王敦在重兵的簇拥下进入石头城，他不去拜见司马睿，却放纵士兵四处抢掠，把建康城弄得鸡飞狗跳。

司马睿脱下铠甲，换上龙袍，他扫视了一下四周，说道：“想得到这个位置，何不早说！我自会回琅琊去，为什么要让百姓受苦？”他派使者对王敦说：“公若不忘本朝，就此罢兵，则天下还可以平安。如若不然，朕将回到琅琊，为贤人让路。”

刁协和刘隗来面见司马睿。司马睿拉着他们的手，放声痛哭，让二人赶紧逃走。刁协流着泪说：“我待在这里保护皇上，不敢有别的心思。”司马睿一摆手，催促他：“事情紧急，现在还走得了，再迟恐怕就来不及了！”

司马睿给刁协、刘隗准备出行马匹和随员，让他们自寻生路。刁协年龄大了，受不了马上的颠簸，平日里也缺少对部下的恩惠，大家都不愿意和他一起走，走到江乘县（今江苏句容市北）的时候就被人杀死，首级送给了王敦，王敦允许刁家人为他收尸安葬。刘隗向北投奔了后赵，后官至太子太傅。

王敦势大，无奈，司马睿只好携百官到石头城拜见，迎接王敦。

永昌元年（322），司马睿大赦天下，任命王敦为丞相、都督中外诸军事、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，食邑一万户。王敦假意推辞。

当年长安陷落，大家都劝司马睿即帝位，只有王敦图谋控制朝政，怕已经四十出头的司马睿难以听任摆布，想立个年幼的，但因为王导不同意，这才作罢。现在王敦攻入建康，见到王导，对他说道：“当年你不听我的意见，现在差点使全族被灭。”

王敦刚起兵的时候，王导带领在建康的一众王家人到宫外请罪，尚书仆射周顗正巧路过要进宫去，王导冲他高喊道：“伯仁（周顗的字），我全家百十口的性命，托付给你了！”周顗头也不回，径直入宫。见到元帝司马睿后，周顗倒是竭力向他申诉王导的忠心耿耿，劝司马睿放王导等人一马。周顗所说的和司马睿的想法一致，司马睿同意了。

周顗喜欢喝酒，几乎天天喝醉，有“三日仆射”之称。这一次，周顗又是喝高了才出宫来。王导等人还在宫门外等候，王导又喊周顗，周顗依旧不答话，还笑着对左右说：“今年要杀掉诸位贼子，换来斗大的金印挂在后面。”回到家后，周顗却又给司马睿上书，替王导开脱。但王导对此并不知情，以为周顗不帮他说话，对周顗恨之入骨。

王敦入建康后，问王导说：“周顗和戴渊名望较高，任命他们为三公级的官员应该没有什么问题吧？”王导不答话。

王敦又问：“如果不任三公，应该让他们做尚书令还是仆射？”王导又不答话。

王敦再问：“如果不这样任用，就只有杀了他们！”王导还是不答话。

永昌元年（322）三月二十三日，王敦派人逮捕了周顗和戴渊。周顗在被押赴刑场的途中经过太庙，大喊道：“贼子王敦，倾覆社稷，枉杀忠臣，如果神灵有知，请速速诛之！”押送人员用大戟把周顗的嘴刺烂，鲜血直流到了脚上，但周顗面不改色，旁观者都为之动容，流下了眼泪。戴渊也被押到石头城南门外斩首。

司马睿派身为侍中的王敦堂弟王彬去犒劳王敦。王彬为人正直，又一向与周顗关系要好，便先去哀悼了周顗，然后才去见王敦。王敦见他表情哀伤，心中纳闷，就询问他，王彬回答道：“我刚从周伯仁那里吊孝回来。”

王敦发怒道：“周顗自己找死，你为什么要去吊孝？”

王彬回答：“周伯仁是长者，也是您的亲友，虽然他在朝廷不算忠直敢言，但也没有结党营私，却在大赦之后被处以极刑，所以我感到悲伤。”

王彬越说越生气，竟数落起王敦来：“兄长抗命犯上，杀害忠良，图谋不轨，祸及门户！”他慷慨激昂，声泪俱下。王敦听了暴跳如雷，严厉地呵斥道：“你真是狂妄至极！以为我不敢杀你吗？！”

当时王导也在场，暗自替王彬担心，见王敦生气了，他赶紧劝王彬起身谢罪。王彬道：“自从有脚病以来，我见了皇上都不想下拜，现在没有什么可跪拜的？”

王敦威胁道：“脚痛和脖子痛，哪个更痛？”

王彬毫不畏惧，最后还是没有下跪，毕竟是亲族，王敦也没有杀他。

王导后来整理中书省的档案，见到了周顗替自己辩护的奏章，他颤抖着拿起奏章，眼淌热泪，悔道：“我不杀伯仁，伯仁却因我而死。幽冥之中，有负好友！”

唉，从这件事也能看出，对别人好要让别人知道，闹了误会可不得了。