这个被袁督师黑上的总兵叫毛文龙，此人不得不说也是个传奇，早年曾经供职于李成梁帐下，后来辽东陷落，他带着二百人奇袭后金镇江守兵，竟然收复了辽东半岛数百里领土，并在海上一个叫皮岛的小岛上开始了遗世独立的出世生活。为了嘉奖他，朝廷赐其将军印、还加了总兵衔（虽然只是管几个小岛）。之所以给毛文龙这么大荣耀，是因为他的作用是很大的，皮岛北岸与后金活动范围界仅隔八十里，当辽东正面战场紧张的时候，毛总兵就可以带着他的海岛奇兵在后金屁股上时不时来一脚，再者此人作战猛悍，连孙承宗都赞叹他：“鸭江醅发，鹿岛苹开，谁是元功”。
既然都是为朱家打工的，毛总怎么就被袁督师黑上了呢？归根结底就是没文化真可怕，毛文龙属于野战出道，长年带着一队“星期五”在荒岛求生存，情商常年下线，什么人事关系、人际交往学基本不懂，也不屑于懂，史书多评价他“渐骄恣，上事多浮夸”，就是说他相当目中无人，还总虚报战功，因为岛上实在太穷，毛总时常多要几倍军饷，并利用地方资源倒卖点人参啥的，引得朝中大臣对其颇有微词。不过毛总不惧这些，冒领军饷一直在军队终是个被默认的错误，又不止他一个人这么做。他打心眼里看不起那些只会说嘴的文臣，也不在乎被告黑状，他觉得能管得了他的只有皇帝，别人都一边去——包括督师蓟辽的兵部尚书袁崇焕。
袁大人看他不爽不是一天两天了，以前官小奈何不了他，现在辽东属袁督师第一，毛文龙再扑腾也是个二等角色。让袁崇焕讨厌他具体有这么几点：一是毛文龙总是谎报战功，他除了头几年骚扰过后金几票后来就鲜有动态，如此便常常会抢袁大人的风头，给袁大人“哪都有你”的反感，比如努尔哈赤死的时候，他插了一本说，是他在后方放枪让努尔哈赤更惊恐急死的，白白分了袁大人的荣誉；二是毛文龙多年自由在外，不服管束，有这么一个刺头，袁督师的辽东队伍会不好带的；三是最重要的，毛文龙一介武夫，在碧血横飞的战场是很看不上科举出身的袁崇焕的，这就戳了死穴了，当毛还嚣张地倒人参的时候，袁大人已默默在心里记住他了。早在袁大人去辽东时，首辅钱龙锡就问过，如果毛文龙不听你的怎么办，袁大人冷静地答：“可用即用，不可用即杀之。”
崇祯二年（公元1629年），袁大人就感觉到毛文龙“不可用”了，他带着一群人直接到了毛的辖区。毛文龙看见袁崇焕前来宝岛做客，开始表现还是挺客气的，毕竟袁崇焕论品级比他要大，于是备下好多好吃的接待袁长官。袁长官起初也还算和气，亲切地问起毛文龙，出外征战这么多年，有没有想念老家杭州呢，并贴心地告诉他，杭州风景如画，空气清新，那里的条件相当不错，尤其适合养老。毛总兵越听越不是滋味，合着绕来绕去，其实是想让他卷铺盖滚蛋的意思啊，但是直接向袁长官发作也不太合适，只好半是顶撞半是隐忍地说了一句“（故乡虽好）但是我得在这里，为皇上牵制后金”。袁崇焕经过席间一番谈话，明白了毛文龙故意逆着他意思来，袁督师版的“杯酒释兵权”挑战失败，毛文龙的地位便岌岌可危。一天过后，袁崇焕借着犒赏岛兵的名义又喊来了毛文龙，毛文龙未知何故，还没等开口讲话，说时迟那时快，袁崇焕突然下令将毛文龙的官服扒掉，请出来前崇祯给他的尚方宝剑，面对着京城的方向，开始历数毛文龙十二大罪状，每条罪都很牵强，不过这不重要，重要的是袁崇焕要他死，他就必须得死。宝剑斩杀毛文龙之前，袁崇焕想让他死个明白，便大声喊出了那句足以暴露他最大弱点的话：“你道本部院是个书生，本部院却是个将首！若臣五年不能平奴，求陛下亦以诛毛文龙者诛臣。”
然后理直气壮地就把毛文龙杀了。
陛下什么反应呢？史料载“上喜”，而实际上“上”一点都不喜，只不过忍了而已。崇祯对袁崇焕无视他的意见肆意处死一个总兵的行为感到非常不满，只是当时当刻，用人要紧，袁崇焕比毛文龙有用，所以崇祯就装出高兴的样子，忍了他一时罢了，当他觉得袁崇焕的诺言实现不了的时候，便毫不犹豫满足了袁自己当年的要求，即刻“诛之”。袁崇焕杀毛之举，是他人生中的大错，毛文龙纵使骄横狂妄，喜欢贪污走私，却绝对罪不至死。对于整个辽东局势来说，毛文龙在皮岛的制约作用，是不容小觑的，有他在后方蹲着，皇太极就不敢随意出门不看后面，就算出了门也不得不一步一回头。毛文龙一死，皮岛的制衡效用大大减弱，八旗军就敢撒着欢在辽东蹦跶。袁崇焕杀毛，纯粹是为了满足狭隘的自私心，他看似霸道的一句“本部院却是个将首”，恰恰暴露了他内心的软弱，此时的袁崇焕身处高位，比以前更警觉更虚荣，他说了很多吹牛的大话，都是在掩饰内心的不足。他靠嚣张的行为，张扬自己的强大，但这种不计后果的做法也断送了他的一切。
当然也有脑洞更大的说法是，袁崇焕和皇太极秘密通信过，因为他自己五年复辽的大话吹得太大，只好寻求与皇太极议和用来拖沓，希望皇太极可以配合他的演出。而皇太极开出的条件就是，袁崇焕得帮他杀了后金多年的困扰——毛文龙。正好袁督师也看毛不顺眼，故此举是在向皇太极“践约”。之所以会有这种说法，大概是因为袁崇焕杀毛实在有点突兀，虽然万事都不敢说彻底没有可能，但是脑洞实在太大，史料里面基本找不到可以支撑的证据，仅仅靠推测似乎很难成立。最最唯一怀疑的地方是，既然是袁崇焕和皇太极约定好了，袁崇焕按约杀了毛总兵，那皇太极是许给袁崇焕什么了呢？皇太极之后的做法显然不像是在实现诺言——