魏忠贤有天启做保护伞，拥有着调用特务机构东厂和锦衣卫的高级权力，而特务机构直接对皇帝负责（一定程度上可以说对魏公公负责），是可以不通过正常的司法程序对一些谋逆之人做定点逮捕审讯的，这是杀人于神不知鬼不觉的最佳方式，魏忠贤利用特务机构大肆残害了不少东林党成员。天启五年三月，东林党人汪文言被捕入狱，理由是以他为代表的东林党成员曾经受贿捞罪犯，而负责审讯汪文言的则是当时北镇抚司指挥许显纯——魏忠贤忠诚的爪牙之一，审不审其实都不重要了，关键是魏忠贤要他死，许显纯自会想方设法满足魏公公的要求。过了不到两个月，汪文言就在狱中被活活折磨身亡，临死前还留下了珍贵的“供词”，供出了当时合谋受贿的其他东林党人。（这供词八成是魏忠贤伪造的）供词上杨涟、左光斗、顾大章、袁化中、魏大中和周朝瑞六个东林党核心人物赫然在列，魏公公堂而皇之地将其逮捕入狱，说是入狱，实际根本就没打算让他们活着出来。这几个人的名字大家应该并不陌生了，杨涟、左光斗这都是扶植新帝跟李选侍斗争时给天启那小子抬过轿子的大咖啊，他们向来秉公清正，嫉恶如仇，又因为先帝薨逝之际及时扶持天启登基有功，在朝廷中有举足轻重的地位！如今东林大势已去，几名国家肱股之臣竟在魏忠贤的迫害下，落得如此绝望境地。因为特务机构逮捕的过程暂不用移交刑部，阉党便在暗中对六人进行了非人的摧残折磨，最惨的要数骨头最硬的杨涟，他始终秉承着一身东林书院追求的浩然正气，坚持遵从本心认定的是非黑白观，至死都不向阉党低头，临终之前留下一封《狱中绝笔》：

仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何憾于天，何怨于人？唯我身副宪臣，曾受顾命，孔子云：托孤寄命，临大节而不可夺。……

大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！

涟即身无完骨，尸供蛆蚁，原所甘心

但愿国家强固，圣德刚明，海内长享太平之福。

这是何其绝望又何其畅爽的一纸自白，读来竟让人觉得如同刀绞肺腑，仿佛每一个字都能渗出鲜血来，心中已经分不清是该痛还是该恨。最后，杨涟被许显纯以钢针遍扫躯体，铜锤击胸肋骨尽碎，铁钉穿耳面目全非，身体被人用一堆沉重的土囊压得支离破碎，下葬前竟连全尸都难以凑齐。其他几人也在这般虐刑之下相继惨死，史称东林“六君子”。六君子死后，魏忠贤还没有放过他们的遗体，他丧心病狂地命令人把这六名大臣的喉骨剔出来，神气十足地望着这些曾经发声得罪过他的喉管道：“诸公别来无恙，还能上书否？”这件事发生在乙丑年，被称为“乙丑诏狱”，或东林党“前六君子”冤狱。

在六君子之后，刚过一年，又有高攀龙、周起元等七名东林党人受到迫害，除了高攀龙在提前得知即将受害的讯息后，自己投水自尽，其他几人皆和六君子惨状相似，分别在狱中被酷刑折磨而亡，这件事被称为“后七君子”冤狱，因发生在丙寅年（天启六年），所以又叫“丙寅诏狱”。天启四年到天启七年，被阉党杀害惨死的东林党人有十几位，至于其他治罪充军、降级贬谪的则不胜枚举，这还不够，为了永绝后患，魏忠贤在地方还禁止公开讲学的书院存在，断了东林党起家的老巢。在这场斗争当中，东林党以毁灭性的方式惨败了。廷臣犀利，可面对有皇帝纵容的魏忠贤，也别无他法，忠君观念的束缚让他们难以将矛头指向悲剧真正的始作俑者，依然自欺欺人是奸宦蒙蔽圣听才至如此，只好求诸神仙显灵，严惩恶人。这种悲凉的无奈在第一位被魏忠贤杖责而死的东林党人万燝的绝命诗中体现得淋漓尽致——

自古忠臣冷铁肠，寒生六月可飞霜。漫言沥胆多台谏，自许批鳞一部郎。

欲为朝堂扶日月，先从君侧逐豺狼。愿将一缕苌弘血，直上天门诉玉皇。

东林党人固然清高可贵，但行事却实在迂腐莽撞，因不屑玩弄政治艺术、鄙视工于心计者而频频陷于绝境。其实如果在政治斗争中多讲究一点变通和谋略，也不至于牺牲如此惨重。既然阉党多行不义，内部全员恶人皆为利来各谋其私，彼此之间必然很快会因利益冲突而内讧，到时只要借力打力，巧用手腕，自能见到狗咬狗的场面发生。可惜东林党人自来崇尚光明磊落，只做坦**君子，若有耍弄心机者，也会被其他人共同排挤，开除“东林党籍”，正如谢国桢先生对他们的评价：“……我们不能不佩服东林党人人格的坦白和直率，因为他们全是一伙书呆子，实在是太老实了……”。书生气不适合官场，小人更容不下书生，所以杨涟、高攀龙、左光斗等典型的东林党卫士在遇到毫无底线的魏忠贤时，就只能靠一腔热血来表达内心的悲愤，这种理想主义的英雄情怀透着一股子浓浓的傻气，实在是让人万般无奈又心疼至极。