首先是地理位置因素。中国古代在考虑一个地方能不能成为国都的时候，首先要看的就是它的地理位置，正所谓“自古建邦之国，先取地理之形势”。南京虽然有着长江这个“天险”作为防守屏障，但是东吴、东晋、南朝时期的宋齐梁陈、五代南唐、南宋等以它们惨痛的历史经验告诉后世，长江这个“天险”是可以攻克的。更要命的是，一旦长江失手，南京就再也没有任何可以用来防卫的屏障了，就像砧板上的鱼一样，任人宰割。
除此之外，从整体的地理位置来看，南京偏居中国的东南。要知道，在古代宣传的是“王者受命创制建国，立都必居中土”，这也就是为什么每个朝代在建都时洛阳都是重点关注对象，洛阳位于中原居天下之中，从地理上来说便于控制全国，所以在这一点上，南京又不符合了，它的辐射范围局限在东南一带，而明朝疆域广阔，往北南京就有点力不从心了。而且南京的城市布局也不是特别好，比如南京的皇宫是凭借填湖造陆建起来的，这就导致皇宫的地基不平，出现了“前高后低”的格局。这一点又犯了忌讳了，因为古人信奉的是“圣人之处国者，必于不倾之地”，也就是说皇帝居住的皇宫必须是一眼望过去平平整整、不高不低的。但是反观北京就不一样了，其“环沧海以为池，拥太行以为险，枕居庸而居中以制外，襟河济而举重以驭轻，东西贡道来万国之朝宗，西北诸关壮九边之雉碟，万年强御，百世治安。”
可以说在地理位置上，北京确实超过了南京，北京不仅西北东三面环山，同时还拥有居庸关，做到了有险可守，有关可拒。但北京不会太偏北了吗？其实不会，因为北京还有个优点就是靠近港口（天津），能够做到既方便和西边各国交往又方便和东边各国交往，并且还能节省招待东西各国使者的花费，最起码在路程上就少了一大半。
其实早在明太祖朱元璋时期，朱元璋就有点看不上南京了，之前朱元璋定都南京是因为北中国还在元朝手中，但随着北伐的胜利、全国统一，朱元璋也意识到了南京的弊端，因而一直在考虑迁都的问题。当时的备选方案有三个，第一个是西安，也就是古代的长安，长安的优点自不必说了，这里地势险要，并且在这里建都的王朝在中国历史上都是较为强盛的王朝，比如汉朝和唐朝，文化底蕴也是十足啊。为此，朱元璋专门派太子朱标前去考察，但是最终考察结果是由于常年水土流失，供养不起首都庞大的人口，容易造成粮食短缺（这是长安无法解决的一个难题，在唐朝时皇帝就经常因为长安粮食短缺而率领文武百官去洛阳“就食”，所谓“就食”就是到粮食多的地方去谋生），长安的优点是地势险要，但它的缺点也是地势险要，由于地理因素，交通十分不便，很难将粮食运进去，退一步讲就是运进去，花费都是巨大的。并且以大明的版图来看，长安的地理位置就比较偏处西北，既然因为南京偏处东南才想要迁都，那为什么要费劲迁都长安呢，所以这个提议被淘汰了。
第二个是洛阳，还是太子朱标前去考察的，不过此次朱标对洛阳比较满意，考察完后就把考察报告上交给了朱元璋，还对朱元璋做了详细论述，列举了迁都洛阳的理由，似乎大明马上就要迁都洛阳了，但是“人算不如天算”，朱标考察完洛阳没多久就因病去世了，迁都洛阳的动议因此也被搁置。
第三个就是北平了，但是翰林修撰鲍频公开表示反对，其反对理由是北平连续成为辽、金、元三代的首都，这里的王气早已经消耗殆尽了，定都在这里会造成国家根基不稳，古人都是比较信这个的，加上朱元璋虽然想迁都但是并不想去那么远，所以北平也就被淘汰了。讲到这里，可能有人要问，那么朱棣不担心北平的王气消耗完了吗？这就要涉及上面的“龙兴之地”了，既然朱棣能够在北平起事并顺利夺取皇位，这就表明北平的王气还是很多的，是可以当国都的，至少对朱棣来说这是个福地。
