后来有人评价说：“隆武帝是南明政权中一位较有作为的帝王，只可惜个人的力量不足以改变整个局势。”

事实上，从继位的第一天起，他就成了一个傀儡，尽管有重振大明的决心，但却有心无力。

架空他的，是郑氏家族，这个家族以郑芝龙（郑成功之父）、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首，他们都是大海盗出身，福建、广东、浙江一带沿海，数十年都是他们的天下，崇祯初年接受招安后，他们想的不是为国尽力，而是如何趁天下大乱扩大地盘、加强自己的势力。

郑家也不是没有忠臣，但除了郑成功，再也没有第二个。

面对外敌，其他爱国将领浴血奋战的时候，郑家却在卖官鬻爵，大肆搜刮百姓，既狠毒又凶暴，甚至在败走江南时依然如此，以至于百姓甚至翘首盼望清军早点打来，收拾这帮土匪。

清军没让百姓“失望”。

进展最快的，是汉将率领的清军，比如李成栋、金声桓、高进库，他们于顺治三年春至九月，先后攻占了吉安、赣州。

赣州一丢，大事不好，因为这里是连接湖南、福建、广东等地的咽喉要地。

1646年，朱聿键率数千明军“御驾亲征”，准备冒险进入湖南，到达延平时，郑影等人却弃新城（今江西黎川）而逃，郑芝龙已暗中与清军约降，导致福建各关隘均无人把守。

郑芝龙降清后，李成栋率领的清军攻下浙江多地后进入福建，直扑延平，朱聿键逃到汀州城外时被清军追上，他和曾皇后都成了俘虏，分别被押入轿子送往福建时，曾皇后猛然蹿出轿子，喊了一声“陛下宜殉国”，纵身跳崖而死，多次寻死未成的朱聿键，最后绝食而死于福州关押他的地方（有说被清军乱箭射死于汀州城衙的大堂上）。

千里孤魂，无处话凄凉……当初崇祯有难，至少还有他这个弟弟冒死勤王，轮到他有难时，身边连一个愿意陪他做鬼的都没有。

唯一可以告慰他亡灵的是，当郑芝龙降清后，郑成功与父亲决裂，率部继续在东南沿海一带抗清……