升平元年（358）十一月，慕容儁把前燕的首府从蓟城迁到了邺城，并命人整修铜雀台。

吴王慕容垂的妻子段氏是段部鲜卑酋长段末柸的女儿，生下儿子慕容令、慕容宝。段氏出身名门，又富有才华，性格有点小孤傲，对现皇后可足浑爱答不理，可足浑皇后对此记恨在心。中常侍涅浩把这些都看在眼里，找机会诬告段氏及慕容垂的典书令高弼使用巫蛊之术诅咒皇上和皇后，想借此牵连慕容垂。慕容儁命人把段氏和高弼分别送交大长秋、廷尉严刑审问，但段氏和高弼即便遭受酷刑也不肯屈招。

慕容垂眼看他们受刑却无能为力，很是心痛。他买通看守官传话给段氏道：“人总有一死，你何必忍受如此酷刑！不如按他们的意思招供。”段氏叹气道：“我岂是怕死之人！只是如果按他们说的签字画押，上会辱没祖宗，下会连累大王，所以我不能做！”

段氏被生生打死，但她直到最后也没有招供，慕容垂没有因此受到牵连。

慕容儁调慕容垂任平州刺史，镇守辽东。

段氏死后，慕容垂娶了段氏的妹妹作为王后。可足浑皇后命令他把小段氏废掉，把她的妹妹长安君娶过门当王后，慕容垂满心不高兴，但也不得不接受。

升平三年（359）十二月十七日，慕容儁一病不起，他满面愁容，把担任大司马的太原王慕容恪叫到床前，说道：“我已病入膏肓，可太子慕容暐（wěi）年幼，只有十岁。现在外有强敌，太子恐怕难堪重任，我想把位置传给你，你有什么看法？”

慕容恪赶忙回答道：“臣弟有自知之明，不敢乱了皇位继承的正常秩序。”

慕容儁故作生气地说：“你我兄弟，不用这么虚伪！”

慕容恪顿时跪倒，说道：“陛下认为臣弟有担负天下重任的能力，难道我还没能力辅佐少主吗？”

慕容儁这才露出了笑脸：“你肯做周公，我还有什么可疑虑的。”

原来，这是慕容儁在考验慕容恪，慕容恪成绩合格。

慕容儁又征召慕容垂返回邺城。不久后，他病情加重，招来慕容恪、司空阳鹜、司徒慕容评、领军将军慕舆根等人，命他们接受遗诏辅佐朝政。

升平四年（360）正月二十一日，慕容儁去世。正月二十五日，太子慕容暐登基，尊可足浑皇后为皇太后，任命慕容恪为太宰，总领朝政；任命慕容评为太傅、阳鹜为太保、慕舆根为太师，共同参政。

慕舆根性格比较倔，自恃是三朝元老，对皇帝让慕容恪总领朝政老大不服气，和慕容恪说话总是居高临下。皇太后可足浑不时干预朝政，慕舆根想作乱，便以此为借口挑拨慕容恪道：“皇上年幼，太后干政，您应该多加防范，防止不测事件发生。兄亡弟及，古今都有例子，您应该登上大位，为大燕国谋求福祉。”

慕容恪闻听大惊：“你这是醉话吗？我们共同接受遗诏辅佐朝政，你怎么敢这么说话！”

慕舆根看无法说动慕容恪，表露出羞愧之色，连说自己是真醉了，叫他不要介意。但慕容恪觉得事关重大，把这件事告诉了慕容垂，慕容垂建议他除掉慕舆根，慕容恪觉得不妥，他不无忧虑地说道：“先帝刚刚故去，晋和秦蠢蠢欲动，我们此时自相残杀，就是有负先帝重托，还是先忍耐一下，静观其变吧。”秘书监皇甫真也建议尽早除掉慕舆根，慕容恪没有答应。

慕舆根又来可足浑太后这里煽风点火，他对可足浑太后说：“太宰和太傅在一起密谋，意图不轨，请您允许我率领禁卫军去除掉他们。”

可足浑皇太后也觉得慕容恪和慕容评他们碍手碍脚，正要答应，慕容暐却不同意。别看这个小皇帝年龄不大，但比较有主意，因为他的反对，这个事就没成。

慕舆根两计不成，又生一计。他以思念故土为由，同时向可足浑皇太后和慕容恪上书说：“而今天下萧条，外敌环视，国大忧深，我们不如返回龙城，图个清静。”慕舆根这样做，意图在内部制造混乱，好收渔翁之利。

慕容恪一看慕舆根贼心不死，终于下定决心要去除这个隐患。他去找太傅慕容评商议对策，定下主意后，秘密向皇帝上表陈述慕舆根的罪行，并立即命右卫将军傅颜在内省杀死慕舆根，连同他的妻儿、同党亲信等一并诛杀，对其他人等不予追究。

事后，朝中一片肃杀之气，大臣们深感震惊，倒是慕容恪依旧举止淡定，神色如常。慕容恪每次出入宫廷都只带一个侍卫跟随，不少人劝他应该多带侍卫，保护自身安全，他对他们说道：“现在人心不稳，如果连我都表现得焦灼不安，还怎么让他们安定下来？”

慕容恪的沉着冷静安定了人心，朝中局势逐渐恢复平静。

晋朝的大臣们听说慕容儁去世，前燕内部又发生内乱，纷纷摩拳擦掌，认为中原指日可定，只有桓温泼冷水道：“慕容恪还活着，我们的忧患还大着呢！”