这种祈祷显然是无效的。努尔哈赤的野心与心计要比明朝担忧的官员们估计得还要深，绝不是一般流寇草莽之辈。他一方面兼并了辽东的军队，一方面却对朱氏皇家表现出相当的尊敬恭顺，该进贡朝觐一样都不少，用温水煮青蛙的方式减弱中央政权的疑心，让忧心忡忡的文臣武将们在担心之外存有一丝“他或许也没有二心”的侥幸心理。实际上，努尔哈赤是怀着天大的志向与冤仇，最终拉着朱明江山给他的爷爷、父亲陪了葬。

契丹人曾经说：“女真兵若满万，则不可敌。”足见这个民族不可小觑的战斗力。而野心勃勃的努尔哈赤，已在自己的地盘上大练兵马，最重要的就是有全民皆兵的打算。他将女真传统的狩猎组织方式加以改造，发展成具有军事作战性质的组织形式，即以一定数量的人为单位编成一个小组，一定数量的小组再编成一个大组，以此类推，方便管理和训练。在这种管理方式之下，努尔哈赤将他所统率的辖区内所有能够作战的成年男子编成红、黄、白、黑四个旗，这就是清朝“旗制”刚确立时候的形态。

后来到了万历四十三年（公元1615年），因为努尔哈赤长期东征西战，原来统领的建州女真本部力量壮大了不少之外，又新添了被征服的哈达、辉发、乌拉三部的人马，这样一来队伍的人数膨胀了不少，原先只有四旗的容量显然不够用了。不久之后，海西女真和叶赫部的一部分势力也加入到努尔哈赤的大帐之下，四旗很快数量翻倍，努尔哈赤就将黑旗改为蓝旗，又在原本的正旗下各扩编出来一支“镶旗”，四旗数字便乘了2，成了八旗，这就是后来清朝著名的八旗军，努尔哈赤作为八旗军的最高统帅，有着绝对的军事指挥权，同时他在日常作战中还要亲自领正镶两黄旗。努尔哈赤的次子代善领正镶两红旗；第五子莽古尔泰领正蓝旗；第八子皇太极领镶白旗；长孙杜度领正白旗；其侄阿敏领镶蓝旗，按照这样的组织办法依次排开，八旗制度便成为女真军事上的独特创举，继而扩展到政治、经济、司法、部族管理等各个方面，成为女真社会最基本的组织形式，延伸到生活的基础编制上，对女真的发展、壮大具有非常深刻的影响。八旗制度不仅让女真极大程度上放大了其擅长骑射、勇猛善战的军事优势，也为这一支长久以来散漫落后的少数民族力量创造了比较科学的管理办法，正是八旗制度让努尔哈赤从一个寂寂无名的边疆小统领，一路成为威胁大明政权的强大力量，后来一直到数百年之后的清朝政权终结，八旗都是军队、贵族的象征。