王敦建议朝廷任命西阳王司马羕为太宰——司马羕是八王之乱中司马亮的儿子，司马亮兵败后，因年幼被救走而幸免于难。之后又任命王导为尚书令，王廙为荆州刺史，还调换了不少朝廷官员和封疆大吏，把重要位置都换上与自己一党的人，被降职、免职和调动的官员数以百计。

王敦认为京师不是久留之地，大本营武昌（今湖北鄂州市）才是最安全的，所以打算回武昌去。王敦的长史谢鲲（名士谢安的伯父）劝他道：“明公大义，保全了社稷，但您一直称病不去朝拜圣上，没有赢得民心。如果您去拜见圣上，君臣之间自然会消除嫌隙，天下人也就自然会顺服于您了。”

王敦反问谢鲲道：“你能保证我上朝的时候不会发生什么意外吗？”

谢鲲回答：“我近日上朝，见圣上旁边的位置空着，那是在等待着您啊，宫中也安静平和，必然不会有什么意外。您如果上朝，我来担任您的侍卫。”

王敦听了，勃然大怒，骂道：“像你这样的人杀掉几百个，对政局又有什么损失！”意思是你说会做我的侍卫，可你死了不要紧，我的身份尊贵，你怎么能比？

王敦最终也没有入朝见驾，于永昌元年（322）四月率军队返回武昌。

之前王敦派南蛮校尉魏乂攻打湘州刺史谯王司马承，四月十日，魏乂生擒司马承。在把司马承押运到武昌的途中，王廙按照王敦指令杀死了他。空出来的湘州刺史的位置，司马睿本已下诏让广州刺史陶侃接任，但因为陶侃不属于王敦的嫡系人马，王敦要求皇帝撤回诏令，司马睿只好同意。

王敦对甘卓最开始答应和自己一起起兵，之后却按兵不发，甚至和自己作对的反复之举耿耿于怀，一直在寻找机会报复。甘卓的身边人劝甘卓要多多提防，但他没有听进去，让士兵卸甲从事农业生产。

襄阳太守周虑接到王敦密令，让他见机除掉甘卓，于是他谎称此时湖中有很多鱼，劝甘卓派身边的侍从们下湖捕鱼，甘卓中计，支开了身边人。五月二十三日，甘卓被周虑杀害在卧室中，首级被割下送给了王敦。之后王敦命从事中郎周抚督沔北地区军务，代替甘卓镇守沔中。

人一旦得志就容易忘形，王敦也是这样，此时他性格中的弱点显露无遗，变得越发贪婪、傲慢、残忍。各地向朝廷进贡的物品大都落入王敦的口袋，在朝中重要岗位上任职的大都是王敦的门生。王敦还任命哥哥王含为征东将军，兼都督扬州、江西诸军事，堂弟王舒为荆州牧，堂弟王彬为江州牧，堂弟王邃为徐州牧，他自己则亲自兼任都督宁州、益州诸军事。

王敦把沈充、钱凤引为嫡系，作为核心幕僚，诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等也都是他的心腹。沈充等人仗势欺人，贪得无厌，大肆修建府邸，侵占他人田地住宅，挖掘古墓，公然在集市抢夺他人的财物，简直无恶不作，可王敦依旧信重他们，而王敦的堂弟，时任豫章太守的王棱多次劝阻王敦，言辞比较激烈，王敦一怒之下竟派人把他暗杀了，很有“顺我者昌，逆我者亡”的意味。

王敦把持朝政，并进一步揽权。他取消了司徒这一重要职位，把司徒的职权并入丞相府。王敦权柄越来越大，皇帝成了摆设，这让司马睿非常郁闷，急火攻心之下，竟一病不起。司马睿把司空王导叫到床前，命他辅佐太子。永昌元年（322）十一月初十，司马睿驾崩，年四十七岁，后被葬于建平陵（位于今江苏南京市）。

十一月十一日，年仅二十四岁的皇太子司马绍登基，大赦天下，尊奉生母荀氏为建安君，史称晋明帝。

司马睿一死，王敦更不把年轻的司马绍放在眼里，他野心膨胀，有了篡夺皇位的打算，暗示司马绍召自己入朝，司马绍不敢不照做，亲笔写下诏书征召他。太宁元年（323）四月，司马绍赐予王敦黄钺和班剑（这些是皇帝用的礼器），并允许他上朝时不报姓名，不必小跑，佩剑上殿（“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”）。而王敦选择移驻姑孰（今安徽当涂县），屯兵于湖（今安徽省当涂县南），又给自己加上了扬州牧的官衔——这个官管辖的可是京师所在之地。

面对王敦篡位步伐的加快，与他同族的王彬苦苦相劝，王敦再次黑了脸，示意左右把王彬抓起来。王彬毫不畏惧，正气凛然地说：“你之前杀害兄长（指王棱），现在又要杀害弟弟吗？！”王敦闻听，心底被触动了一下，终于还是停了手。

太宁元年（323）六月初六，晋明帝司马绍立太子妃庾文君为皇后，让皇后的兄长中领军庾亮任中书监。

庾家是颍川的大族。庾亮和庾文君的父亲叫庾琛，在永嘉初年为建威将军，南渡之后担任会稽太守，后被征召为丞相军咨祭酒，死在任上。庾文君美丽大方，仁慈善良。庾亮，字元规，是个帅哥，为人严肃庄重，注重礼节，口才特别棒，好老庄之学。讲到东晋后面的历史，还会再提到他。