事实上，建文帝“自焚而死”的说法是朱棣自己认定的，并且自此以后有明一代的官方史书基本上都采取这一说法，按理来说既然官方都给建文帝的下场定调了，至少在上层就不该再出现其他杂音了，就算有也只能是从下层升斗小民中传出坊间消息才对。但其实不然，早在永乐皇帝还活着的时候，朝中就有人站出来公然反对建文帝自焚而死的这种说法，并且这个人地位还不低，是大明众位藩王中的一位，可以说是位高权重。这个人是谁呢？不是别人，正是当年做了二五仔，和“战神”李景隆一块打开城门放朱棣进城的谷王朱橞。
永乐十五年（公元1417年），谷王朱橞试图发动叛乱，但是当年朱橞曾经背叛过建文帝，现在又要背叛朱棣，一叛再叛这在道义上说出去太难听了，虽然吴三桂要在这之后400年才出生，但是朱橞这样做的行为跟吴三桂是一样的。吴三桂起兵是找了理由的，所以朱橞也准备找个理由证明自己不是反复无常的小人，要不然谁能跟着他混，这时他想到了当年被他抛弃的建文帝，朱橞在叛乱之前曾公开放出消息来，宣称他当初打开金川门不是为了迎朱棣进城，恰恰相反他是想趁乱放建文帝出城，如今自己反叛也不是想自己做皇帝，而是想帮助朱允炆复辟。
谷王说这话主要是想表达两个意思，一是朱橞是一个忠臣，一直忠于建文帝的；第二就是建文帝当时还活着，要是建文帝已经死了，朱橞还怎么拥立他复辟啊。瞧瞧谷王这话说得多有水平，其实要不是他，建文帝当年还能再坚持一会儿的，现在他又把自己包装成一个大忠臣了。考虑到朱橞是在叛乱时说的这番话，所以存在利用舆论为自己洗刷罪名，并为自己的二次造反塑造合理性合法性的可能。当然谷王的军事能力实在是差得很，所以他的叛乱还没成型就被朱棣给镇压了，但是无风不起浪啊，朱橞的一番话还是引起了朝野内外的争议，也反映出当时人们对于官方说法就已经有所怀疑，如果全国上下都坚定地相信建文帝已经死了，朱橞编出这么一段瞎话是一点市场都没有的。事实上谷王的这番言论正是受到民间小道消息影响的结果，当时在民间和士人心中不愿意相信建文帝已经死了，他们更愿意相信建文帝没有自焚而死，而是借助皇宫火灾逃走了，而一些忠于建文帝的人士也故意在民间散布这样的消息，希望能动摇朱棣的皇位，正是因为建文帝未死的结局在民间很有市场，所以朱橞才打出这么一面旗帜。
到了明朝中后期，建文帝当年没有死的说法愈演愈烈，更是出现了两本专门讲述建文帝借火灾逃遁，继而云游全国各地的奇书。一本叫《致身录》，据说这本书的作者史仲彬曾多次接济流亡民间的建文帝；另一本叫《从亡随笔》，这本书的作者程济更是了不得，史仲彬只是曾经接济过建文帝，而程济则是直接参与了建文帝的流亡旅程，一直侍奉在建文帝左右。如果这两本书的记载无误的话，建文帝借皇宫火灾出走一事已经是板上钉钉的了，但是关于这两本书的真实性其实从明朝就一直有争议，像钱谦益、潘柽章等学者坚持认定这两本书是“伪书”，就是明朝中期的一些书商为了猎奇，炮制出来的；但陈继儒、胡汝亨、文震孟、张岱、钱士升却坚持认为这是“真本”。
这个争论到现在都没有个结果，因为要证明这两本书是“伪书”，其重要的前提是先得证明建文帝已经在皇宫大火中丧身，那这两本书便不攻自破；而如果要证明这两本书是真的，那还是得先证明建文帝没有在皇宫大火中丧身。在两种前提的影响下，使得双方的论证都给人一种“骑驴找驴”的感觉。但是从这两本书的出现及流传可以看出，当时的人们更愿意相信建文帝是借火灾出逃了，而且人数不在少数，都能出书发行了，相当有市场。
并且这种看法甚至都影响到了大明朝的最高统治者，据《明神宗实录》记载，万历皇帝曾询问张居正有关建文帝下落一事，可见这时的皇帝自己已经不太相信官方的记载了，而作为大明朝首辅的张居正也没有采用官方说法，而是回答万历皇帝，这种事国史没有记载（国史明明记载建文帝是自焚而死），然而听一些老人说建文帝在城破之时伪装成僧人逃出去了，此后不知所踪。由此可见，张居正也比较偏向建文帝未丧身火海，而是出走避难，同样也可看出明朝的官方其实也不能确认建文帝的下落，要不然如果官方有确凿记载万历皇帝不至于问张居正。
有时候时间越久，历史反而更加详细，前面提到的两本书只是说建文帝出逃了，而到了这个时候建文帝不光是逃跑了，而是化装成僧人出逃的，这就跟后世流传的传说很像了。当然后来建文帝没死的事传得越来越神，乃至于说朱元璋在世之时就算定孙子有此一难，特地留下锦囊，让建文帝化装成僧人，甚至连建文帝的逃跑路线都安排妥当，这就属于瞎扯淡了，朱元璋要是能有这预言能力，肯定会直接砍了胆大包天的朱棣或者嘴强草包的朱允炆，省得闹心。等到了清朝编撰《明史》的时候，更是不确定建文帝具体是哪种下场了，明朝官方的记载和民间传说似乎都不那么可靠，于是就直接来了个“宫中火起，帝不知所终”的判断。至此，建文帝的下落就彻底成了一个历史谜案。
