洪武三年（公元1370年）正月初三，明太祖朱元璋正式开始第一次北征，古代过年时间很长，一般从小年一直持续到元宵节才算结束，由此看来这朱老板一点儿都不体恤员工，大年初三就开工了。不过这也体现朱元璋这一战志在必得，为此朱元璋组织起一支常胜军团，让我们先来看一看这份长长的出征名单，征虏大将军徐达、左副将军李文忠、右副将军冯胜，同时又任命邓愈为李文忠副将、汤和为冯胜副将，以及随从他们的数十万大军。明朝开国之初封了六位公爵，某种意义上可以说明朝的建立这六位公爵的功劳最大，六位公爵中除了文官李善长（韩国公）、早逝的常遇春（郑国公）外，剩下的四位魏国公徐达、曹国公李文忠、宋国公冯胜、卫国公邓愈悉数出征，如此超豪华的指挥团队自朱元璋与陈友谅决战后就很罕见了，足以证明朱元璋对此次战役的重视。
考虑到元顺帝据守在应昌，而王保保盘踞在定西（今甘肃定西）的实际情况，朱元璋又将大军分成两路，西路军由徐达率领，出潼关直奔甘肃，与王保保决战。战争过程十分顺利，西路军在与王保保军队相遇后，徐达明白明军远道而来，如果速战速决，会让等候在此地的元军以逸待劳，因而徐达没有急着与王保保交战，徐达决定玩战术，他想出一个很损的主意，他将部队分成两部分，一到晚上，一部分军队休息，另一部分则到王保保军营附近不断制造噪音，时不时还做出要冲锋的样子，蒙古人兵少，既不能分兵休整，又得忍受明军的噪音污染，时时刻刻精神处于高度紧张状态。
就这么玩了几天以后，元军都快被明军整出精神病了，这时候徐达又突然下令让士兵们回营别闹腾了，王保保手下的军队连日来得不到休息，一个个站着都能睡着了，见到明军偃旗息鼓，赶紧抓紧时间休息。而这正中徐达下怀，趁着敌军睡觉的机会，徐达率军进攻，一举全歼敌军主力，可怜元军睡着觉就成了俘虏，由此西北地区全部被收复。王保保被打成了王跑跑，带着老婆孩子和几个贴身护卫灰溜溜向北逃窜，这位曾经手握几十万大军的主帅在跑到黄河边上的时候竟然连船都找不到，最后只能抱着片木板冲浪渡河，死里逃生回到北元的都城和林（今蒙古哈拉和林）。
北元的都城不是在应昌吗，怎么又跑和林去了？因为应昌的元顺帝更惨，徐达进军的同时，李文忠率东路军，出居庸关，直扑应昌。元顺帝自从大都跑路以后就一切事情都不顺，连家都搬了好几回，明朝的连番打击也令曾经想有一番作为的元顺帝日渐消沉，后来他干脆就直接宅在后宫也不上朝了，跟后来的万历皇帝一样。李文忠出兵后，得知消息的元顺帝又惊又怕，不久就在应昌病逝了，其子继位，是为“元昭宗”。
虽然古语有云“义不伐丧”，但在李文忠看来元顺帝既亡，元昭宗新君刚立，应昌城内肯定人心惶惶，处于极度不稳状态，而且以蒙古人内斗内行外斗外行的传统来看，说不定还会发生宫廷政变，因而这是个好机会，必须趁他病要他命。不过带着几十万大军太招摇了，而且行军速度也太慢了，容易给北元防备的时间，名将都很喜欢用“奇袭”这一招，李文忠作为名将中的名将自然也不例外，为此李文忠从大军中挑选精兵强将，组成突击小队，自己亲自率领星夜兼程奇袭应昌，元昭宗知道李文忠要来，但没想到他能来这么快，压根没做好准备，打是打不赢了，元昭宗想学他爹那样跑路。不过他的技术比起他爹元顺帝差了不是一点半点，元顺帝当年虽然打不赢，但至少每次跑路的时候都是从容不迫、指挥有度，带着老婆孩子、文武百官及一众护卫有序搬家。而元昭宗就自己带着十余名贴身护卫慌不择路，一路狂奔才到达和林，这里居于漠北深处，明军一时半会儿追不上来，不过元昭宗的老婆孩子全成了明军俘虏，偌大的家业说丢就丢光了。
至此明太祖第一次北征大获全胜，本来元顺帝北逃后与辽东纳哈出、西北王保保互成掎角之势，迁都应昌后，此地距离北平（即原来的大都）骑马不过两三天路程，对明朝北部威胁巨大。而此战之后彻底消除了这一军事威胁，蒙古二次入主中原的美梦被无限期延后。王保保的败逃也使得西北地区重新安定下来，原来有西北这个通道的时候吐蕃与北元一直眉来眼去，现在走廊被切断了，吐蕃就只能跟着大明混了。同时西北地区的稳定又对割据蜀中的明夏政权造成空前压力，一年后这个政权即被朱氏集团兼并。可以说朱元璋这一仗，相当于一笔生意做成了几笔买卖。但对朱元璋来说这还不够。
