释这样做的原因：“当年汉武帝立刘弗陵，杀了钩弋夫人夫人，就是防止钩弋夫人和她的家族乱政。你日后要继承大统，我仿效古人，这样做也是为了使国家长治久安。”

可拓跋嗣是个孝子，听到母亲被杀，立即号啕大哭，哭得身体抽搐，非常哀痛。拓跋珪一看就生气了，心想，你这小子怎么这么没出息，竟然是这等女人心肠，一点都不像我的儿子！拓跋珪打发拓跋嗣回太子宫，拓跋嗣还是不停地哭，哭了几天几夜。有人就把这事报告给了拓跋珪，拓跋珪大怒，派人召拓跋嗣进宫，准备要好好训斥儿子一番。

拓跋嗣要进宫去见父亲，他的下属对他说道：“陛下正在气头上，殿下进得宫去，后果难以预料，不如您暂时到外面避避风头，等陛下气消了，再进宫面圣也不晚。”拓跋嗣一听有道理，就带了心腹亲信车路头和王洛儿两个人，偷偷地溜出了京师。

拓跋珪得到禀报，说太子拓跋嗣出逃了，顿时暴怒，把桌子都掀翻了。正在这时，贺夫人走了进来。

贺夫人是拓跋珪母亲的亲妹妹。当年拓跋珪有次到舅舅家，见到了美若天仙的贺夫人，立即被迷得神魂颠倒，就向母亲请求纳贺夫人为妾。贺太后不同意，说道：“太美的东西往往藏着祸水，而且她已经嫁为人妇，你怎么能强夺呢？”拓跋珪不死心，秘密派人刺死了贺夫人的丈夫，然后强行把她纳入后宫。后来贺夫人给拓跋珪生了个儿子，也就是拓跋珪的次子，名叫拓跋绍。长大后的拓跋绍被封为清河王，他为人残暴，不但光天化日之下以抢劫为乐，而且还要剥光人家的衣服。拓跋珪得到禀报，大怒，命人把拓跋绍头朝下吊在水井里。拓跋绍惨叫连连，直到后来没声了，拓跋珪才让人把他给提了上来，拓跋绍好长时间之后才苏醒。

十月三日，贺夫人也得到了拓跋嗣出逃的消息，就赶来见拓跋珪，劝他立拓跋绍为太子。拓跋绍自然不是拓跋珪中意的太子人选，就不答应。贺夫人苦劝，拓跋珪听得火冒三丈，厉声大骂贺夫人，命人把她推出去斩首。贺夫人大声呼救，拓跋珪心又软了，只命令把她关押起来。贺夫人买通看守人员，让他们通知拓跋绍来救自己。拓跋绍听说母亲被关押，很快要被处死，大怒，和手下人商议。手下人都认为，为今之计，只有杀死了拓跋珪才能救得了贺夫人。拓跋绍也已经十六岁了，听闻此言，心一横，就带人翻墙入宫，直奔天安殿。拓跋绍砍倒几个卫士，直冲拓跋珪的帷帐而去。值守的宦官惊叫道：“贼人闯进来了！”拓跋珪被惊醒，一个鲤鱼打挺就站了起来，他四处找武器，但没有找到，正在这时，拓跋绍手提宝剑就冲了进来，拓跋珪指着他大叫道：“逆子！”拓跋绍的手下不由分说，把拓跋跬刺死当场。拓跋珪死时三十九岁。一代雄主就这样退出了历史舞台！

第二天（十月十四日），都到中午时分了，皇宫大门依旧没有打开，文武百官在门外等得很着急，不知道里面发生了什么。拓跋绍命人传旨，让群臣到南边的端门外等候，百官从命。这时候拓跋绍从门缝里对群臣说道：“我有叔叔，也有兄长，你们打算听谁的？”这话把百官都给听愣了，不知道拓跋绍说这话什么意思，就都沉默不作声，气氛变得紧张起来。南平公长孙嵩首先明白过味来了，说道：“自然是拥护大王。”长孙嵩的一句话惊醒了众臣，他们立即明白拓跋珪已经驾崩了，但究竟发生了什么，他们并不知道，如今形势不明朗，这帮官场老手们面面相觑，都不敢出声。拓跋珪的堂兄阴平公拓跋烈放声痛哭，离开了。朝臣们议论纷纷，各部落也蠢蠢欲动，拓跋绍为了安抚众人，从国库中拿出大量的绫罗绸缎赏赐下去，除了崔宏，别人都收下了。

拓跋嗣逃亡在外，是拓跋绍的心腹大患，他贴出悬赏告示，说能捉拿到拓跋嗣的重重有赏。叔孙俊和拓跋磨浑都心向拓跋嗣，他们对拓跋绍说自己知道拓跋嗣在哪里，要出城捉拿，拓跋绍大喜，又拨给他们勇士两人，让他们一同前去捉拿拓跋嗣。叔孙俊和拓跋磨浑出城后，立即用计把那两位勇士捆绑了起来。他们求见拓跋嗣，为了证明自己的忠心，还砍下了两位勇士的人头。

拓跋嗣的心腹王洛儿乔装打扮，冒死前往京师平城，联络朝中大臣。大臣们平时就对拓跋绍的所作所为颇有微词，如今又对他的弑父之举痛恨之至，纷纷表示要作为内应，迎接拓跋嗣入城登基。王洛儿又联系了安远将军安同，安同深受拓跋珪重用，对拓跋珪感恩戴德，也答应做内应，还另外秘密联络了不少人。安排停当之后，拓跋嗣等人到了西城门，卫士们抓获拓跋绍，把他五花大绑带到拓跋嗣面前，拓跋嗣随即入城，立即诛杀了拓跋绍和他母亲贺夫人，又抓获了拓跋绍的同党，被处决的有十多人。第一个挥刀刺向拓跋珪的人被文武百官剁成了肉酱，百官们觉得还不解气，把剁碎的尸体抓起来往肚里咽，不一会儿的工夫，尸体就被吃光了。

义熙五年（409）十月十七日，拓跋嗣登基为帝，下令大赦，让长孙嵩、安同、奚斤、崔宏、拓跋屈（拓跋磨浑的父亲）等八人共同处理朝廷大事，大臣称他们为“八公”。拓跋嗣又让燕凤和封懿入宫讲解经书，出宫参与政务，然后任命王洛儿、车路头为散骑常侍，叔孙俊为卫将军，拓跋磨浑为尚书。以上人员统统被封为郡公或县公。

拓跋嗣询问老臣道：“众爱卿，先帝最信任的大臣是谁？”王洛儿回答道：“非李先莫属。”拓跋嗣就把李先找来，问他道：“你有什么特别的才能和功劳，能让先帝如此礼遇？”李先微微一笑，回答说：“臣没有功劳，也没有才能，臣有的只是忠心正直，先帝看重的正是这一点。”拓跋嗣对他的回答非常满意，任命他为安东将军，此后经常让他留宿宫中，以备随时问询。