长此以往下去锦衣卫很有可能会被彻底废除，从而退出政治舞台。但是，谁也没有想到一场“靖难之役”打下来，燕王朱棣成功以藩王的身份成功登上大宝。朱棣这个皇位比他爹朱元璋坐得还不踏实。当时，宫中一场大火，建文帝不知下落，生死未卜，时不时还会出现建文帝某地出现的消息，朱棣总担心他人会拥戴建文帝（即使是名义上的）起兵造反，撼动他的江山。另一方面原来的建文旧臣仍然心怀故主，很多人质疑朱棣皇位的合法性、正统性，这些旧臣明面上虽然没有像方孝孺那样激烈地反抗，但是会在暗中与朱棣较劲。

一开始，朱棣对建文旧臣是采取了“瓜蔓抄”式的诛杀，但是后来他发现再这样诛杀下去，会面临无人可用的境地。因为朱棣兴起于北平，根基在北，而且府中的有才之士并不多，根本无法弥补官位的缺失。这样一来，明成祖必须得妥善处理建文旧臣，处理好两者的关系，而且得尽快。想来想去，明成祖决定改变用人策略，他觉得重用建文旧臣，一可以缓解官位人员的缺失，二则是可以收买人心，争取其他建文旧臣的支持，稳定朝局。但是，人心难测，难免有官员会有异心。到时候，被重用的若是有异心之人，就会对政局造成负面影响，危及皇权。如果不想让这样的威胁存在的，就必须采取一些切切实实的措施来监控旧臣，规范其行为。

在这种情况下，朱棣决定再次让锦衣卫活动起来。不仅恢复了锦衣卫内的诏狱，而且在锦衣卫内增设北镇抚司，原来的镇抚司改称为南镇抚司。其中北镇抚司专门负责受理钦案，旗下还掌管着令人闻之色变的诏狱。北镇抚司可以在自认为有必要的情况下逮捕任何嫌疑对象，并可在诏狱中对其进行不公开的审讯，三法司（刑部、大理寺、都察院）均无权过问，所以锦衣卫中真正有权的部门就是北镇抚司。而南镇抚司负责锦衣卫内部法纪，没多少抛头露脸的机会，因此所以无论小说还是电视剧，一般都不会提到南镇抚司。由于有朱棣的支持，重新设立的锦衣卫功能十分强大，不仅调查文武百官和普通百姓，连皇室成员也不能幸免。比如朱棣曾安排锦衣卫暗中监视他的异母弟弟宁王朱权和他的长子朱高炽。管理的事情多，人员编制自然就多了，按照标准编制，明朝一个卫应该有5600人，下辖5个由1120人组成的所。可是锦衣卫在巅峰时期下辖17个所，人数将近20000。

由于锦衣卫的权力没能得到有效制约，所以很快又出现滥用权力的情况。朱棣即位任命的锦衣卫指挥使（锦衣卫的最高长官）是纪纲，在最初纪纲的确为朱棣抛头颅洒热血，并且特别能领会朱棣的意思，对于朱棣不喜欢的大臣绝对不会让他们活着离开锦衣卫的诏狱。虽然纪纲起初所做的种种事迹对于朱棣巩固皇位的确起到了很好的帮助，但是随着时间的流逝纪纲也开始产生自己的野心，开始借着维护皇权的名义干一些危害皇权的事情。于是在这种情况下，朱棣果断对锦衣卫进行了一次清洗。永乐十四年（公元1416年）一名与纪纲有仇的太监向朱棣揭发纪纲的罪行，称其欲图谋不轨。

朱棣当即下令有关部门要严厉彻查此事。有关部门当天就向朱棣上报审查情况，最终朱棣做出裁定，纪纲凌迟处死，其全家老小全部发配戍边，他的党羽锦衣卫指挥庄敬、袁江和锦衣卫千户王谦、李春等人有的被诛杀，有的被发配。事实上，所谓的太监举报很有可能就是朱棣一手安排的，因为史书中对于纪纲与举报他的太监到底有何仇恨和到底怎样结下来的仇恨，根本提都没提，只是写了一句“内侍仇纲者发其罪”。并且以当时纪纲的权势和朱棣表现出来对他的信任，仅凭一个太监的告发就能让其倒台，还是难以令人信服的。除非朱棣此时已经打算对锦衣卫进行清洗，所以故意安排一个太监进行告发。