建文元年（公元1399年）六月，燕王军队中的一名百户倪谅告发燕王谋反，齐泰将燕王使者邓庸下狱，大刑之下，邓庸招认燕王有谋反的行为。齐泰立即下令张昺逮捕了燕国护卫中的军官于谅、周铎，并处死了他们。朱允炆下诏严厉斥责燕王，并派太监来到北平，逮捕了燕王府的僚属。齐泰给张信写密信要他逮捕燕王，不料张信早已投降朱棣，成为他的心腹。朱棣得信后，放出消息称自己病已非常严重，随时可能死去，暗地里却加强了起兵的准备。七月，燕王朱棣令张玉、朱能引八百死士隐匿在端礼门，诱骗张昺、谢贵入门后，一举将二人擒杀。

随后，张玉、朱能引八百死士趁夜攻击北平九个城门的城防守军。守军无人指挥，乱成一团，很快被张玉、朱能率领的死士突破了防守。而朱棣在北平掌军已久，士兵们素来服其威望，故纷纷放下武器，投降燕军，战斗显得并不激烈。朱棣兵不血刃轻而易举地占领了九门，北平落入燕王之手。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等大批官吏投降，不肯臣服于朱棣的长史葛诚、指挥卢振、教授余逢辰等被当场处死。指挥马宣逃往蓟州，俞瑱逃到居庸关，宋忠正在前往北平的路上，听说北平燕王叛乱后退保怀来。

朱棣上书天子，指齐泰、黄子澄为奸臣，奏书中引用《皇明祖训》说：“朝中没正直的大臣，尽是奸恶之辈，燕王训练兵士以待天命，接到天子密诏，将率诸王讨平天子身边的奸佞，以清君侧！”奏书发出之日，朱棣就自己任命官署官员，誓师起兵，并将此次出师称为“靖难”。燕兵一出，不到二十天相继攻陷蓟州、居庸关、怀来、遵化。马宣、宋忠、俞瑱、彭聚、孙泰等守将战死，通州、遵化、密云和永平的守将投降，至此，燕军兵力已经达到数万人。一场历时四年的“靖难之役”，慢慢拉开了序幕。