建文帝这才知道他很有本事，马上把他从牢里放出来，任命他为翰林院编修，经常来他这里讨主意。建文帝还要升他为征北军事，让他领军对抗叛军，他上奏说他不愿做功臣，做一个智士就足够了。

从此以后，这个智士便跟着朝廷的军队北上作战，出了不少主意。

在徐州，朝廷军队击败了朱棣的军队。这次胜利有点侥幸，却被视为一次大捷，除了隆重庆祝，还竖碑纪念，领军诸将的名字，都刻在了碑上，程济的名字也在其中。

碑立好后，程济又做了一件“大煞风景”的事情——别人都高兴得不要不要的，他却跑到碑前去祭奠。鉴于上一次他预测成功，人们不再认为他脑子进水了，只是不明白他是什么意思。

其实，他已经预感到徐州很快就会落入朱棣之手，只是不想说出来——大家都这么高兴，他再泼冷水就太不合时宜了。

没多久，徐州果然被朱棣攻破，朝廷军队大败。

那个记功碑被朱棣看到了，他命人用铁锥锥掉碑文，锥了没几下又命令住手，让人把碑文上的人名一个个抄下来，然后挨个儿杀掉。

上了碑文的其他人都被杀掉了，唯独程济逃过一劫，因为他的名字，刚好被锥掉了。

直到那时，人们才明白程济当初为什么要去祭奠那块碑——他实际上是祭奠那些人，因为在那时，他们就已经“死”了。

也有人说，程济当初是在作法，以免除那场劫难。

但即使是神仙，也无能为力了，朱棣大军很快攻至南京。当叛军杀进金川门的时候，建文帝感到大势已去，不如一了百了。程济说，与其死掉，不如出逃。

传说建文帝带着他，一起逃离了南京。

建文帝逃走后，朱棣多次派人寻找他的下落，都无济于事，想必与程济能够预测吉凶的本事，有很大关系。