既然朱允炆的皇太孙地位确定了，那么朱元璋接下来要做的就是要给自己的这位继承人扫清障碍了，这一套他熟门熟路，当年也给朱标做过相同的事，现在是手握攻略重新加载。在确定朱允炆为皇太孙的第二年，也就是洪武二十六年（公元1393年），朱元璋掀起了明初四大案中的最后一件大案——“蓝玉案”，一连诛杀了十三位开国功臣武将，分别是：凉国公蓝玉、开国公常升、会宁侯张温、鹤庆侯张翼、普定侯陈桓、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、怀远侯曹兴、全宁侯孙恪、沈阳侯察罕、西凉侯濮兴、宜宁侯曹泰、支平侯韩勋、徽先伯桑敬、东莞伯何荣。朱标还在世时，这一批人都可以算作其手下的军功集团，但是朱标能够控制住这些军功集团，不代表朱允炆能控制住这些军功集团，更不用说蓝玉这位悍将了。所以为了老朱家的天下，这些人必须死。

在诛杀蓝玉时，朱元璋还下令蜀王从成都赶到南京观刑，为什么是蜀王，因为他是蓝玉的女婿，朱元璋特地让蜀王前来观刑，其中的深意想必蜀王和其他没来观刑的诸王也都懂得。后来朱元璋又分别赐死周王的岳父——开国名将冯胜，被朱元璋称为“论将之功，傅友德第一”的晋王的亲家傅友德。同时，朱元璋又将藩王的俸禄和职权进行大规模的压缩削减，并且还规定未经皇帝允许诸王不许进京，就算皇帝允许诸王也只能一个个的进京，不可同时进京，严禁诸王之间交通往来，从而为朱允炆继位后和诸王的相处之间留下更大的活动空间。

做完这些事情后，朱元璋对于功臣武将的问题已经不再担心，于是在一次和朱允炆的交谈中，不无得意地告诉朱允炆不用担心外敌入侵，有他的几位叔叔在可保边地安宁，而朱允炆则问道，外敌不老实，诸位王叔可以应对，但是诸位王叔不老实，又该如何应对？朱元璋对此的表现是“默然良久”。

可以说，朱允炆的这一问再次牵动了朱元璋对于朱允炆和诸王之间的关系的担忧。朱元璋并不是没有领会朱允炆这个问题背后的深层含义，但是手心手背都是肉，那些分封各地的诸王也是自己的儿子，自己已经对他们进行了限制，不过朱元璋也知道自己死后朱允炆可能会推行削藩，但是朱元璋更担心的是自己死后朱允炆会对这些王爷下死手，从而导致他最不想看到的局面出现。于是朱元璋便又将这个问题给朱允炆踢了回去，“如果你的叔叔们造反，你该怎么应对”，想看看朱允炆在自己死后会如何处理诸王。朱允炆对于这个问题则给出了一个完美的答案，首先以德服人，然后再以礼制人，还不行的话就消减他们的封地，仍然不行的话就更改他们的封地，最后没有办法的话只能兵戎相见了。可以说，朱元璋对于朱允炆的答复是十分满意的，甚至亲口承认没有比这更好的办法了，更加相信自己没有选错接班人。

在为朱允炆安排好一切，同时也确定朱允炆是个合格的继承人之后，大明洪武三十一年（公元1398年），朱元璋驾崩于应天皇宫（今南京故宫），遗诏命皇太孙朱允炆继位。几天后，朱允炆于灵柩前继位，改明年为建文元年。民间野史传闻，当年朱元璋召刘伯温进宫给他算命，算算大明江山能延续多久，自己能在位多长时间。刘伯温告诉朱元璋：“陛下能在位三十五年，不过其中有四年被人偷走了。”朱元璋听完哈哈大笑，觉得凭自己的威望什么人能从他手下将江山偷走四年。时间来到建文四年（公元1402年），这一年燕王朱棣攻克应天府（今南京），登基为帝，并且为了向天下宣示朱允炆的皇位得来不，宣布将朱允炆在位四年的年号全部改为洪武，建文四年也就变成了洪武三十五年，也不知是刘伯温预言精准，还是民间段子手深谙内涵。

大明在迎来自己第二位皇帝朱允炆的同时，也将迎来自己历史上的第一个大转向。