通过上面的描述，我们可以看出尽管有明一代官方坚持建文帝死于火灾，但是民间人士和士大夫们对此种说法则不以为然，甚至最后连大明朝的最高统治者都开始怀疑了。其实建文帝或许没有死于火灾，而朱棣本人也很有可能知道这个事实，说实话最后从火堆中抢救出来的尸体都烧焦了，谁能确定那就是建文帝，当年也没有DNA鉴定，但是朱棣仍然坚持宣称建文帝死于火灾，并对抢救出来的尸骨进行厚葬，其实更多的是出于政治目的。就是为了掩人耳目、“绝天下人望”，毕竟如果正牌皇帝没死的消息传出去，指不定哪个藩王就打着建文帝的旗帜再来一场靖难了，而这是朱棣不能接受的，因此无论朱允炆死没死，对朱棣来说并不重要，他要的是一个死透了的朱允炆，这样看来焦尸反而更符合朱棣的需要，都烧的辨认不出是谁了，谁能说他不是建文帝，只要朱棣说他是建文帝，那他就是建文帝。朱棣为建文帝发丧的行为确实起到了效果，当时各省为对付燕王而招募的士兵在得知其厚葬建文帝的消息后纷纷自行解散，使得朱棣登基并没有触发新的战争。
然而如果焦尸不是建文帝的话，那朱棣厚葬的又是谁？焦尸很有可能是建文帝的皇后，大明朝第二位马皇后，史书记载朱棣攻入南京城的时候马皇后是自焚而死的，同样有明确记录，然而史书却没有提及朱棣对这位死去的侄媳妇的后续处理措施，这是很不合常理的。要知道建文帝的生母吕氏在建文帝在位时被尊为皇太后，朱棣即位后为了法统自然不能承认这个“伪太后”了，所以特地将其改封为皇嫂懿文太子妃，并安排其住到懿文太子陵旁边，为太子守陵。同样是“自焚”而死的建文帝也得到了朱棣的厚葬了，马皇后毕竟曾经当过皇后，是朱允炆的原配，那么相应的马皇后也应该得到厚葬，而且按照礼制来说应该跟建文帝合葬在一起。
但是有关这一时期的任何史料都没有记载马皇后最后跟建文帝合葬，甚至连马皇后是否得到了安葬都没有提及。对了，几百年后的《明史》倒是提到马皇后跟建文帝一块合葬了，但是《明史》中前面还说建文帝“不知所终”，后面就又说把马皇后和建文帝合葬了，这种自相矛盾的言论难以让人信服。而在《明史·后妃传》中提到马皇后时只是说她死在火灾中，后续的故事只字未提。明末清初的史学家谈迁撰写的《国榷》中记载了一件特别有意思的事，就是当时南京城的一些老人们都指不出建文帝葬在哪里了，连大概方位也不知道。
那么这里问题就来了，如果连世世代代居住在南京城的老人们都不知道建文帝葬在哪里了，这有点说不通，因为《明实录》记载朱棣是下葬了建文帝的，那就是说南京附近应当有建文帝的陵墓，朱棣又是以天子礼仪下葬的建文帝，其阵仗一定很大，既然是天子陵寝，那么建文帝的陵墓也会有相应的配套措施，地面建筑、神道、石兽之类的啊，到明末的时候才过去两百多年，当时朱家天下还在，不存在盗墓的问题，而两百年的时间也不是很长，不至于沦落到最后连陵墓在哪里都不知道了吧，要知道朱元璋和朱标的陵墓至今还在紫金山上耸立着。要解释这一切只有一个可能，那就是朱棣葬压根就没安葬建文帝，或者安葬的不是建文帝，因为是随便找的人，所以虽然书上记载葬礼的仪式规模很大，但实际上比较草率，也没能留下什么显著建筑，几代之后就被人们忘记了，那么只有葬的是马皇后的话，这一切才可以解释得通，为什么史书没有提及马皇后的安葬事宜，因为她是代替建文帝下葬了，一提就暴露了。
证明建文帝没有死的还有一个有力证据就是建文帝本人的人生观，建文帝本身不是个会厌世自杀的人，《明史·方孝孺传》记载在燕军渡过长江时，建文帝感到很恐慌，当时有人劝他出城投奔他处，号召天下勤王，然后再徐图东山再起，建文帝被说得有些动心，后来是因为方孝孺力劝他不要出逃他处，即使南京城沦陷了，皇帝大不了一死了之，建文帝犹豫再三才勉强接纳了方孝孺的意见。事实上，建文帝有这个想法是情有可原的，因为当时虽然燕王已经打到南京城下了，但是明朝的大部分江山依然是在他的掌握之下，他完全可以逃出去再谋划东山再起。此外，就在燕军攻进南京城的当天，建文帝还亲手斩杀了朱棣的妻弟徐增寿，可见建文帝此时并没有产生厌世自杀的想法，还是想有所作为的。如果到后来他有机会逃跑，相信建文帝是会知道该如何选择的。