清朝学者赵翼就主张，唐代以后，王气就开始由西边向东北方向移动。朱元璋虽然后来还想过迁都，但是随着年龄的增长其自身已经没有太大的精力来统筹这件事了，况且此时天下刚稳定下来，他也不想劳民伤财，渐渐也就放弃了这个想法，太子朱标的去世更使朱元璋彻底断掉了迁都的念头，迁都就只好由后代君主来完成了。
第二是军事因素。自秦始皇以来，中央集权就是历朝历代首选的政治制度。而中央集权背景下的首都对周边地区往往具有最强大的控制能力！因此，历代首都往往距离最需要控制的地方不远，这样方便及时应对外部威胁。汉唐时期，中国最大的外部威胁来自北方的游牧民族。比如汉唐时期，游牧民族的主要活动范围在西北地区，所以定都长安有利于控制西北地区。而东汉定都洛阳，对西北地区的控制力就会显著下降，因而东汉后期西北的羌族多次起义，东汉政府与叛军反复拉锯，消耗了东汉的国力。
北宋最大的外部威胁来自契丹，所以宋朝为了控制河北地区，也为了方便日后北上对辽作战，就将都城定在了开封。不过宋军因为重文轻武的体制导致军队战斗力孱弱，未能达到既定目标，实在可惜。
明朝最大的外部威胁来自哪里？自然是北元残余势力，而这就凸显出北平在军事上的重要地位了。当年徐达率领大军直取元大都，大军开拔之前，徐达曾上书朱元璋问道：“如果元都攻克，但元帝向北边跑了，我们要不要追击？”以徐达当时的兵力和士气来说，追是可以追的。结果不知道朱元璋怎么回事，突然爆发了仁义之心，特别认真地告诉徐达：“元朝的国运已经衰落了，将会自行灭绝，不需要我们出兵，把他们赶到塞外后，固守边地，防止他们攻扰就行了。”这就直接导致元朝虽然被消灭了，但是残余势力还十分强大，号称“引弓之士，不下百万众也；归附之部落，不下数千里也。资装铠仗，尚赖而用也；驼马牛羊，尚全而有也”。
如此强大的军事势力必然会对明朝边地造成巨大压力，事实也正是如此，北元残余势力时不时就来骚扰一下边地，这个时候为了应付北元的残余势力，北平的军事地位开始直线上升，北平作为明初的九边重镇之一，可以凭借居庸关和山海关作为自己的东西方门户，顺利地实现防御蒙古，巩固边境的目的。所以在明太祖朱元璋时，北平的军事地位就一直深受重视，其驻兵达十几万，之后大明经常派大将率领大军北伐北元残余势力，而每次讨伐出兵都是以北平为军事基地，同时明朝开国大将中有很多大将都曾镇守北平以抗击北元残余势力，这便显示了北平军事位置的重要性。
洪武中期，朱元璋大封诸王以为国家镇守边地，当时被分封在北部边地的除了燕王（治北平）之外，还有秦王（治西安）、晋王（治太原）、代王（治大同）、辽王（治广宁）、谷王（治宣府）、宁王（治大宁）。这些边塞亲王都有着较大的军事权力，朱棣凭借“靖难之役”以边塞亲王身份起兵夺得王位，因此他十分担心其他边塞亲王也会效仿他的行为，起兵争夺王位，所以其即位后继续推行削藩政策，将边塞亲王军权全部解除，这就导致北部边地边防力量受到极大的削弱，此时一旦北元残余势力再次入侵，朱棣在南京遥控指挥相关事宜无疑会影响战局的进行，正所谓“若金陵则僻在东南，不足控驭西北”，万一有什么紧急情况就来不及了。在这种情况下，北平在军事上的进可攻，退可守就显得更加重要了。
但是北平在军事位置上也是有其不利的一面，其不利的一面就是和北方民族太过于接近，这就需要明朝必须拥有强大的军事实力。固然，当年朱棣迁都时国家实力雄厚，主动权还掌握在大明手中，所以朱棣会时不时带着几十万人马去蒙古草原转悠转悠，打击北元残余势力，教鞑靼、瓦剌、兀良哈好好做人、认清现实，在这种情况下建都北平无疑有利于大明的对外进攻。但是，朱棣没有想到自己的儿子（明仁宗朱高炽）和孙子（明宣宗朱瞻基）还是可以的，在他们在位时大明仍笑傲群雄。但可惜的是这两位都是短命的主，加起来在位时间还不到十一年。
