回到明朝的轨道上，明初朱元璋加强皇权的主要障碍有两个，一个是当时的中书省和丞相制度，另一个便是当年和朱元璋一起打天下的那些功臣了。随着胡惟庸被杀，丞相制度被废，中书省被罢，皇权在政治制度上的限制已经被扫除了，剩下的就只是那些功臣了。以胡惟庸被杀为契机，朱元璋便开始对那些和自己打天下的功臣下手了，这也就酿成了明初四大案中第一大案——“胡惟庸案”。在胡惟庸被杀的同年，朱元璋又处决了六部中依附胡惟庸的大小官员一万五千多人，之后，朱元璋继续扩大战果，利用株连之罪开始把那些开国功臣中的一部分人给牵扯进来。

洪武二十三年（公元1390年），朱元璋正式对开国功臣进行反攻倒算。在这一年，先是李善长的家奴告发李善长曾和胡惟庸联络，导致李善长被朱元璋以“明明知道胡惟庸要谋反，却首鼠两端”的罪名诛杀，当时李善长已经快八十岁了，其全家男女老幼七十余口也悉数被杀。其实早在十年前胡惟庸被杀时就已经牵连到了李善长，毕竟胡惟庸是李善长举荐的，但朱元璋考虑到李善长是元勋皇亲（李善长之子李祺于洪武九年迎娶朱元璋长女临安公主，因此李善长也就和朱元璋成了儿女亲家，变成了皇亲，而李善长全家被诛杀之时，李祺因为驸马身份被免死只是和妻儿们一同被流放至江南），所以就没有深入追究。

本来在经历过胡惟庸之事后，李善长也看出了朱元璋的手段，开始谨言慎行起来，但是随着时间的流逝，李善长看到“张昶、杨宪、汪广洋、胡惟庸皆获罪”，只有自己什么事都没有，看出朱元璋是有意要放过自己了，便又开始放松警惕了。再加上洪武二十三年（公元1390年）有人上书朱元璋称天象有变，占卜的结果是要由大臣来禳灾。就这样，在多方面因素的影响下李善长及其全家老小被朱元璋诛杀。李善长被杀之后，吉安侯陆仲亨的家奴又举报陆仲亨和延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸都曾和胡惟庸通谋。于是朱元璋将四人处死，并永久废除他们的爵位。除此之外，荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚、靖宁侯叶升这些功臣也先后被划定为胡惟庸党被处死。除此之外，受到牵连的还有已故的营阳侯杨璟、济宁侯顾时等若干人。前前后后，共有一公二十一侯被牵连进“胡惟庸案”中导致身死、爵除、族灭。“胡惟庸案”前前后后持续十多年，前后共诛杀3万余人，这是对开国功臣的第一个重大打击。

随着“胡惟庸案”逐渐落下帷幕，躲避过此次清洗的开国功臣也长出了一口气，以为自己“大难不死，必有后福”。然而，后续事件的发展让这些开国大臣发现是自己想多了，自己提心吊胆的日子还要再继续过下去，因为就在“胡惟庸案”结束后不久，朱元璋又掀起了“蓝玉案”，这也是明初四大案中的最后一次大案。蓝玉既是大明朝的开国将领，又是洪武后期最能打的大将，其最出色的功绩便是在捕鱼儿海中大破北元。也有人说，如果当初朱元璋没有杀害蓝玉，那么后面就没有朱棣什么事儿了。然而随着蓝玉自身功劳不断提升，再加上朱元璋的厚待，蓝玉也开始变得恃宠而骄与居功自傲了。

《明史》中记载了他恃宠而骄、居功自傲的几个表现，一是手下蓄养着大量庄奴和假子（干儿子），这些人也仗势欺人，这个在朱元璋看来是培植自己的势力，算是大忌；二是私占民田，御史过来调查取证，结果被蓝玉直接给赶了出去；三是北征归来途中半夜抵达了喜峰口，由于当地官员没有及时给他开门，便直接让手下的士兵把关给毁了；四是有人上书朱元璋揭发蓝玉曾对北元王妃下手，结果导致王妃的自杀；五是不听朱元璋告诫，仍然我行我素；六是在军中大搞“一言堂”，越过朱元璋直接自己来决定军中将校的奖罚升退。

结果到了洪武二十六年（公元1393年）二月的时候，锦衣卫指挥蒋瓛亲自告发蓝玉试图谋反，随后经过一番调查坐实了蓝玉的谋反罪名，相关负责调查蓝玉谋反罪行的官员还指出景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人都是蓝玉的同谋，而随着案件的深入调查，所牵连的人也越来越多，并且其中很多人都承认自己或者指认别人和胡惟庸一案有关（不排除朱元璋有意想把这两个案件牵扯到一起）。蓝玉案最后的结果是“列侯以下坐党夷灭者不可胜数”，之后朱元璋在九月份颁布关于蓝玉案的诏书的时候，亲口承认“族诛者万五千人”。经此一案，大明朝的开国功臣也就不剩几个了。朱元璋也借此机会在军队发起了一场大清洗，最终将军权彻底置于皇权之下。如果说“胡惟庸案”打击的主要是明初文官集团的话，那么“蓝玉案”所针对的则主要是明初武将集团。

