然而，人虽去，心依旧，他依然是大明的人，依然是一颗大明之心，所以，当明朝灭亡、南明弘光政权建立，他义无反顾地出任吏部侍郎、礼部尚书。

弘光政权昙花一现之后，朱聿键又在福州建立了隆武政权，封黄道周为武英殿大学士兼吏部尚书和兵二部尚书。

隆武二年（1646），新生的隆武政权还是个婴儿，就遭到来自清朝这个壮汉的暴击。

尽管黄道周拿出了自己的全部积蓄，加上朋友的资助，也仅能组织起一支不足万人的“扁担军”，而马匹仅有十多匹，口粮不足一月。

明知有去无回，但他们还是出发了，并且兵分三路，向清军发起进攻。

夫人蔡氏用一声叹息，为丈夫率领的这支队伍送行：“道周死得其所了！”

除了一腔忠义，这支拼凑起来的军队什么都缺，缺作战经验，缺武器，缺粮缺饷，但救国心切的黄道周，还是带着它出闽入赣，不料清军抢先占领了徽州，而这是黄道周计划占领的“大本营”。

正当黄道周向隆武帝紧急求助，而总领大军并且把持了财权的郑芝龙置之不理，隆武帝只能干着急的时候，已投降清军的黄道周的学生（原明朝婺源县令，当时婺源已被清军占领）发来密信，请老师攻取婺源，他可以为内应，不知有诈的黄道周率兵前往，结果中计，半路被清军伏击，全军覆没，黄道周被俘。

关押了两个月，清廷也劝降了两个月，还派降将洪承畴来劝降，皆无济于事。

绝食十二天后，黄道周收到妻子的来信：忠臣有国无家，请勿内顾。

隆武二年三月五日，是黄道周生命的最后一天，临刑前，跟了他多年的老仆失声痛哭，他安慰说：“我为正义而死，是为国家尽忠，你为何悲伤？”

刑场上，黄道周面向南方再拜，撕下衣服，咬破手指，给家人留下血书：纲常万古，节义千秋；天地知我，家人无忧。

然后大呼：“天下岂有怕死的黄道周！”

就要行刑了，刽子手令他下跪，黄道周死也不跪，刽子手只好搬来板凳，让他坐下……一刀下去，黄道周头断而身“兀立不仆”。

行刑完毕，刽子手在他衣服里发现“大明孤臣黄道周”七个大字，这个亲手把无数生命送入地狱、早已心如冷铁的“冷血动物”，也禁不住热泪盈眶……