等朱棣的重孙也就是明英宗朱祁镇继位后，在他的统治下大明朝开始江河日下，而北京也就从这时起失去了进攻的目的，相反草原民族倒是经常打到北京城下，为了防御敌人来攻，北京长期保持着庞大的军队，而军队是不从事生产的，这对城市来说无疑是一种压力。所以明末清初的大儒黄宗羲就在其著作《明夷待访录》里面抨击对朱棣迁都北京的不满，其列出的反对理由便有一条是“上下精神敝于寇至，日以失天下为事，而礼乐政教犹足观乎！”并且这个理由还放在了众多反对理由的最前列，属于重中之重。在黄宗羲看来，朱棣迁都北京就使得大明朝君臣上下时刻都在担心警戒敌人的进攻，每天都在提防着天下会不会丢失，从而忽略了文化建设，导致大明礼乐政教的落后。并且黄宗羲还指出皇帝的职责本来是治理天下，保证百姓安居乐业，像守卫国门这种事本来就是该交给武将干的，朱棣倒好自己迁都北平，这就等于一个家庭的主人去代替家里面的仆人去守门一样，本末倒置了。
那么黄宗羲的观点对不对呢？应该说他看到了一些问题，但看得并不全面。事实上，黄宗羲只看到了朱棣迁都北京，而北京又离敌人太近的威胁，却没有看到其积极的一面。的确，我们承认迁都北京导致了京师多次被外族包围，闹得京城人心惶惶，但是纵观明朝一代历史，有哪个外族在包围京师之后能把京师给打下来呢？
“天子守国门”不仅能激发守城将士的士气，极大地提升其战斗力，也能使得君臣上下一心团结抗敌。此外，在中国古代，都城算是修筑最坚固的城池了，并且驻扎有大量部队。这样在北方他族攻入时，明朝以都城迎敌，将敌人死死地阻挡在京都一代，并且在阻挡的同时又召集天下勤王之师汇集北京，在这种情况下，历次围困北京城的他族军队只能在京师周边地区进行洗劫并且很快就退兵返回塞外，无法深入明朝内地。如果还是把京都设在南京，那么中央对北方的控制力度将会大大削弱，以明朝中后期军队战斗力的表现，北方很可能守不住，到时候将会再一次造成南北分裂。
第三是政治因素。从政治上看，朱元璋的开国班子中大多是淮西人，他们的根据地在淮西，所以并没有选择把都城建在北方，虽然朱元璋曾经有想过将首都定在凤阳，但淮西这个地方没什么像样的大城市，又无险可守，在这里建都实在不是好主意，因而最后决定了南京，其实从地理上来讲南京和淮西离得很近，我们都知道今天南京对安徽的部分城市都有很强的辐射能力。但是朱棣不一样，朱棣的龙兴之地在北平，朱棣的统治集团多是朱棣在北平做燕王的时候的幕僚，朱棣“靖难”成功之后所封的功臣将士们大都是和朱棣一起在北平举事的人员，他们的基础力量基本上都在北方，如果仍以南京为都城的话，那么他们就需要重新在南京置办产业，夯实基础，无疑会劳神费力。这些功臣巴不得赶快回到北平去，他们的人脉关系都在北平啊，现在在外地人生地不熟的，正所谓“富贵不还乡，如锦衣夜行”。
因此，从现实和心理出发，朱棣的这些功臣将士也希望朱棣可以迁都北京，这些功臣整日在朱棣左右影响着朱棣，即使从安抚角度来看，迁都北京也是一个明智之举。此外朱元璋当初在北方封了好几位手握重兵的藩王，这些藩王个个都实力不凡，虽然靖难之役中有几个藩王被斗垮了，但剩下的那几个是不是就能从此服了朱棣，这很难说，保不齐就有第二次靖难，而南京距离北方实在太远了，如果不能及时得知战事，那么情况就可能有变，因而为了有效控制这些藩王，避免再出现第二个朱棣，迁都北京是一个很好的选择。
除此之外，朱棣在“靖难之役”结束后，对支持建文帝的江南士大夫和江南地主集团进行了血腥的镇压和清洗，屠杀虽然起到了震慑作用，但是这一做法也失去了南方民众的拥戴，使得江南士大夫和江南地主集团对于朱棣抱有很大的敌意。朱元璋在位时对江南士大夫和江南地主集团一直是种种压制，比如对江南地区征收重税，严禁苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范这些出身于富庶地区的人士借机把持财政，偏私家乡。
