升平五年（361）五月二十二日，穆帝司马聘突然生病去世，年十九岁。他没有留下子嗣，皇太后褚蒜子命二十一岁的琅琊王司马丕（司马衍的长子）继位，史称晋哀帝。

隆和元年（362）正月，前燕的豫州刺史孙兴请求进攻洛阳，得到批准，派宁南将军吕护进驻河阴。四月，吕护开始进攻洛阳。五月，桓温派北中郎将庾希（庾冰之子）和竟陵郡太守邓遐率领三千兵士前去协同洛阳守将陈祐，守卫洛阳。

就是在这个时候，桓温不合时宜地提出来要迁都洛阳，造成了朝野上下的恐慌，大家明知迁都之举并不可行，但没有人敢带头公开提出反对意见。散骑常侍领著作郎孙绰第一个提出不同意见，他上书说：“自天下大乱起，至今已经六十多年，中原一带成为废墟。当初逃亡到江南的人即使还活着的，他们的儿子也都已经老了，孙子已经长大，他们在江南安家立业数十年，虽然对中原故土怀有依恋之情，但一下子要他们舍家抛业地强行迁回洛阳去，并不可行。我认为应该先扫清洛阳附近的贼寇，再议迁都之事。”

桓温看到孙绰的奏章后很不高兴，朝廷害怕桓温一气之下真的要迁都洛阳，准备派侍中去劝阻桓温，扬州刺史王述说：“桓温不过是给朝廷找难题，只要顺着他，他就不会再提迁都之事了。”于是朝廷下诏批准了桓温的要求。桓温一看朝廷来真的，果然不再提了。

桓温又准备把洛阳的巨钟和钟架迁到建康，王述说应当先迁先帝的坟墓，然后再迁钟，桓温也不再提了。

七月，吕护进攻不利，退守小平津，被流箭射死，部将段崇收拾残军到野王驻扎。晋将军邓遐驻扎新城。八月，西中郎将袁真率军驻扎汝南，他调运五万斛米运送到了洛阳。

前燕军撤退，庾希回军到山阳，袁真回军到寿阳。

兴宁二年（364）二月，前燕卷土重来，太傅慕容评、龙骧将军李洪率军攻占黄河以南土地。四月二十五日，李洪率军攻打许昌、汝南，在悬瓠（今河南汝南县）击败晋军，晋颍川太守李福顽强战斗，不敌被杀。其他晋方将领也纷纷落败，汝南太守朱斌逃到了寿春，陈郡太守朱辅逃到了彭城。桓温派袁真率军前往迎击李洪，他自己则亲率水军驻扎于合肥。前燕将一万多户百姓强制迁徙到幽州、冀州，派镇南将军慕容尘留守许昌。

慕容恪计划一举夺取洛阳，他命司马悦希驻屯盟津，命豫州刺史孙兴驻屯成皋，伺机进攻。

当年王敦谋乱的时候，沈充追随王敦，后王敦失败，沈充逃到昔日部下家里，不想这名部下为了取得赏金杀死了他，把他的人头送到了建康。沈充的儿子沈劲砥砺品性，奋发有为，立志要为国建功，抵消父亲带给家族的耻辱，但因为父亲的原因，他一直无法步入仕途。吴兴郡太守王胡之被提拔为司州刺史后，上书为沈劲说好话，希望朝廷允许沈劲做自己的参府事，朝廷应允。眼看沈劲的机会来了，王胡之却因为生病，没有赴任司州。

前燕大军对洛阳虎视眈眈，负责守卫洛阳的晋冠军将军陈祐的兵力却不足两千人，面对强敌，他一筹莫展。沈劲主动请缨，要求去支援陈祐，朝廷便下令补沈劲为冠军长史。沈劲得到任命，招募了一千多名勇士后赶赴洛阳。

前燕进攻洛阳，沈劲奋起反抗，多有斩获，但前燕毕竟军力强大，洛阳守军渐渐不支。城内粮食开始短缺，又无援军到达，陈祐看到城池即将被攻破，耍了个滑头，称要去救援许昌，给沈劲留下五百人后便率兵出城去了。沈劲并没有被吓到，他等待的就是这一天，他兴奋地说道：“能为国捐躯，就是我的志向！”

兴宁三年（365）二月，慕容恪和慕容垂合兵一处，共同对洛阳发起强劲攻击。有这二位带兵攻城，沈劲自然守不住，洛阳很快被攻克，沈劲被俘。

被俘的沈劲神色如常，慕容恪见了觉得很惊讶，在了解了他的情况后准备释放他，但中军将军慕舆虔说：“沈劲是个人物，今天您吝惜他的品行放走他，来日他必成我们的后患。”于是沈劲就被杀死了。

晋廷对沈劲的勇敢、牺牲精神大加赞扬，追赠他为东阳郡太守。

之后，慕容恪进一步夺取了崤谷、渑池，关中震动，前秦王苻坚亲自率兵驻扎于陕城，准备迎击慕容恪。但慕容恪认为进攻前秦的时机并不成熟，便命左中郎将慕容筑为洛州刺史镇守洛阳，命慕容垂镇守鲁阳，自己率军返回。

晋哀帝司马丕年纪轻轻便追求长生不老之术，不断吃一些乱七八糟的丹药，这类东西吃得多了，就渐渐中了毒。兴宁三年（365）二月，晋哀帝司马丕去世，年二十五岁。司马丕没有儿子，崇德太后褚蒜子临朝听政，命琅琊王司马奕继位。司马奕是司马丕的同母弟弟，此时二十四岁。