孙太后命郕王朱祁钰监国不久，群臣又拥立朱祁钰为帝，是为明代宗，遥尊明英宗为太上皇，组织北京保卫战。

升为兵部尚书的于谦临危受命，全权指挥北京保卫战。

虽然恨死了于谦，但当于谦派人到外地招募军队、派徐有贞到河南安阳，并令他代行监察御史职权时，他还是服从了安排。

北京保卫战胜利、瓦剌军狼狈撤退北归后，徐有贞回到北京，依然担任翰林院侍讲。

接下来他对于谦的一个误会，又使他对于谦的恨上升了一个“档次”。

起因是南迁提议遭到群臣嘲笑后，徐有贞长久得不到升迁，而他对功名又看得特别重，便去巴结阁臣陈循，“求”他在这方面帮帮忙。

可是陈循帮不了他，因为当时朝廷用人的事情是于谦在管，徐有贞不好意思直接去找于谦，便想通过于谦一个门生，求取国子监祭酒职位。

于谦倒是大人大量，并未因他当初的逃跑主张而对他另眼相看，而是向明代宗举荐了他，谁知代宗说：“这个徐有贞，就是那个提议迁都的家伙吗？这家伙生性狡诈，怎么能担任国子监祭酒呢？让他当国子监祭酒，定会败坏监生心术，万万不可！”

皇帝亲口否定，当然不能怪于谦，可是于谦不知是忘了，还是觉得无所谓，没向他解释，徐有贞便认为是于谦从中作梗，对他的痛恨几乎到了切齿的程度。

于谦却始终蒙在鼓里，不知道自己不知不觉中，已做了“背锅侠”。