对于朱元璋这种大杀功臣的行为，清代史学家赵翼曾评价说朱元璋的这种行为无疑是为了加强皇权，巩固老朱家的统治及对其身死之后的担忧，这种担忧在“蓝玉案”上表现得淋漓尽致，正所谓“朱标不死，蓝玉不亡”。事实上，朱元璋大杀功臣以加强皇权的目的是大家都承认的，这也是朱元璋的最高目标。但是在这里就出现了一个问题，朱元璋大杀功臣的行为真的只是因为朱元璋一个人的原因吗？我们固然承认朱元璋将加强皇权作为自己的最高目标，但是“大杀功臣”这件事则不只是朱元璋的一厢情愿，正所谓“一个巴掌拍不响”，那些功臣之所以被杀部分便是因为他们“咎由自取”。不信可以看下大明另一位开国名将——汤和，其因酒后失言一直被朱元璋怀恨在心，并多次遭到朱元璋的打击报复，但是汤和却最终落得了个好下场，其病重时朱元璋不仅亲自前往探望，而且在其死后朱元璋还追封其为王。究其原因，就在于汤和不仅懂得急流勇退，而且知道谨慎做事。

朱元璋在建国之初对于这些和自己一起打天下的功臣是十分重视的，可以说是恩宠有加。在政治上，赐予功臣们丹书铁券，虽然后人戏称此为“追命符”，但是在当时获得丹书铁券就代表自身及其家族地位的提高，并且还可以获得许多政治上的特权，可以说是大臣们所能期望获得的最高荣誉了；在经济上，朱元璋不仅给这些功臣丰厚的俸禄，而且还赐给他们大量的地产，并且除了“均工夫”（指将地方农民于农闲时征召到京城服役）外的其他徭役一概免除。朱元璋甚至都做到了在功臣与其他官员发生冲突时毫不犹豫地选择相信和自己打天下的功臣，而不是其他官员。比如永嘉侯朱亮祖在镇守广东时与番禺知县道同矛盾极深，不仅阻扰道同处理当地豪强，还曾故意找事把道同给鞭笞了一顿。道同忍无可忍便上书朱元璋弹劾朱亮祖，结果朱亮祖先行一步弹劾道同蔑视上司傲慢无礼，朱元璋想都没想就直接判决道同死刑了。虽然后面朱元璋在看到道同的上奏之后反应过来了，但为时已晚，道同还是被诛杀。

然而大明这些开国功臣的表现却让朱元璋越来越失望，在洪武三年（公元1370年）的时候便已经出现了功臣依仗功劳大而行事骄横，迫害百姓的情况，洪武五年（公元1372年）更是出现功臣仰仗自己手握丹书铁券，而纵容仆人杀人的现象，为此朱元璋还特地颁布《铁榜》来提醒功臣们要不忘初心、善始善终。然而朱元璋的苦口婆心并没有起到太大的作用，那些功臣们依旧我行我素，比如武定侯郭英私养家奴一百五十余人，甚至擅自杀害了男女五人。但是直到这时念旧的朱元璋仍没有打算对这些功臣下死手，其在洪武二十一年（公元1388年）又先后颁发保身敕、《大诰武臣》再次劝诫功臣们尤其是那些武臣要谨慎行事，然而朱元璋的这些行为依然是收效甚微。面对这些功臣一而再再而三地挑战自己的底线，朱元璋终于下定决心要让他们付出血的代价了，随后到来的便是大规模的屠杀这些功臣元勋。由此可见，朱元璋诛杀功臣元勋可以说也是他们的咎由自取，如果他们和汤和一样察觉出政治风向已经发生了变化，选择明哲保身的话，估计也不会落个身死族灭的下场。

对于朱元璋大杀功臣的这一行为，《明史》中的评价应该是最为中肯的，即“治天下不可以无法，而草昧之时法尚疏，承平之日法渐密，固事势使然。论者每致慨于鸟尽弓藏，谓出于英主之猜谋，殊非通达治体之言也。夫当天下大定，势如磐石之安，指麾万里，奔走恐后，复何所疑忌而芟薙之不遗余力哉？亦以介胄之士桀骜难驯，乘其锋锐，皆能竖尺寸于疆场。迨身处富贵，志满气溢，近之则以骄恣启危机，远之则以怨望扞文网。人主不能废法而曲全之，亦出于不得已，而非以剪除为私计也。亮祖以下诸人，既昧明哲保身之几，又违制节谨度之道，骈首就僇，亦其自取焉尔。”翻译过来就是打天下的时候可以不拘小节，但一旦坐了天下就要按规章制度来办事，功臣也好，草民也罢，不以规矩不能成方圆。都说“飞鸟尽良弓藏”，但那些百战将领，一个个才能卓著、锋芒毕露，这种人承平时代如果不知道明哲保身，而是一味骄纵，不守法纪，只希望躺在功劳簿上，希望皇帝能对自己网开一面，这是在自取灭亡啊。

其实朱元璋早年的时候虽然对朝中大臣也很苛刻，但此时重臣的下场还没有后来那么惨，这都归功于当时的后宫之中还有一位可以规劝朱元璋的人。