中国由于南北地形的差异，北方的海拔要高于南方，所以从北方进攻南方往往居高临下，北方又多是大平原很容易形成统一政权，南方则河网密布易割据，因而自古以来北方统一南方屡见不鲜，而南方统一北方则较为罕见。并且实话说，北方往南方打有一个确定边界，打到海边就完事了，元朝当年灭南宋就是一路从浙江追到福建，最后到广东；但从南向北，边界在哪没人知道，漠南、漠北，还是贝加尔湖，也许到北冰洋确实算边界，但以当时的后勤保障来说不太可能。这种情况下只要北方民族一有喘息机会，过不了多久就能重整旗鼓，再度南下劫掠。王保保跑到和林以后见到了元昭宗，这对难兄难弟是抱头痛哭，王保保虽然一而再再而三战败，但元昭宗认为既然连朱元璋都称为“奇男子”的人肯定有过人之处，因而不计前嫌重用王保保，让他重新主管军事，一时间这个在和林临时搭建的草台班子颇有振作之势。眼看着北元在那热火朝天地搞着复兴大业，身在应天府（今南京）的朱元璋就坐不住了，洪武五年（公元1372年）大明集团召开董事会就北元势力复苏这一问题进行新一轮探讨。
董事长朱元璋认为北元以骑兵为主，机动力强，行动迅速，而明军是步骑混杂，要想找到北元主力决战并不容易，因此主张采取守势，只要北元不主动挑衅，就不搭理他了，但防守并不是什么事都不干，相反明朝可以加固北边防御，一旦北元南下，那么明军便可以逸待劳。而以执行总经理徐达为首的一众董事则觉得，区区北元，何足挂齿，既然上次没能一举打垮北元，那么这次一定要一劳永逸，他不是已经搬家到和林了吗？干脆这次多派点人直接帮他搬到应天府算了。
针对北元问题，明朝统治核心出现分歧，两种路线之争其实是由于身份不同导致的，朱元璋在群雄争霸的时期是军队的主帅，那时的主要目的就是击败群雄统一全国，而到了承平时期，作为新王朝的开国君主当务之急是恢复国力，保证大明的长治久安，北元上次已经被打废了，虽然现在看上去张牙舞爪但不过是跳梁小丑罢了，掀不起什么大风大浪了，既然没什么实质性威胁了就随他去折腾吧。而以徐达为首的武功集团，其价值正是靠一场场军事胜利体现出来的，现如今中原已经安定，只有漠北尚有天地供他们施展拳脚，如果不抓住这个机会再立战功，武功集团将逐渐丧失对文治集团的优势，因此即便基于此也要继续对北元残余势力作战。尽管历史一再证明，来自草原的敌人是不可能被肃清的，一个塞外民族消亡，很快会有其他民族来代替它，匈奴、鲜卑、契丹、蒙古概莫如此，然而在武功集团的强烈要求下，在第一次北征巨大的胜利影响下，朱元璋最终接受了主动进攻的意见，并提出了“永清沙漠”的目标。
这一次明朝还是以徐达为征虏大将军，曹国公李文忠为左副将军、宋国公冯胜为右副将军，分中东西三路出征。而在三路大军中徐达一路是主力，诱敌来战，打歼灭战；李文忠打袭击战，作为辅助；而冯胜一路则是打分散元兵力的疑兵战，目的清晰，分工明确。但计划赶不上变化，虽然李文忠和冯胜的两路大军一开始达成了作战目标，然而徐达的主力军却由于前期进展比较顺利，犯了轻敌冒进、孤军深入的兵家大忌，王保保在初期的几次交战中佯装战败，诱敌深入，实则是想以逸待劳打明军一个措手不及。徐达作为沙场老将，按理来说不应该被轻易迷惑，但或许是求胜心切，或许是经验主义让他感觉王保保也不过如此，最终他踏进了王保保的圈套，徐达被击败，其所率明军遭到毁灭性打击，几乎全军覆没，这是徐达军事生涯中少有的大败。徐达兵败后，三路明军陆续撤回国境，虽不至于说是狼狈而逃，但撤退的形象并不好看。
总的来说洪武五年的第二次北征整体以失败告终，明军的挫败保住了北元王朝的一线生机，朱元璋也从这次战争中意识到北元还是有一些实力的。此后多年明军没有再深入草原作战，即使洪武八年（公元1375年）王保保病逝，明军也没有趁势进攻，可见第二次北征给明军带来的阴影有多深。北元则通过这次战争争取到了难得的喘息时间，此后双方只在边地地区时不时爆发一些零零碎碎的小冲突。