最初，是关于战事最明确的判断和果断的反应。据大明一贯的“铮铮硬气”，遇到叛乱、侵袭等事件，常常最先考虑的是镇压、平息，所以从建国之初到末代亡国，大明似乎是战火不断，这也为这个坎坷多舛的王朝赢得了历史上荣耀的“无汉唐之和亲，无两宋之岁币”的口号式高度赞誉。万历显然是秉承了老朱家这一优良传统，到他怠政怠到深刻处，此君越发脾气暴躁、怒气冲冲，每每面对朝廷上“招安”“议和”等观点总是倾向于否决，皇帝的态度很快为战争赢得了主动权。这是一个决策者应有的果决。特别是在抗日援朝一战上，万历显然是做了“情面”与“安危”的双重考虑，如果因为贪图一时的安逸任由日本人胡来，历史将会怎样重写就不知道了。

其次，是在战争将帅任命上的慧眼和坚持。老话说得好“三军易得，一将难求”，万历选将的眼光还是蛮不赖的。最突出的，就是任用在宁夏之役和平壤战场都立下赫赫战功的李如松。李如松是曾经名震辽东的大将李成梁之子，将门之后，一家从戎，李如松的弟弟李如梅、李如柏等也是出色的将领，《明史》给他的描述是“少从父，谙兵机”，毫无疑问，这样家庭出来的孩子，多半是要跟随长辈走上金戈铁马的路的，李如松可谓是继承了他父亲的将帅之才，而且官二代的身份也给了他迅速拥有统兵高位的机会，这个骁勇的少年年纪轻轻便坐到了总兵的位置上，和他的父亲、兄弟一起掌握了大明国防系统最强悍的几支力量。这时候，朝廷上最善于观察和挑事的言官如约登场，他们开始喷李氏家族，手握重兵、担心其有不臣之心一旦拥兵自立后果不堪设想云云。而万历似乎一直很信任李氏父子，没有重演史上“莫须有”的冤案。在宁夏哱拜叛乱，有人推荐李如松领兵平叛时，万历毫不犹豫就答应了，还给了他陕西总兵的职位。当时朝廷一片反对之声，说万历此举无异于引狼入室，李家的势力太大了，皇上三思啊等等。皇帝大人此时却表现出了少有的坚持和强硬，冒朝堂之大不韪力挺李如松，更授予他做“提督”，给了他辽东、宣府、大同等重镇兵马随意调遣。我们猜想李将军此时的心情，该是很感动圣上这沉重的信任吧，之后便率军直赴西北，在宁夏战场踏平了骚乱的风沙尘埃，成就了一番丰功伟业。在宁夏还未打完，便接到中央将他派到东边朝鲜战场的调令，这位骁将即刻调转马头，携卷着大漠未散的烽火长烟，转战千里再赴逐倭一线，在第一阶段的大战中又立战功。他没有辜负万历的信赖，一直忠心耿耿地带兵征战，直到最后在蒙古平乱时不幸遭袭，以身殉国，他没有有辱圣上信任，没有有辱家门，一辈子都用尽全力为大明的安危战斗，最后以马革裹尸的悲壮圆满地给皇上交上一片丹心。万历这番坚持和重用，为三大征的胜利起了关键作用，不仅是李如松，还有叶梦熊、麻贵、刘綎等一干勇猛将帅，都能算是万历识人惜才的成果，这是一个领导最重要的能力，而用人不疑则是他最可贵的精神。与上述战功斐然之将相反的一干错误决策者，万历则表现出来相当的无情，比如在朝鲜战场上力主议和的兵部尚书石星，这位官员不能说怀着多么反面的心思，只是在沈惟敬的引导下努力错了方向，但是万历最后面对石星时却丝毫不顾念旧情，逐倭援朝战争以胜利告终，有人趁着万历封赏功臣心情不错，请求他将石星等“罪臣”加以宽恕，但是万历拒绝了这些请求，石星结局悲惨，在狱中孤独死去。