怀帝司马炽比较有主心骨，登基不久就开始亲自处理政务，对朝廷上下的事情也格外留心。把持朝政的太傅东海王司马越对此极不高兴，坚决要求出镇地方，司马炽要留也留不住，只好批准。于是司马越离开了首都洛阳，坐镇许昌。

永嘉二年（308）二月十六日，司马越派人杀死了做过皇太弟、对自己有威胁的清河王司马覃。司马覃死时，年仅十四岁。三月，司马越从许昌搬到鄄城（今山东鄄城县）。八月初，鄄城城墙突然崩塌了几十丈，司马越请人占卜，得出的结果是鄄城气运不详，于是他把大营迁到濮阳，没多久又从濮阳迁到了荥阳。

永嘉三年（309）三月十八日，在外飘**了两年的司马越突然从荥阳返回洛阳。中书监王敦对亲信说：“太傅独霸朝纲，他任用官员时往往还上书皇帝，不过是走走过场罢了。但尚书仍然死扣规章制度，对他有诸多限制，太傅肯定很不高兴，他这次回京，一定会处理掉绊脚石。”

司马炽还是皇太弟的时候，与中庶子缪播就非常亲近，等继位后，更是任命缪播为中书监，任缪播的弟弟缪胤为太仆卿（主管出行的官），把他们兄弟当作自己的心腹。司马炽的舅舅散骑常侍王延、尚书何绥（开国重臣何曾的孙子）、太史令高堂冲等人也会一起参与朝廷的重大事务，被视为怀帝的班底。

司马越怀疑他们在暗中谋划对付自己，手下刘舆等也劝说他赶紧把缪播等人解决掉，以绝后患。于是司马越诬陷缪播等人意图不轨，图谋叛乱，在永嘉三年（309）三月二十六日这一天，派平东将军王秉率领三千士兵冲入皇宫。这时候缪播等人正在和司马炽议事，王秉不由分说，当着司马炽的面带走了王延、缪播等十余人，将他们交付廷尉象征性地审讯后，全部杀害了。

司马炽对亲信被杀一事无能为力，只有暗自流泪叹息。当年司马越为了除掉司马颙的得力助手张方，求助缪播兄弟得以成功，如今又杀了他们，让人不由慨叹权力斗争之无情。

铲除了异己，司马越任命王敦为扬州刺史，任命王敦的堂兄王衍为太尉，他自己则辞去兖州牧的职务，但仍然兼任司徒。司马越琢磨，近年来朝廷中的数次变故均是由宫中的禁卫军发起，所以把禁卫军换成自己的人才可靠。他通知司马炽后，免除了宫中所有有侯爵封号的官。当时几乎所有武官都封侯了，于是几乎全部被罢免回家。然后司马越让亲信何伦任右卫将军，王秉任左卫将军，带领几百名东海国的精锐士兵负责皇宫的警卫工作，进一步控制了朝廷。