而这些政策都被朱允炆废除了，但是，朱棣在位又有果断恢复了其父朱元璋在位时种种压制江南地区的措施。两相一对比使得江南士大夫和江南地主集团更加怀念自己的旧主建文帝了，再加上建文帝下落不明，朝野汹汹。如果继续定都南京，处于江南士大夫和江南地主集团的包围之中，对于朱棣来说绝对不是什么良好的体验，而迁都北平则可以摆脱他们的包围，同时可以继续加强对他们的压制，而北平成为都城后势必会取代南京成为大明朝新的政治中心和军事中心，这些江南士大夫和江南地主集团就算想搞什么事情，也终究是“秀才造反，十年不成”。
第四是宣传因素。要知道，当初朱棣起兵反对自己的侄子建文帝时，所列的起兵理由就有建文帝信任“奸臣”，更改祖制。朱棣成功夺得皇位之后，为了表示自己起兵的目的真的是为了恢复祖训，还下令将建文帝所修改的一切太祖皇帝制定的成法和官制全部恢复原样，建文帝在位时颁布的法令中如果有与太祖皇帝颁布法令冲突的，则全部废除以太祖皇帝的法令为主。
具体到迁都来说，迁都北平也是太祖皇帝生前所考虑过的一个选项，这时朱棣迁都北平也是表明自己是继承太祖皇帝遗志的举动，也再次表明自己行动的正当性，是为了恢复祖训。同时，这一点也使得朱棣站在了道德的制高点，可以凭此堵住朝中大臣的悠悠之口，省得他们再作妖反对自己迁都。正所谓“吾朝迁都北京，虽成祖弘规远略，然本太祖之意也。”
第五是心理因素。朱棣迁都北平这一举措，也是其心中志向的反映，相对于仅仅防御北元残余势力而言，朱棣心里更想实现的是其“威制万方”“君主华夷”“控四夷创天下”的志向。其以北京为中心，就是想实现“北穷沙漠，南极溟海，东西抵日出没之处，凡舟车可至者，无所不屈”的盛况，真正地做到世界各国都来臣服在大明的脚下。
要知道，朱棣是元末明初人，其封地又在元朝的故都，对于当年元朝凌驾诸国之上，囊括一切的盛世应早有耳闻，其内心也想像当年大元一样建立一个举世无双的大帝国。也正因此，他更加重视北平的中心位置，定都于此既能统治广大汉族人民占据的中原和南方地区，又能统治广大他族所占据的北方地区。当然，除了朱棣这种英雄远见外，朱棣心中还是有自己的小九九的。因为不论朱棣再怎么宣传自己即位的合法性和合理性，但他终极是以叔叔的身份夺了自己侄子的皇位，终究是违背了其父太祖皇帝的遗志。所以当他在面对祖宗陵寝和太祖皇帝的神位时总是心中有愧。
如果朱元璋地下有灵的话，看到自己定下的合法皇帝被自己的儿子给推翻了，以朱元璋的暴脾气，等和朱棣在地下见面后绝对会狠狠地揍朱棣一顿，甚至这都是轻的。朱棣本人也是知道自己父亲的暴脾气的，再加上南京的皇位和皇宫都是自己父亲和侄子坐过和住过的地方，本来朱棣就心中有愧，如今每天睁眼看到的都是自己最不想想起的人用的东西，朱棣的心里得有多硌硬，可想而知。而且如果一直定都在南京，那么就代表着他死后也要葬在南京，并且不出意外的话就会葬在朱元璋陵墓的旁边，这无疑更是朱棣难以接受的。
古人缺少唯物主义思想，对鬼神特别敬仰，朱棣虽然是一位雄才大略的君主，但是他终究还是个人，还是有自己害怕的东西，他最害怕的可能就是死后朱元璋对他的愤怒。也正因此，朱棣在位时经常请僧人入宫大作法事，希望能够为朱元璋和马皇后祈福，他的目的可能是希望通过这种方式祈求太祖皇帝朱元璋和马皇后的原谅。除此之外，还有御史景清想在早朝时行刺成祖，结果被当场搜查出利器，朱棣一怒之下，下诏将景清“磔死”，并“族之”。但是做完这一切后，朱棣有天白天做梦竟然梦到景清了，并且景清在梦里对自己破口大骂。朱棣从梦中惊醒后，便怀疑景清化成厉鬼找自己报仇了，内心十分不安，更加不愿意再待在南京了。