锦衣卫在纪纲统领后期的种种表现使得朱棣也开始不相信锦衣卫了，并且锦衣卫设在宫外，一方面使用起来不太方便，另一方面也不能及时了解其内部的动态，很有可能就会出现第二个纪纲。这时朱棣便想起自己身边的太监来了，在靖难之役中这些太监也是发挥过作用，立过功的，并且要不是他们通风报信，靖难之役还不会这么快结束，并且最终鹿死谁手还不一定呢。同时，这些人就在自己身边，联系控制他们也很方便，加上太监嘛，刑余之人，在朱棣看来一般来说也没什么野心。于是，朱棣在永乐十八年（公元1420年）正式成立东厂（全称为东缉事厂），其最高长官为钦差掌印太监，全称职衔为：钦差总督东厂官校办事太监，简称提督东厂，尊称为“厂公”或“督主”。起初，最高长官一职由司礼监掌印太监兼任，之后则由司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等”，但是和锦衣卫相比，东厂只能够抓人不能够审讯，其抓到的人要交由锦衣卫的诏狱进行审讯。

事实上，朱棣设立东厂的最初目的只是监督，是为了防止锦衣卫抓到犯人之后徇私舞弊，所以特设东厂来制衡锦衣卫。但后来随着皇帝的信任倾斜，东厂的权势反而超过了锦衣卫。锦衣卫最重要的一项功能就是监视各级大臣，而东厂的监视程度超过了锦衣卫。举个例子，胡濙当初被朱棣派出去寻找建文帝的下落，但每当他在外奔波时，他的身后，始终另外有人悄悄地跟踪和监视。一次，有一个其他民族的酋长希望用他的樱桃和胡濙换书。胡濙爽快地将书送给酋长，却没有接受酋长的樱桃。等胡濙回京汇报工作时，朱棣突然问道：“樱桃是小东西，路上也可以解渴，你为什么不接受呢？”胡濙立即明白，自己原来一直是被全程监控，不由得暗暗吃惊。不只是胡濙，朝廷中的大小官员也都会受到严密监控。即便是出门搜集情报的锦衣卫，也会受到多方“关照”。“关照”他们的人，则是宦官。

此外在永乐朝还形成了独特的厂卫关系。东厂的属官没有专职人员，其中有不少都是从锦衣卫招聘过来的。但并不是所有的锦衣卫都可以被东厂招收，而是要经过非常严格的选拔。选哪些人呢，东厂有个非常独特的标准：只选那些狡黠和乖巧的士卒，不要那些老实巴交的人。其中道理也很简单：如果不够狡黠，便没办法完成各种特殊任务；如果不够乖巧，就不能充分领会太监意图。另一方面东厂和锦衣卫都是强权部门，一旦发生紧急事件需要合作，由谁来领导谁也是一个问题，对此朱棣的做法是用没有军权的东厂来监控拥有一定军权的锦衣卫，这样可以在一定程度上避免纪纲这样的威权人物重新出现。而且虽然是由东厂主导，但是东厂的队伍中充斥着大量的锦衣卫，这也可以起到互相监督的作用，防止某一家机构独大。

总之，锦衣卫和东厂设立的根本目的就是明朝统治者为了加强皇权并且巩固自己的统治，而东厂锦衣卫的设立也的确实现了这一目标。虽然随着后期的发展，东厂锦衣卫的权势越发增强，但却始终在皇权的控制之下，其权力的大小和最高长官的任免完全取决于皇帝的个人喜好。事实上，锦衣卫东厂的设立正反映了这一时期皇权的衰弱，以至于必须依靠特殊机构才能加强皇权，维护皇权至高无上的地位。