万历二十八年（公元1600年）五月，杨应龙带着为数不多的苗兵在最后的一处海龙囤，用滚石和木头做垂死抵抗，为了争取更多的缓冲时间，杨应龙又一次使出“必杀技”诈降，但是这一次没有那么幸运，跌倒过多次的明军识破了他的诡计，对海龙囤发起总攻。最后的日子里，八路明军总计二十多万终于胜利会师，威风凛凛地围在城下，给杨应龙做了一场隆重的送别会。杨应龙看着大势已去，手中的刀无力垂下，哀声与妻妾道，以后我就不能再照顾你们了……这人到最后应该是追悔莫及了吧，因为他的折腾，上万士兵战死，他自己也落了个走投无路的结局，如果这一切重来，他做人收敛些、做事谨慎些，也许一辈子都还是风景如画的川黔地界上一个幸福的小土司，守着祖先世代的封荫显赫一方。

想归想，面前的事实是，刘綎已率军攻破最后的防线，杨应龙本想背水一战，招募敢死队突破重围，但是不管他提出多高的酬金，都没有人应战了，杨应龙别无选择，在明军冲到眼前之前与他放不下的宝贝妻妾一同自杀了。

播州之役宣告结束，明军大胜，世世代代盘踞在播州的杨氏一族盛势随着杨应龙叛乱失败而宣告终结。万历下令将已经自杀的杨应龙挫骨扬灰，长子杨朝栋、兄弟杨兆龙在集市大卸八块，以儆效尤。次年正月，万历又正式将平叛全胜的结果昭告天下，他头也不晕了，脚也不疼了，比起抗日之后“虽强必戮”的威武魄力，这次内部平乱就显得万历是在纯属享受这种淡然冷笑贼子的感觉。不过也许对于作为大明天子万历来说，日本丰臣政权，和贵州小土司犯上作乱没什么大区别，弃义小国，乱臣贼子，一律必诛。

而杨应龙的叛乱，让明政府意识到了土司们世袭权力的隐患，更加认真重视地进行了历史上著名的“改土归流”之措，最终在后来的清朝完成大规模统一，以加强中央对地方的控制。杨氏一族盘踞的播州，被一分为二，划为川贵管辖，土地分配和赋税制度也随之改变，而曾经与杨应龙恩怨交织的其他家族，则受到比较良好的安抚，播州一带隐患重重的关隘被挨个拔掉，叛乱之火彻底熄灭了。

万历三大征讲完了，平杨应龙叛乱三月余，耗银四百万。再加上之前耗费在宁夏和朝鲜的，万历花了千万余银激扬国威，横扫西北、东北、西南，爽得连怠政都顾不上了，他参加了每一场战争胜利的庆功大会，似乎是在以实际行动，向否定过他的天下示威。